Asar-ı Atika Müzesi (Eski Eserler Müzesi) bugünkü adıyla Anadolu Medeniyetleri Müzesi, Atatürk’ün önderliği doğrultusunda kuruldu. Asar-ı Atika Müzesi, Kurtuluş Savaşı sırasında kurulan tek örnektir. Müze, maarif vekilliği yapan Hamdullah Suphi Tanrıöver ve Hars (Kültür) Müdürlüğü yapan Mübarek Galip Bey ile müzenin ilk müdürü Halil Nuri Yurdakul’un gönüllü uğraşıları ile Ekim 1921’de (1. Teşrin 1337) daha önce Belediye deposu olarak kullanılan ve bu amaç doğrultusunda boşaltılan Akkale (Alitaşı) Burcu’nun içinde kuruldu. Asar-ı Atika Müzesi olarak açılan bu müze daha sonra Etnografya ve Anadolu Medeniyetleri Müzesi’nin temelini oluşturdu. Bu müze tarihinde birçok olaya tanık oldu, birçok ünlüyü ağırladı ve birçok etkinliğe ev sahipliği yaptı. Dönemin Kültür Müdürü Hamit Zübeyr Koşay tarafından, devrin maarif Vekili Saffet Arıkan’a harap bir durumda olan Mahmut Paşa Bedesteni ve Kurşunlu Han’ın onarılarak daha geniş bir müze binası olarak kullanılması önerildi. Böylece yüksek mimar Macit Kural ve Yüksek Mimar Zühtü Bey onarım projesine başladı. Bedesten’in orta bölümünde bulunan büyük salonun onarımı büyük ölçüde tamamlandıktan sonra, 1939 yılında Prof. Dr. Hans Gustav Güterbock ve Prof. Dr. Hans Henning von der Osten Hitit heykeltıraşlık eserlerini buraya yerleştirmeye başladı. Bedesten içinde sergilenecek Hitit dönemine ait eserlerinin üzerlerine konulacağı kaideler 1941-1942 yılları arasında tamamlandı. Bedesten’in çevresinde yer alan yıkık ve harap halde bulunan dükkânların kamulaştırması işlemine 1943 yılında başlandı. Bu tarihte binaların onarımı devam ederken, orta bölüm ziyarete açıldı. Müzede, 1944 ve 1945 yıllarındaki eser sayısı 39.511’dir. 1946 yılında Prof. Dr. Güterbock Ankara Bedesteni’nde Bulunan Eti Müzesi Büyük Salonu’nun Kılavuzu adlı bir kitap yazdı ve o yıllarda Ankara Üniversitesi Dil Tarih Coğrafya Fakültesi Arkeoloji Bölümünde görevli Dr. Nimet Özgüç tarafından Türkçe'ye çevrildi. Milli Eğitim Basımevi tarafından yayımlandı. Kurşunlu Han’ın zemin katındaki üç oda onarıldı ve yönetim-idare odası da buraya taşındı.

1948 yılının Şubat ayında Akkale Müzesi artık müzenin deposu olarak kullanılmaya başlandı. Hitit Eserleri Salonu, 30. 10. 1951 tarihinde Ankara Arkeoloji Müzesi’nde açıldı. Mahmut Paşa ve Kurşunlu Han Bedesten restorasyonu 1968 yılına kadar sürdü. Asar-ı Atika Müzesi’nin yanı sıra, Ankara Arkeoloji Müzesi ve Eti Müzesi olarak da anılan müze, Mahmut Paşa Bedesteni’nin yanındaki galerilerin onarım çalışmalarının 1968 yılında bitmesini takiben bugünkü adını aldı. Kurşunlu Han onarıldıktan sonra müzenin idare binası, kütüphane konferans salonu, alt kısmı laboratuvar ve depo olarak kullanıldı. Bugün idari bina olarak kullanılan Kurşunlu Han’da araştırmacı odaları, kütüphane, konferans salonu, laboratuvar ve iş atölyeleri yer almakta, Mahmut Paşa Bedesteni ise teşhir salonu olarak kullanılmaktadır. Anadolu’da yaşamış tüm medeniyetlere ait eserler yer aldığı için bu müzenin adı Anadolu Medeniyetleri Müzesi olarak değiştirildi. Anadolu Medeniyetleri Müzesi 1997 yılında Avrupa Yılın Müzesi Ödülü'nü aldı. Belçika’da 18. 04. 1997 tarihinde gerçekleşen ödül töreninde Anadolu Medeniyetleri Müzesi'nin müdürü İlhan Temizsoy’a bu ödülü Belçika Kraliçesi Fabiola takdim etti. Anadolu Medeniyetleri Müzesi’nde 1999’dan itibaren kültür ve tabiat varlıklarının korunmasına yönelik seminerler ve müzenin bulunduğu semtte yaşayan kadınlar, engelliler, hükümlüler, madde bağımlıları ve sokak çocuklarına yönelik etkinlikler gerçekleştirilmektedir. 2014 yılında iki yıl süren restorasyon çalışmaları tamamlandı ve müzenin tekrar açılışı gerçekleştirildi. Anadolu Medeniyetleri Müzesi’nde Paleolitik dönemden (Yontma Taş dönemi) günümüze Anadolu’da yaşamış uygarlıklar kronolojiye uygun bir şekilde teşhir salonlarında sergilenmektedir.