Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi 'nin bünyesinde faaliyet gösteren Ayvacık Meslek Yüksekokulu El Sanatları Programı ile eğitim-öğretim faaliyetine başladı (1994). Ayvacık Meslek Yüksekokulu, Ayvacık ilçesinde el dokuması halıcılık kültürünün önemli olmasından dolayı 1997 yılında Çanakkale Meslek Yüksekokulu Halıcılık Programı ile Ayvacık Meslek Yüksekokulu El Sanatları Programı yer değiştirdi. 2005-2006 eğitim-öğretim yılında Halıcılık Programının ismi Halıcılık ve Desinatörlüğü olarak değiştirildi ve aynı yıl İşletme Programı açılarak ek kontenjanla öğrenci alındı. 2007-2008 eğitim-öğretim yılında Turizm ve Otel İşletmeciliği Programına, 2009-2010 eğitim-öğretim yılında Bankacılık ve Sigortacılık Programına ve 2018-2019 eğitim-öğretim yılında Turist Rehberliği ve Spor Yönetimi programlarına öğrenci alındı. 2013 yılında Yükseköğretim Kurulu (YÖK) kararı gereği Halıcılık ve Desinatörlüğü Programı’nın ismi Halıcılık ve Kilimcilik Programı olarak değiştirildi ve 2013 yılında öğrenci tercihinin çok azalmasından dolayı Halıcılık ve Kilimcilik Programı kapatıldı. Aynı yıl Geleneksel El Sanatları Programına öğrenci alındı.

Ayvacık Meslek Yüksekokulu, 2020 yılı itibarıyla Turizm ve Otel İşletmeciliği, Turist Rehberliği, Bankacılık ve Sigortacılık, İşletme Yönetimi, Spor Yönetimi ve Geleneksel El Sanatları olmak üzere altı program ve 863 öğrenci ile eğitim-öğretime devam etmektedir. Ayvacık Meslek Yüksekokulunda 28 akademik personel görev yapmaktadır.

Turizm ve Otel İşletmeciliği ve Turist Rehberliği programları, Ayvacık ilçesine bağlı belde ve köylerde turizm işletmelerinin yoğun olarak bulunması ve Behramkale (Assos) antik köyüne günlük turların çok fazla olmasından dolayı, buralarda oluşan işbirliği ihtiyacına katkı sağlamak ve bölge turizminin gelişmesine katkı sunmak amacıyla açıldı.

İlk mezunlarını 2010 yılında veren Turizm ve Otel İşletmeciliği Programından 2019 yılı itibarıyla toplam 309 öğrenci mezun oldu. 2019-2020 eğitim-öğretim yılı itibarıyla Turizm ve Otel İşletmeciliği Programına aktif kayıtlı 146 öğrenci bulunmaktadır. Turist Rehberliği Programında ise 2019-2020 eğitim-öğretim yılı itibariyle 97’si örgün ve 52’si ikinci öğretim olmak üzere toplam 147 aktif kayıtlı öğrenci bulunmaktadır. Her iki programda mesleki dersler ile İngilizce ve Rusça olmak üzere yabancı dil dersleri ağırlıktadır. Mezun olan öğrencilerin ağırlıklı olarak turizm sektöründe çalışmaları programın kuruluş amacının gerçekleştiğinin göstergesidir.