İzmir’de doğdu (1815). Annesi Adele Marie (1792-1867), babası Richard van Lennep’tir (1779-1827). Uzun süre Doğu’da yaşayan Hollandalı, aralarında eğitimli ve yazarların bulunduğu seçkin bir Protestan bir ailedendi. Aile, 1731 senesinde ticaret yapmak üzere İzmir’e yerleşti. Babası İzmir’de İsveç Konsolosluğu da yaptı. Ailesinin kararı üzerine 15 yaşında eğitim almak üzere Amerika Birleşik Devletleri’ne (ABD) gönderildi. 1837’de Amherst Koleji’nden mezun olduktan sonra, bir yıllığına Andover İlahiyat Okulu’na devam etti. Ardından Connecticut Eyaleti’nde bulunan Hartford’da Dr. Joel Hawes’un yönetiminde dinî eğitimini tamamladı. Amherst’te 27. 08. 1839’da Kongregasyon Delegeliği’ne atandı. Aynı yıl içerisinde ilk evliliğini bir misyoner babanın kızı olan Emma Luceba Bliss (1820-1840) ile gerçekleştirdi. Kısa adıyla ABCFM ya da BOARD olarak tanınan American Board of Commissioners for Foreign Missions’ın (Yabancı Misyonlar için Amerikan Yardım Heyeti) bir misyoneri olarak Türkiye’ye döndü. Göreve doğum yeri İzmir’de 13. 04. 1840’ta başladı. Bu arada 12. 09. 1840’ta eşi Emma’yı kaybetti. Sırasıyla İzmir (1840-1844; 1863-1869), İstanbul (1844-1854) ve Tokat (1854-1863) gibi şehirlerde Amerikan Board için misyonerlik görevini tam 29 yıl boyunca sürdürdü.

Van Lennep, Batı Asya ve Mısır bölgelerinde yoğun bir şekilde seyahat etti. İzmir’deki ilk misyonerlik deneyimi Batı Anadolu (Ege Bölgesi ve Trakya) ile Yunanistan’ı kapsayan vaaz turnelerine sahne oldu. Bu ilk deneyimin ardından 1843’te ABD’ye gitti. ABD’ye bu ikinci gidişinde 0s4. 09. 1843’te, dini eğitiminde en büyük paya sahip hocası Dr. Joel Hawes’un kızı Mary Elizabeth (1821-1844) ile evlendi. Yeni evli çift 26 Aralık 1843’te İzmir’deydi. 28. 05. 1844’te İstanbul’a ulaştılar. 1844’te Van Lennep İstanbul’da görevlendirildi. Mary Elizabeth aynı yıl 23 yaşında dizanteriden Ekim ayı sonlarında öldü. İstanbul’da bulunduğu süre içerisinde misyonerlik görevinin yanı sıra, bir ara İlahiyat Okulu’nda, daha sonraları Robert Kolej’de dersler verdi. Bir yandan da diğer misyon merkezlerinde aksayan çalışmaları hızlandırdı. 1847’de BOARD’un ABD’deki genel merkezindeki Ermenilerin tavsiyesi üzerine Antep Misyonu’nu teşkilatlandırmakla görevlendirildi. Denizyolu ile İstanbul’dan Beyrut’a geçti. 1847’de Suriye ve Filistin’e yaptığı seyahat, 1875’te Bible Lands, Their Modern Customs and Manners Illustrative of Scripture (Açıklayıcı Metinlerle Kutsal Kitap Ülkeleri, Modern Örf ve Âdetleri) başlığıyla yayımlandı. 1848’de Antep’e geldi. Buradan tekrar İstanbul’a döndü. 1849 yılının sonlarında ABD’ye gitti ve 18. 04. 1850’de Emily Ann Bird ile üçüncü ve son evliliğini yaptı.

