Amasya’da yer alan Büyük Ağa Medresesi olarak anılan Kapı Ağası Medresesi, Osmanlı dönemine ait bir eğitim yapısıdır. Bugün ana giriş kapısı üzerinde yer almayan Amasya Müzesi’ndeki kitabesinden yapının II. Bayezıd döneminde Dâr-üs-sade Ağası Hüseyin Ağa tarafından 1489 yılında inşa ettirildiği anlaşılmaktadır.

Ana duvar örgüsü tuğla ve moloz taş kullanılarak almaşık teknikte inşa edilen Kapı Ağası Medresesi, Osmanlı mimarisinde medreseler açısından yaygın olarak karşılaşılmayan bir plana sahip olması bakımından önemlidir. Özellikle içerden ve dışardan sekizgen planlı tek yapı olan medrese, muhtemelen arazinin yapısına göre de bu şekilde inşa edilmiştir. Kuzeybatı yönünde bulunan cepheden dışa taşkın, kenar bordürlerine sahip anıtsal büyüklükteki sivri kemerli sade taç kapıdan yapıya giriş sağlanmaktadır. Kapı üzerindeki kitabelik yeri boştur. Giriş sağlanan bu kapıdan dar bir geçitten avluya ilerlenmektedir. Sekizgen planlı açık avlulu yapının etrafı başlıkları genel itibariyle sade özellik gösteren sütunlara oturan sivri kemerli üzeri tonozlarla örtülü bir revakla çevrelenmiştir. Revakların gerisindeki odaların üzeri ise kubbe ile örtülü olup kubbeye geçiş elemanı pandantiftir. Duvarların avluya bakan cephesinde Bursa kemeri süslemesiyle karşılaşılmaktadır. Odalar içerisinde eşyaların konulması için açılan nişler ile ısınmayı sağlayan ocaklar yer almaktadır. Odalarda altlı üstlü çift sıra pencere uygulamasına gidilmiş ve mekanlar bu açıklıklarla aydınlatılmıştır. Üst kısımdaki pencereler sivri kemerli alçı pencere (revzen) iken alttaki pencereler dikdörtgen formlu olup üzerleri yarım daire kemerlerle sonlandırılmıştır. Alt pencerelerin önü demir lokma şebekelerle kapatılmıştır.

Yapının güneyinde bulunan mescid-dershane cepheden dışa taşkın bir görüntü sunmakta olup diğer bölümlere göre yüksek tutulmuştur. Bu mekâna avludaki basık kemerli üst kısmı mukarnas bezemeli bir kapıdan geçiş yapılabilmektedir. Kapı önündeki revağın kubbesindeki mukarnas bezeme dikkat çekicidir. Giriş kapısının karşısında çini ile kaplı mihrap ve minder vardır. Kare planlı üzeri kubbeyle örtülü mekânın doğu ve batı yönlerinde eyvanlar mevcut olup bu birimlerin üzeri yarım kubbeyle örtülüdür. Ana mekânı örten büyük kubbenin üzeri ise kurşun malzeme ile kaplanmıştır.

Harap olan yapı, 1980 yılında Vakıflar İdaresi himayesinde restorasyon görmüş olup avlusundaki havuz ise sonradan eklenmiştir. Medrese, günümüzde Kuran kursu işlevinde hizmet vermektedir.