Atatürk Üniversitesi'nde lisansüstü eğitimler enstitü müdürlüklerinde gerçekleştirilmektedir. Kurumda sekiz enstitü bulunmaktadır. Enstitü müdürlüklerinde 222 tezli, 11 tezsiz yüksek lisans programı toplamda 233 yüksek lisans ve 205 doktora programı verilmektedir. 5426 yüksek lisans, 59 sanatta yeterlilik, 2368 doktora, 517 uluslararası öğrenci olmakla birlikte enstitü müdürlüklerinde toplamda 7853 öğrenci eğitim-öğretim almaktadır. Bu enstitülerde Sosyal Bilimler Enstitü bünyesinde Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik alanında doktora programına da yer verilmektedir.

Atatürk Üniversitesi Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik doktora programı 2011 yılında kuruldu, 2013-2014 yılında öğrenci almaya başladı. Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Anabilim Dalı ismiyle Sosyal Bilimler Enstitüsü bünyesinde eğitim verilmektedir. Atatürk Üniversitesi bünyesinde Turizm İşletmeciliği Anabilim Dalı olarak yüksek lisans programı da verilmektedir. Enstitü doktora seviyesinde ilk mezunlarını 2014 yılında verdi

Turizm İşletmeciliği doktora programına başvurabilmek için, OSYM (Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi) tarafından yapılan ALES eşit ağırlık puan türünden (Akademik Personel ve Lisansüstü Eğitimi Giriş Sınavı) en az 55 almaları gerekmektedir. Lisans derecesi ile doktora programına başvuru yapmak için ise ALES’ten en az 85 minimun puan almaları gerekmektedir. Bu sınavın yanında YDS’den (Yabancı Dil Sınavı) en az 55 puan alınması programın koşulları arasındadır. Tüm koşulları sağlayan öğrenciler programa çevrimiçi olarak başvuru yapabilmektedir. Öğrenci alımlarında ALES’in yüzde 60’ı, yüksek lisans mezuniyetinin ise yüzde 40’ı esas alınarak değerlendirme yapılmaktadır. Dersler Turizm Fakültesi’nde verilmektedir. Fakülte bünyesinde ise bir profesör, bir doçent doktor, bir doktor öğretim üyesi, iki araştırma görevlisi olmakla beraber toplam beş akademisyen istihdam etmektedir. Programda Bilim Eğitim ve Etik, Danışmanlık adında iki zorunlu, 24 seçmeli ders verilmektedir. Dersler altı ve dört AKTS (Avrupa Kredi Transfer Sistemi) şeklinde verilmektedir. Programdan mezun olan öğrenciler Dr. unvanı almaktadır.