Harran Üniversitesi'nin bünyesinde yer alan Birecik Meslek Yüksekokulu, ilk olarak 1994–1995 eğitim-öğretim yılında Pazarlama ve Elektrik programlarına öğrenci aldı. Yüksekokul kuruluşundan 2005 yılına kadar geçen on bir yıl süreyle Birecik’te tarihi Halis Efendi Konağında eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürdü. Dönemin yerel yönetiminin katkılarıyla 2005 yılında Karşıyaka semtindeki Zeugma Kazı Evi olarak ifade edilen alan Meslek Yüksekokul Yerleşkesi olarak kullanılmaya başladı. 2008 yılı ortalarında Birecik Belediyesi’nin, mevcut yerleşkenin doğusunda bulunan 25 bin metrekare turistik tesisler üzerindeki müştemilat tahsisiyle birlikte, yerleşke alanı 45 bin metrekareye çıktı. Yerleşkeye katılan bu alanda 40 yatak kapasitesine sahip 20 odalı uygulama oteli, beş idari ofis ve kafeterya, bir yüzme havuzu, sınıf ve idari binalar bulunmaktadır.

Fiziki mekânın gelişmesiyle birlikte mevcut Pazarlama ve Elektrik programlarına ek olarak 2005-2006 eğitim-öğretim yılında Muhasebe ve Vergi Uygulamaları, Halkla İlişkiler ve Tanıtım ve Bilgisayar Programcılığı programları açıldı. 2010-2011 eğitim-öğretim yılından itibaren ise Turizm ve Otel İşletmeciliği Programına ek yerleştirme ile öğrenci alındı. Turizm ve Otel İşletmeciliği Programı öğrenci yetersizliğine bağlı olarak 2017 yılında öğrenci alımına kapatıldı. Bu programın yerine Seyahat, Turizm ve Eğlence Bölümüne bağlı Turizm ve Seyahat Hizmetleri Programı açıldı ve 25.04.2018-9988 tarih ve sayılı yazı ile 40 öğrenci kontenjanla 2017 yılında eğitim-öğretime başladı. Turizm ve Seyahat Hizmetleri Programında görevli iki öğretim üyesi ve bir öğretim görevlisi ile eğitim-öğretim faaliyetine devam edilmektedir.

Birecik Meslek Yüksekokulu'nda halen Bilgisayar Programcılığı, Elektrik, Halkla İlişkiler ve Tanıtım, Muhasebe ve Vergi Uygulamaları, Çağrı Merkezi Hizmetleri ile Turizm ve Seyahat Hizmetleri programlarında aktif olarak eğitim-öğretim faaliyetleri sürdürülmektedir. Birecik Meslek Yüksekokulu’nun eğitim-öğretim kadrosu incelendiğinde dört öğretim üyesi ve 14 öğretim görevlisi olmak üzere on sekiz akademik personel görev almaktadır. Meslek Yüksekokulu'nun 2019 yılsonu itibariyle 546 aktif öğrencisi bulunmaktadır.