Bağlararası yerleşimi İzmir’in Çeşme ilçesinde, şehir merkezinde Çeşme Marinası'nın iki sokak arkasında yer almaktadır. İlk yerleşimin bir kıyı bataklığı üzerine kurulduğu tespit edilmiştir. Antik Çağ’da adı Cyssus olan Çeşme, bugünkü adını denizcilerin su temin ettikleri çeşmeden almaktadır. Çeşme’nin en önemli özelliği içme suyu ve limanıdır. Çeşme özellikle son yıllarda Türkiye’nin başlıca turizm merkezlerinden biri olarak görülmektedir. Çeşme’de yaşayan halk, Antik Çağ’da 12 Ion Birliği'nden olan Erythrai (Ildırı) kalıntılarıyla birlikte yaşamaktadır.

Bağlararası yerleşimi Çeşme’nin en eski yerleşim yeri olarak kabul edilmektedir. Alanda yapılan bugünkü çalışmalar doğrultusunda en erken iskân MÖ III. yüzyıl ortalarına kadar dayanmaktadır. 2001 yılından itibaren yapılan araştırmalar ve çalışmalar sonucunda bu yerleşim yerinin Orta Tunç Çağı'nın sonlarında ve Geç Tunç Çağı’nda iskân edildiği anlaşılmıştır.

Bağlararası Örenyeri ilk kez 2001 yılında bir inşaat çalışması esnasında keşfedilmiş 2002-2005 yılları arasında Çeşme Arkeoloji Müzesi Başkanlığında kurtarma kazıları 2009 senesinden itibaren Bakanlar Kurulu kararıyla Ankara Üniversitesi öğretim üyesi Prof. Dr. Vasıf Şahoğlu'nun başkanlığında tekrardan başlatılmış olup, günümüzde devam etmektedir.

Bağlararası yerleşiminin tarihi günümüze kadar yapılan çalışmalar doğrultusunda bugünden 4600 yıl kadar geriye gittiği tespit edilmiştir. MÖ taş temelli kerpiç duvarları olan yapılarda yaşayan eski yerlilerin denizcilik ve tarımla uğraştığı yapılan kazı çalışmaların sonucunda bulunmuştur. Alanda yapılan çalışmalar ışığında, yaklaşık 3700 yıl önce Bağlararası’nda çok şiddetli bir deprem olduğu anlaşılmıştır. Bu deprem sonucunda binaların yıkılıp hayatın sekteye uğradığı tespit edilmiştir. Bu deprem esnasında yıkılan en önemli yapının bir şaraphane olduğu ortaya çıkmıştır. Bu şaraphane Anadolu’nun bilinen en eski şaraphanelerinden biridir. Bu şaraphane kazılar sırasında incelendiğinde şarap üretiminin burada gerçekleştiği ve elde edilen şarapların dinlendirilerek depolandığı bir sisteme sahip olması sayesinde dikkat çekmektedir. Buna ek olarak bağlararası kazısı esnasında bu alanda çok sayıda balık kılçığı, karbonlaştırılmış buğday, üzüm çekirdekleri ve badem bulunmuştur. Üzüm suyunun dinlendirilerek şaraba dönüştürüldüğü bir sarnıç olarak kullanıldığı varsayılan mekan içerisinde ise çeşitli küresel formlu çanaklar bulunmuştur. Bu çanaklar yonca, gaga ve yuvarlak ağızlı testilerdir.

Bağlararası’nda pek çok seramik örneklerine de rastlanmıştır. Minos stilinde Kiklad Adaları kökenli olan bu seramiklerin özellikle Geç Minos döneminden kaldığı varsayılmaktadır. Bu seramik örneklerine bakıldığında Batı Anadolu sahil kesimindeki diğer yerleşim kırmızı astarlı seramik örneklerinden olduğu tespit edilmiştir. Alanda yer alan evlerin içerisinde tekstil aletlerine rastlanmıştır. Bu sayede bölgede yerel bir üretimin olduğu kanıtlanmıştır.

Bağlararası’nda bugüne kadar elde edilen arkeolojik verilerin ilk değerlendirmeleri Ege’nin en iyi limanına sahip olmasına rağmen MÖ III. bin yıl ortalarında deniz aşırı bağlantıların az boyutta olan bir topluluğun yaşadığına işaret etmektedir. Bağlararası, Girit ve Minos kültürünün varlığıyla gerçekleştirilen Ege, deniz ticaretinde önemli bir liman kenti konumundadır.

Kazı alanındaki mimari kalıntıların özgünlüklerinin bozulmadan korunabilmesi adına her yıl kazı sonunda kazı alanının üzeri jeotekstil ile kaplanmakta ve üzerine kum konmaktadır. Fakat bölgenin şiddetli yağmur alması nedeni ile bazı duvarlar tahrip olmaktadır. Bu aşınmaların önüne geçilebilmek adına her yıl bir-iki duvar üzerinde güçlendirme çalışmaları yapılmaktadır.

Bağlararası kazısı sırasında bulunan buluntuların büyük bir bölümü Çeşme Kalesi’nde yer alan müzede sergilenmektedir. Bu müze 1965 senesinde silah müzesi olarak açılmıştır. 1964’den bu yana Ildırı antik kentinden çıkarılan eserlerin sergilendiği müzede 1985 yılına kadar Topkapı Müzesi’nden getirilen silahlar da sergilenmeye başlanbaşlanmıştır. Daha sonra bu silahlar tahrip olmaları nedeniyle İzmir Arkeoloji Müzesi’ne devredilmiştir. Müze günümüzde ziyaret edildiğinde mermerlerden heykeller, pişmiş topraktan yapılan heykeller, gümüş ve bronz sikke gibi eserlerin var olduğu görülmektedir. Bunun dışında Çeşme merkezi ve Çeşme Körfezi’nden çıkarılan eserlerinde yine bu müzede sergilendiği görülmektedir. Çeşme Kalesi’nde yer alan müzeyi 2018 yılının sadece Nisan ayında 14.280 kişi, 2019 yılında ise 100.902 kişinin ziyaret ettiği tespit edilmiştir.

Çeşme Bağlararası’nda keşfedilen bu yeni merkez sayesinde Anadolu arkeolojisi için önceden bilinmeyen veriler gün ışığına çıkarılmış ve Çeşme’nin Ege Bölgesi ile olan bağlantıları kanıtlanmıştır. Gelecek yıllarda yapılacak kazıların Çeşme tarihi için birçok bilinmeyene ışık tutacağı öngörülmektedir.