Alaşehir ilçe merkezinin güneybatısında yer alan Gavur Tepe Höyüğü’nde yapılan kazılarda şehrin tarihinin Kalkolitik Çağ’a kadar uzandığı ortaya çıkmıştır. Kuruluşundan günümüze Philadelphia, Neocaesaria, Alaşehir gibi isimlerle anılan kent binlerce yıllık geçmişinde siyasi, ticari ve dini açıdan önemli bir yerleşim merkezi olagelmiştir. MÖ II. yüzyılın ortalarında Bergama Kralı II. Attalos Philadelphos tarafından eski yerleşim yeri üzerine yeni bir yerleşim yeri kurulmuş ve buraya kralın adı olan Philadelphia denildi. Daha sonra Roma egemenliğine giren bölgede büyük bir depremle hasar gören kent, imparatorun yardımıyla kısa sürede toparlanarak Neocaesaria adını almıştır. MS 395 yılından sonra Doğu Roma egemenliğinde kalan Philadelphia kenti Bizans imparatorları tarafından surlarla çevrilmiştir. 1081 yılında Türkler tarafından fethedilen ve Alaşehir olarak adlandırılan kent birkaç kez el değiştirse de Yıldırım Bayezid döneminde bir Türk yurduna dönüşmüştür.

Kalkolitik – Tunç Çağları buluntuları barındıran Gavurtepe Höyüğü’nün zirvesinde, MÖ iki bin yılın ortalarına tarihlenen bir megaron saptanmıştır. Bunun yanında höyükte çeşitli dönemlere ait çok sayıda seramik, bronz iğneler ve mermer idollere rastlanmıştır. Alaşehir ilçe merkezinin güneyinde bulunan antik Philadelphia kentinin Akropolisi durumundaki Toptepe üzerinde tiyatro, bir tapınak yapısı ve stadyum yer almaktadır. Akropol’deki tapınak, tiyatroya çok yakın olduğu için tiyatro tapınağı olarak da adlandırılmaktadır. Bu tapınaktan çıkarılan bezemeli mermer mimari blokların da bulunduğu çok sayıda eser tiyatro alanında sergilenmektedir. 1983 yılında Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından desteklenen kazılar sonucu sahne binasının bir kısmının da ortaya çıkartıldığı tiyatro Erken Roma dönemine tarihlenmektedir. Tiyatronun doğu kısmı Bizans ve Osmanlı dönemlerinde yerleşim alanı ve mezarlık olarak kullanılmıştır.

Doğu Roma İmparatorluğu zamanında Philadelphia’yı kuşatan ve bir kısmı hala ayakta olan surlar sık sık depremlere maruz kaldığından günümüzde hemen hemen özelliklerini kaybetmiştir. Philadelphia’yı ve akropolü çevreleyen surların ortalama kalınlığı 2,5 metre yüksekliği yaklaşık sekiz metre ve uzunluğu ise sekiz kilometre kadardır. St. Jean Kilisesi Alaşehir’in dünya çapında bilinmesine neden olmuştur. Alaşehir halkı arasında Üçayak veya St. John ismiyle bilinen kilise kalıntıları, şehir merkezindeki Yıldırım Bayezid Camii’nin güneyinde bulunmaktadır. İncil’in vahiy bölümünde adı geçen ve kendilerine mesaj gönderilen Yedi Kilise’den biri olan (Buradaki kilise sözcüğü kilise binasını değil cemaati anlatmaktadır) St. Jean Kilisesi Ege Bölgesi’ndeki Hristiyanlığın ilk çağlarına ait kiliseleri olarak kabul edilmektedir. St. Jean Kilisesi’ne ait yaklaşık 15 metre yüksekliğindeki altı anıtsal ayaktan sadece üç tanesi günümüze ulaşmıştır. Payelerin bu yüksekliği ve kalınlığı ile kemerlere bağlanışı, kilisenin geçmişte görkemli bir yapı olduğu izlenimini vermektedir. Alaşehir kentinde henüz bir müze olmadığı için kilisenin bulunduğu alan, ele geçen pek çok kalıntının korunup sergilendiği bir açık hava müzesi ve müze deposu olarak kullanılmaktadır. Türkiye’nin inanç turizminde önemli bir yeri olan ve çoğu kaynakta Philadelphia Church olarak adlandırılan kiliseyi her yıl binlerce turist ziyaret etmektedir.