1854 yılında Lennep’in görev yeri değiştirildi ve Tokat’a atandı. Tokat’a gönderilme nedeni Merzifon’un doğusunda yeni açılan 60 kadar Ermeni Protestan Kilisesi’nin hak ve özgürlüklerini savunmaktı. Şehirde daha önce George Krugg tarafından satın alınan ve ticaret merkezi olarak kullanılan dört katlı bir konak onun emrine verildi. Çalışmalarında Merzifon’daki teşkilatın yardımlarını aldı. Tokat’ta ilk işi, emrindeki dört katlı konağı yapacağı işler için organize etmek oldu. Konağın en üst katına içerisine 150 kişinin sığabildiği bir Protestan Kilisesi açtı. Üçüncü katı kendisi ve diğer misyoner aileler için lojmana dönüştürdü. İkinci katta Gregoryen, Ortodoks, Katolik, Ermeni ve Rum çocukların eğitimi için dershaneler kurdu. Bu katta, aynı zamanda adı geçen cemaatlerin yetişkinlerinin Protestan Mezhebi’ne hazırlanması için bir de danışma merkezi açtı. Konağın zemin katını misyoner, öğretmen ve diğer misafirlerin kalacağı bir misafirhane yaptı. Böylece, Tokat’ta bir misyon merkezi ile bir ilahiyat okulunu 1855’te faal hâle getirdi. Tokat Protestan Okulu’na öğrenci alımında çok titiz davrandı. Okula, gelecek vaat eden, başarılı öğrencileri kabul etti. Öğrencilere oldukça eski dönemlerde kalan ve unutulmaya yüz tutan, hatta artık konuşulmayan Ermenice ve Rumca dillerini öğretecek öğretmenler buldu. Tokat Protestan Okulu’nun en büyük destekçisi Merzifon’daki misyon merkeziydi. Merzifon’daki misyon merkezi Tokat’taki okulu bir uç istasyon şeklinde kabul ediyordu. Haftanın belirli günlerinde Tokat’a Merzifon’dan öğretmen ve doktor geliyordu. Özellikle Amasya ve Tokat’ın kuzey kesimlerinde okulun başarılı öğrencilerinden bir kısmı gezici tıp ve eğitim hizmetine alındılar. Merzifon’daki merkezden gelen tıp mensuplarıyla bu öğrencilerden meydana getirilen bir ekip sağlık taraması ve Protestanlık propagandası yapmak için en ücra yerleşim noktalarını dolaştılar. Tokat’taki okulun başarılı öğrencilerinden bazıları misyoner vekili olarak seçildiler. Ellerindeki Türkçe, Ermenice ve Rumca İncilleri satmak için Kazova, Artova, Amasya, Niksar, Çarşamba, Divriği ve Arapgir’de Müslüman-Hıristiyan ayrımı yapmadan ev-ev dükkan-dükkan dolaştılar.

Suriye, Anadolu ve Rumeli’de yaptığı tehlikeli ve yorucu seyahatler, iki eşini alışık olmadıkları iklimlerde, üstelik salgın hastalıklarda yitirmesi, henüz küçük yaşlardaki iki çocuğunu kaybetmesi, onun çalışma, araştırma ve incelemeye olan tutkusunu asla yok edemedi. Bir taraftan Tokat’ta misyon teşkilatlanmasını sürdüren van Lennep, bir taraftan da başta Tokat, Sivas ve Amasya şehirleri ve bu merkezlere bağlı en küçük yerleşim birimlerine uzanan yolculuklar gerçekleştirdi. İzmir’de doğması, çocukluğunun Türkler arasında geçmesi, ileri derecede Türkçe bilmesi bu gezilerde kendisi için büyük avantaj oluşturdu. Görev aldığı ve dolaştığı şehirlerin sosyal ve ekonomik durumlarını, doğal yapılarını, coğrafi özelliklerini, bitki ve hayvan türlerini ayrıntılarıyla inceledi ve tüm özelliklerini yansıtarak resimlerini yaptı, haritalarını çizdi. Derlediği tüm bilgileri, ileride basılacak şekilde dikkatli, düzenli bir şekilde not etti. Bütün bu olumsuzluklara rağmen 1856’da James Edward ve 1859’da Henry Martyn adında iki oğlu Tokat’ta dünyaya geldi. Aynı yıl şehirde meydana gelen bir karışıklık sırasında, misyon binası kundaklanarak yakıldı. Henüz iki yaşındaki oğlu Henry, Ağustos 1859’da Tokat’ta öldü.

