Türkiye’nin ilk kazı müzesi olarak İzmir’in Bergama ilçesinde kuruldu (1928). Kazılarda bulunmuş eserlerin önemli bir kısmı burada yer almaktadır. Anadolu’daki Arkeolojik yerleşimler arasında en erken keşfedilen antik kentlerden biri olan Bergama’da, 1865 yılında Akropol’daki Bizans duvarı içinde, Zeus Sunağı’nın yüksek kabartmalarının bulunması sonucu, ilk araştırma ve kazılar başladı. 1878 ve 1886 yılları arasında C. Hummann ve A. Conze tarafından bu çalışmalar resmi kazılara dönüştürüldü. Bu kazılar sonrasında gün yüzüne çıkartılan eserlerin korunması amacıyla kazı evi bahçesinde küçük bir depo-müze oluşturuldu. Bu depo o dönemde Türkiye’deki iki arkeolojik eser deposundan biridir. 1900- 1913 yılları arasındaki W. Dörpheld, H. Hepding ve P. Schatzwann tarafından Akropol’de kazı çalışmaları yürütüldü. 1924 yılında arkeolojik eserlerin bir bölümü, şehir merkezinde yer alan ve 1934 yılında Halkevi Binası olarak kullanılmış olan binaya nakledilerek sergilenmeye başlanıldı. 1928 yılında bu müzenin yönetiminde Osman Bayatlı getirildi. Osman Bayatlı etnografik eserleri de aynı binada toplayarak burasını Arkeoloji ve Etnografya Müzesi’ne dönüştürdü. 1932 yılında Bergama’ya gelen Mareşal Fevzi Çakmak konuyla yakından ilgilendi, ziyaretinden sonra yeni bir müze kurulması için emir verdi. Türk-Alman işbirliği ile gerçekleştirilmesi planlanan yeni yapı için eski bir mezarlık olan bugünkü yeri uygun görüldü. 1936 yılından beri hizmet veren Kültür ve Turizm Bakanlığı’na bağlı bir arkeoloji ve etnografya müzesidir.

Bergama Müzesi’nde teşhir edilen Erken Tunç dönemi eserleri arasında; Yortan tipi olarak adlandırılan el yapımı, koyu gri ve siyah perdahlı kaplar çoğunluktadır. Antik Çağ’da siyah figürlü vazolar ve Arkaik döneme ait kuras heykeli bulunmaktadır. Klasik döneme ait cam eserler sergilenmektedir.

Helenistik dönem, sakallı bir baş tamamen Bergama stilinde olup, müzede teşhir edilmektedir. Müze binasındaki iç avlunun etrafını çeviren koridor boyunca sergilenen eserlerden Pergamon heykeltıraşlık ekolüne ait oturan kadın heykelleri, at heykeli, Tanrıça Nike, ve Athena’nın heykelleri müzenin önemli eserleri arasında yer alırlar. Helenistik döneme ait eserler arasında Myrina’dan gelen terra kotta (pişmiş toprak) figürler, Pergamon üretimi Megara kaseleri, Aplike seramik grubuna ait kaplar sergilenmektedir. Ayrıca müzede Kristophor definesi tümüyle Kristophor denilen iri gümüş sikkelerden (14 gramlık) oluşmaktadır.

Müzenin Roma dönemine ait kandil koleksiyonu, mantar, kupa, testi şeklinde şarap ve su kabından oluşan oinophare koleksiyonu ve serbest üfleme tekniğiyle oluşturulmuş zengin bir cam eser koleksiyonu arkeoloji seksiyonunda sergilenmektedir. Ayrıca müzede, Diodoros Pasparos büstü ile duvarları süsleyen rölyef panolar, Pergamon Akropolünde bulunan Pergamon Şehir Yasalarını içeren kitabe Roma döneminde üretilen seramik grubu aynı döneme ait eserlerle birlikte sergileniyor.

Bergama Müzesi’nde Bizans dönemine ait eser koleksiyonu içinde çeşitli mimari parçalar, günlük kullanım amaçlı seramikler ve çeşitli dönemlerinde basılmış sikkeler yer almaktadır. Seramikler genelde tabak ve kaselerden oluşur. Bizans sikke koleksiyonu içerisinde altın, bronz, bakır, gümüş sikkeler, kazılar, satın alma, müsadere ve bağış yoluyla müze koleksiyonuna kazandırıldı.

Bergama Müzesi etnografya salonunda sergilenen eserler, XVIII. ve XIX. yüzyıllar arasına aittir. Bergama yöresine XIX. yüzyılın sonlarında yerleşmeye başlayan Türkmen, Çepni, Yörük aşiretlerine ait gelin giysileri, efe kıyafetleri ve Bergama’nın yöresel gelin ve günlük kıyafetleri diğer eser gruplarını oluşturuyor. XVIII. ve XX. yüzyıllara tarihlendirilen geç dönem Bergama halıları, seccadeleri, kilimleri ve heybeleri sergilemede yer almaktadır. Etnografya eser koleksiyonunda bulunan uçkur, peşkir, yazma, çevre, yastık yüzü, para ve saat keseleri ile çoraplar sergilenmektedir. XIX. ve XX. yüzyıllara tarihlendirilen madeni eserler sergilenmektedir. Bergama Müzesi Madeni Eser Koleksiyonu’nda buhurdan, şamdan, fincan zarfı, fincan, tas, sahan, sini, lenger, leğen gibi günlük kullanım eşyaları bulunmaktadır. Müze koleksiyonunda gerdanlık, kolye, bilezik, yüzük, alınlık, kemer tokaları gibi süs unsuru niteliğinde takılar yer almaktadır. Kurtuluş Savaşı sırasında kullanılmış; tüfek, tabanca, kılıç, kalkan, kama gibi savaş aletleri müze koleksiyonunda yer alır. XIX. ve XX. yüzyıllara tarihlenen gaz lambaları ve genellikle XVIII-XX. yüzyıllara tarihlendirilen sikke koleksiyonu mevcuttur. Bergama Müzesi bahçesinde birçok mezar taşları sergilenmektedir.