Sultan Bayezid 1484 yılında Osmanlı İmparatorluğu’na bağlı Boğdan Voyvodalığı’nın ödemesi gereken vergiler konusunda sorun yaşanması ve bölgede isyana yönelik faaliyetler ortaya çıkması nedeniyle Boğdan’a sefer düzenlemek üzere Osmanlı İmparatorluğu’nun ikinci başkenti olan Edirne’ye geldi. Boğdan’a sefer hazırlıkları yapılırken vezirlerine içinde bir darüşşifanın da yer alacağı külliye inşa edilmesi emrini verdi. II. Bayezid Külliyesi Darüşşifası’nın yapımı 1488 yılında biterek hizmete açıldı.

Savaş, ekonomik zorluklar gibi çeşitli nedenlerle bakımsız kalan Külliye beş asırdan uzun süredir ayakta kalmayı başarmıştır. Bu önemli tarihi yapı kompleksi, 1984 yılında Trakya Üniversitesi’ne devredildi.

Günümüzde müze haline getirilen II. Bayezid Külliyesi’ne ait olan medrese tıp bilimi ile ilgili derslerin okutulduğu bir yükseköğretim kurumu gibi faaliyet göstermekteydi. Külliyenin hastalara şifa bulmaya çalışılan bölümü olan şifahanesi ise tıp eğitimi alan öğrencilerin teorik bilgilerini pratikte uygulayabileceği bir hastane konumundaydı. Medrese bölümünde 18 odanın dışında dönemin tıp öğrencilerinin eğitim görmesi için yapılmış olan bir adet dershane yer almaktaydı. Medreselerde tam zamanlı eğitim gören 18 öğrenci bu odalarda kalmaktaydı. Medresede eğitim alan öğrenciler şifahane bölümüne pencereye benzeyen bir kapıdan geçerlerdi. Günümüzde bu kapı bozulduğu için kullanılmamaktadır.

Evliya Çelebi “Orada öyle bir darüşşifa vardır ki; dil ile tarif edilmez, kalem ile yazılmaz” şeklinde tanımlamaya çalıştığı dönemin hastanesi, dört asır boyunca kesintisiz hizmet vermeye devam etmiş ve dertlerine deva arayan insanlara çare olmaya çalışmıştır.

1984 yılında Trakya Üniversitesi yönetimine geçen külliyeye ait darüşşifa bölümü, çok hızlı bir dönüşüm geçirdi ve 1997 yılında restorasyonu tamamlanarak müze haline getirildi. Müzeye dönüştürüldükten yedi yıl sonra önemli bir başarıya imza atarak Avrupa Konseyi 2004 yılı Avrupa Müze ödülünü kazandı. Müzenin merkezinde yer alan Psikiyatri Tarihi bölümünde yaklaşık 540 yıl önce psikiyatri hastalarının su ve ney sesleriyle nasıl tedavi edilmeye çalışıldığı ses ve mankenler aracılığıyla canlandırıldı.