İstanbul’un Sarıyer ilçesine bağlı Boğaziçi’nin en eski yerleşimlerimden olan Emirgan semtinde yer almaktadır. Müze binası olan köşk 1925 yılında Mısır Hidiv Ailesi’nden Prens Mehmet Ali Hasan tarafından yazlık konut olarak yaptırıldı. Mimarı İtalyan Edoardo De Nari’dir. Köşk 1951 yılında sanayici Hacı Ömer Sabancı tarafından Hidiv Ailesi’nden satın alındı. Köşkün satın alındığı yıl bahçesine Fransız heykeltraş Louis Doumas’ın 1864 yılında yaptığı at heykeli yerleştirildi. Bu nedenle günümüzde “Atlı Köşk” olarak anılmaktadır.

Atlı Köşk, 1966 yılında Hacı Ömer Sabancı’nın vefatından sonra oğlu Sakıp Sabancı tarafından ailesiyle birlikte sürekli yaşadığı konut olarak kullanılmaya başlandı. Sabancı Ailesi’nin yaşadığı bu ev müzeye dönüştürülmek üzere Sakıp Sabancı tarafından oluşturulan koleksiyon ve eşyalarla 1998 yılında Sabancı Üniversitesi’ne devredildi. Müze, 2002 yılında Atlı Köşke ek sergi alanlarının eklenmesiyle hizmete açıldı. 2005 yılında ise çeşitli sergi alanları eklenerek genişletildi.

Müze içeriğini, Kitap Sanatları ve Hat Koleksiyonu, Resim Koleksiyonu ve Mobilya ve Dekoratif Eserler Koleksiyonu oluşturmaktadır. Müzede konservasyon birimleri de mevcutttur. Müzede uluslararası geçiçi sergiler, çocuk ve yetişkin olmak üzere eğitim programları, konferans, seminer ve konserler düzenlenmektedir. Kitap Sanatları ve Hat Koleksiyonu bölümünde, Kuran-ı Kerim nüshaları ve dua kitapları (XIV. yüzyıl ile XX. yüzyıl arasındaki döneme ait), Osmanlı hattatları tarafından yazılan ayet, hadis, kıt’alar, murakkalar ve levhalar, hattatların kullandığı araçlar, Osmanlı sultanlarının tuğralarına sahip resmi belgeler yer almaktadır. Bu bölümde öne çıkan eserler arasında, Abdullah Herevî’ye ait 1441-42 tarihli Kuran nüshası, II. Bayezid’in oğlu Şehzade Korkut’a ait Kuran nüshası, XVIII. yüzyıl tarihli Şekerzade Mehmed, Giritli Mehmed, Berberzade Mehmed Said ve Yesari Mehmed Esad ketebeli kıt’alar ve murakkalar, Osmanlı tuğrasını bulunan imparatorluk belgeleri (XV. yüzyıl başından XX. yüzyıl başına kadar) yer almaktadır.

Resim Koleksiyonu bölümünde, Tanzimat döneminden Cumhuriyet dönemine kadar Türk resim sanatına ait eserler (XVIII. yüzyıl ikinci yarısından XX. yüzyıl ortalarına kadar olan dönem) ile 1950 sonrası Türk resim sanatına ait eserler yer almaktadır. Resim Koleksiyonunda önemli örnekleri arasında, Konstantin Kapıdağlı (XVIII. yüzyıl sonu XIX. yüzyıl başı) imzalı Şehzade III. Selim Portresi, Pierre- Désiré Guillement’nin 1873 yılına ait Halayık Portresi, Sultan II. Abdülhamit döneminde saray ressamı olan Fausto Zonaro’nun 1889 tarihli Kabak Taşıyan Genç Kız yağlıboya tablosu, 1876 tarihli Osman Hamdi Bey’in Vazolu Natürmort’u, Şeker Ahmed Paşa’nın Orman (1894), Ormanda Karaca (1895) ve Çiçekli Natürmort (1903) eserleri yer almaktadır. Mobilya ve Dekoratif Eserler Koleksiyonunu ise, Sabancı Ailesinin Atlı Köşkte yaşadığı dönemde kullandığı Batı tarzı mobilyalar, XIX. yüzyıla ait dekoratif sanat eserleri oluşturmaktadır.

Sakıp Sabancı Müzesi’ne satın alma yoluyla yeni eserler dahil edilerek koleksiyonlar zenginleştirilmektedir. Büyüme ve değişimlere oldukça açık olan müze teknolojik gelişmelerden de faydalanmaktadır. Atlı Köşk’ün Sabancı Ailesi’nin yaşadığı bölüm olan alt ve üst kattaki salonlarda Artırılmış Gerçeklik (Augmented Reality) uygulamaları kullanılmaktadır. Bu uygulamalar aracılığıyla müze, interaktif olma özelliği kazanırken müzede yer alan eserler daha dokunulabilir-erişilebilir olmaktadır.