İlkokul ve ortaokulu Kuşadası’nda okudu. Lise eğitimine ise İzmir Atatürk Lisesi’nde devam etti. Kariyerinin ilk yıllarında balıkçılık, tarım ve zeytinyağı fabrikası işlerini yürüttü. Daha sonra babasından kalan bu işleri büyüttü ve 1957 yılında Akdeniz şirketini kurdu. Kuşadası’ndaki ilk seyahat acentası olan Akdeniz Turizm’i (Akdeniz Gemi ve Turizm Acentası) kurdu (1959). Akdeniz Şirketi, Türk Hava Yollarını dahi geride bırakarak Türkiye’ye en fazla döviz getiren şirket unvanını elde etti (1971). 1980 yılına kadar da Türkiye’nin en fazla döviz getiren şirketleri arasında yer almaya devam etti. İlk otelini 1975 yılında açtı ve açtığı zaman yatak kapasitesi 290 olan otelin yatak kapasitesini vefat ettiği 2001 yılında 2300’e çıkardı. Kuşadası’na ilk turizm hareketini getiren kişi Naci Akdoğan oldu. Türkiye’nin birçok yerinde günümüzde yönetici durumundaki turizmci ve otelcinin ise mesleklerinde yetişmesine büyük katkı sağladı.

Akdoğan Kuşadası’nın ilk yağ fabrikasının da sahibi oldu. İlçeye iskele yapılmasından sonra ise gemilere kumanya veren ilk şirketi kurdu. Turizmin gelişmesiyle birlikte Akdeniz Seyahat Acentası’nı, Akdeniz Oteli’ni kuran, turizmin duayeni sayılan Naci Akdoğan, Kuşadası’nda halen turizme hizmet veren Club Akdeniz, Akdeniz Inn, Akdeniz Apart, Pamay Apart, Aktaş Apart konaklama tesislerinin de sahibi oldu. Naci Akdoğan’ın ilçede ayrıca soğuk hava deposu, sineması ve iş hanları bulunuyordu. Üç çocuk sahibi olan ve 2001 yılında 82 yaşında iken aramızdan ayrılan Naci Akdoğan, Kuşadası Eğitim Geliştirme Vakfı’nın (KEGEV) kurucuları arasındadır. Vakıf tarafından kurulan Özel Naci Akdoğan Koleji’ne yaklaşık 19 dönümlük arazi bağışladı ve okul ismini kurucu üye Üzeyir Naci Akdoğan’dan aldı.