Lennep, 1861 yılının Ekim ortasında eşi ve çocuklarıyla hem tatil hem de misyon merkezlerinde çalışmalar yapmak üzere ABD’ye gitti. 1863’te tekrar Türkiye’ye, İzmir’e döndü ve 1869 yılına kadar İzmir’de vaizlik ve öğretmenlik faaliyetlerini sürdürdü. Yakalandığı katarakt hastalığı nedeniyle ileri derecede görme kaybına uğradı ve aktif çalışma yeteneğini kaybetti. Bunun üzerine 1869 senesi itibarıyla Türkiye’deki çalışmalarına son verdi ve ABD’ye giderek oraya kesin olarak yerleşti.

American Board misyoner teşkilatının Merzifon’daki istasyonuna bağlı olarak 1854-1863 tarihleri arasında Tokat’taki uç istasyonu teşkilatlandırmak üzere görev yapmış olan misyoner Henry John van Lennep 24. 04. 1864’te İzmir’den Samsun’a oradan da Tokat’a ve daha sonra karayoluyla Yozgat üzerinden İzmir’e dönüşüne ait notlarını Travels in Little-Known Parts of Asia Minor (Anadolu’nun Az Bilinen Bölümlerinde Seyahatler) adlı iki ciltlik eserinde topladı. Bizzat kendisi tarafından resimlendirilen bu değerli eseri 1870’te ABD’de basıldı. Bu kitap Tokat, Sivas, Amasya, Samsun gibi şehirlere yaptığı ziyaret ve dikkatlice tasvir ettiği Hitit devrine ait birçok önemli arkeolojik kalıntılar hakkında kaleme aldığı notlara dayanmaktadır. Van Lennep iki ciltlik bu eserinde misyonerlik anıları bir tarafa bırakılırsa, seyahat ettiği güzergâh üzerinde bulunan İzmir, İstanbul, Samsun, Amasya (Tokat’a geliş yolu), Tokat, Sivas (Tokat günleri), Yozgat, Çorum, Ankara, Afyon, Uşak, Manisa (İzmir’e varış yolu) şehirler hakkında önemli bilgiler vermektedir.

Le Roy’da (New York) kadınların gittiği Ingham Üniversitesi’nde 1876-1878 arasında üç yıl süreyle doğa bilimleri, klasik ve çağdaş Yunanca ve modern diller dersleri verdi. Van Lennep, buradan emekli olduktan sonra, Great Barrington’a çekildi. Burada oğlu E. J. Van Lennep’le birlikte Sedgwick Enstitüsü’nde idarecilik yaptı.

BOARD Genel Merkezi’ndeki kayıtlarda sabırlı, disiplinli bir kişi olduğu, düzenli çalışan ve derin bilgi sahibi olan, Osmanlı topraklarında 29 sene faaliyet gösterdi, üstün bir örgütlenme yeteneğine sahip başarılı bir misyoner olarak tanımlandı. Van Lennep birçok dilde uzmanlaştı. Türkçe, Fransızca, Almanca, İngilizce, Ermenice, Yunanca, Arapça, İbranice ve Farsça dillerine hâkimdi. Orta Doğu’da konuşulan beş dilde, en az 10 lehçede vaazlar verebiliyordu. Aynı zamanda yetenekli bir sanatçıydı, kapsamlı seyahatlerinden eskiz (kalem veya kalem ve mürekkep) sahneleri çizdi. Müzik, arkeoloji, botanik ve zooloji alanlarında yetenek ve bilgi sahibiydi.

Van Lennep’in 1862’de New York’ta basılan ve Yakındoğu tip ve giysilerini renkli resimlerle sunan Oriental Album (Doğu Albümü) adlı eseri, onun bir sanatçı ya da ressam olarak ustalığını açıkça ortaya koymaktadır. Pars Tuğlacı tarafından Türkçeye çevrilen bu albüm, Türkiye’de doğmuş, uzun süre bu ülkenin çeşitli yörelerinde incelemelerde bulunmuş, yüksek düzeyde bir kültüre sahip olan bir yabancının, XIX. yüzyılın ilk yarısında Osmanlı toplumu hakkındaki düşüncelerini yansıtması bakımından son derece ilginçtir. Küçük Asya’nın Az Bilinen Kısımlarında Seyahatler (1870) ve Bible Lands (Kutsal Kitap Toprakları) (1875) kitaplarında da çok sayıda çizime yer verdi. Aynı zamanda Profesör Edward Hitchcock için Massachussets Jeolojisi (1841) ve Yüzey Jeolojisi (1860) dâhil olmak üzere birçok çizim yaptı.