Trakya Üniversitesi Senatosu’nun 27. 11. 1996’da yapmış olduğu toplantıda Edirne’nin Kırkağaç semtine bir Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi yapılması görüşüldü. Gerekçe olarak Meriç Nehri’nin Yunanistan tarafındaki Karaağaç bölgesini savaş tazminatı olarak Cumhuriyet topraklarına katılmasının Lozan Barış Antlaşması ile olduğu vurgulandı. Edirne Valiliği, Edirne Belediye Başkanlığı, Trakya Üniversitesi, Mimar Sinan Üniversitesi, İstanbul Teknik Üniversitesi ve İnönü Vakfı temsilcilerinden oluşturulan proje tasarımı çalışma ekibi ilk toplantısını 14. 02. 1997’de yaparak çalışmalara başladı. Anıtın tasarımı, seçilen yere aplikasyonu, çevre düzenlemesi gibi tüm ayrıntılar etüt edilerek proje tamamlandı ve anıtın temeli 29. 03. 1998’de atıldı. Temel atma töreninden sonra inşa çalışmaları sürerken bir yandan da Kütüphane ve Dokümantasyon Daire Başkanlığı tarafından müzenin oluşturulması için gerekli olan belgelerin sağlanması ile ilgili çalışmalar sürdürüldü. Bu süreçte Trakya Üniversitesi tarafından bir yardım kampanyası da başlatıldı ve Trakya Üniversitesi Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi yapımına yardım kampanyası adı altında hesap açılarak konu ile ilgili tüm bilgiler kamu kurum kuruluşları ve basın-yayın organlarına iletildi. Lozan Antlaşması’na ait tüm belgelerin sergileneceği Lozan Müzesi’nin düzenlenmesi için gerekli tüm araştırmalar yapıldı ve müzenin bir odası İnönü Vakfı, bir odası da Tarihi Araştırmalar ve Dokümantasyon Merkezleri Kurma ve Geliştirme Vakfı tarafından sağlanan belgelerle düzenlendi. Müzenin giriş koridorunda oluşturulan bir camekânda Lozan ile ilgili kitaplar sergilendiği gibi ikinci Cumhurbaşkanı İsmet İnönü’ye ait bazı özel eşyalar ve karikatürler de müzeye kazandırıldı. Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi çalışmaları 110 günde tamamlanarak 19. 07. 1998’de dönemin Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel tarafından açılışı gerçekleştirildi.

Kurulduktan sonra Karaağaç Yerleşkesi içerisindeki mekân ihtiyacı dolayısıyla müze birkaç kez yer değiştirdi. İlk olarak, günümüzde Güzel Sanatlar Fakültesi olarak kullanılan tarihi Edirne Garı binasının zemin katına taşınan müzenin içeriğinde herhangi bir değişiklik yapılmadı. Müze, Güzel Sanatlar Fakültesinin kullanım kapasitesinin artışına bağlı olarak 2014 sonlarında yeniden yer değiştirerek şimdiki yerine taşındı. Müzenin adı 29. 01. 2015 tarihli Senato Kararı gereğince Milli Mücadele ve Lozan Müzesi olarak değiştirildi. Bu değişikliklerle birlikte müze; bilgi, belge ve materyal yönünden de zenginleştirildi ve 19. 04. 2016’da müzenin açılışı gerçekleştirildi. Milli Mücadele ve Lozan Müzesi’nin sergileme planına göre giriş katı Milli Mücadele, birinci katı ise Trakya’nın Kurtuluşu ve Lozan temalarıyla düzenlendi. Giriş katı koridorunda Milli Mücadele kronolojisi, Mondros Mütarekesi, Sevr Antlaşması ve Lozan haritaları sergileniyor. Bu kattaki A Odası, biyografilere ayrılmış olup odada Trakya’da Milli Mücadeleye hizmet vermiş kişilerin hikâyeleri, resimleri ve çeşitli bilgi ve belgeler yer alıyor. B Odası Milli Mücadele dönemi Edirne mitingleri, cemiyetler, Trakya kongreleri ve dönemin Edirne gazetelerine ayrılırken C Odasında Trakya işgaliyle ilgili belgeler ve resimler sergileniyor. D Odasında ise Trakya’nın kurtuluşuna giden yol çeşitli belge ve resimlerle anlatılıyor. Müzenin birinci katının koridorunda Lozan kronolojisi, Edirne Vilayeti haritası ve 1914 nüfus bilgilerini görmek mümkündür. Bu kattaki F Odasında Trakya’nın kurtuluşu teması altında bu süreçte rolü olan önemli şahsiyetlerle ilgili bilgilerin yanı sıra Trakya’nın Türklere devri ve Edirne’nin kurtuluş günü 24-25. 11. 1922’de yaşananlara dair bilgi, belge ve resimler sunuluyor. G Odasında Lozan Konferansı ve Barış Antlaşması’yla ilgili fotoğraflar, imza belgeleri, yazışmalar ve haritalar sergilenirken H Odasında ise Lozan Konferansı'na ait resimler ve karikatürlerin yanı sıra Lozan Barış Antlaşması Karaağaç Protokolü, demiryolu ulaşımı, Karaağaç İstasyonu’nun kullanımı ve Karaağaç’ın 15. 09. 1923’te Türklere devrine dair belge ve resimler yer alıyor.

Milli Mücadele ve Lozan Müzesi, tarihi, kültürel ve sanatsal değerleriyle Anıt-Kent Edirne’nin şehir merkezine “Lozan Caddesi” ile “Meriç Nehri” üzerinde gerdanlık gibi süzülen “Meriç Köprüsü” ile bağlanan ve dönemin mimari özelliğini taşıyan geniş bahçeli, köşklerin ve konakların bulunduğu Karaağaç semtinde yer alan Trakya Üniversitesi’nin Karaağaç yerleşkesinde yer almaktadır. 

Müze’nin bulunduğu “Tarihi Gar Binası ve Sosyal Tesisleri”nin Trakya Üniversitesi’ne tahsisi ile ilgili karar Maliye Bakanlığı Milli Emlak Genel Müdürlüğü’nün 21.11.1997 tarih ve 45569 sayılı yazısıyla gerçekleşti. Trakya Üniversitesi Senatosu da 19.03.1997 tarihindeki toplantısında tarihi bina ve tesislere Trakya Üniversitesi Rektörlük merkez yönetiminin taşınması ve bu alana “Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi”nin yapımını hayata geçirilmesi konusundaki kararları oy birliği ile aldı. Yapılan çalışmalar sonucu Haziran 1998 tarihinde Rektörlük birimleri yerleşkeye taşınmış olup Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi’de 19 Temmuz 1998 günü dönemin Cumhurbaşkanı Sayın Süleyman Demirel’in katılımıyla açılışı yapılarak kentin ve ülkemizin kültür yaşamına kazandırıldı. Bugünkü müzenin temelini oluşturan Lozan Müzesi, İsmet İnönü Vakfı ile Tarihi Araştırmalar ve Dokümantasyon Merkezleri Kurma ve Geliştirme Vakfı tarafından düzenlendi. Lozan Antlaşması’na ait kitap, belge ve dokümanlar ile İsmet İnönü’ye ait kişisel eşyalar müzede sergilenmektedir.  Kültür Bakanlığı’nın 28.08.2000 tarih ve 9658 sayılı yazısı ile müze resmi kimliğine kavuştu..  

Rektörlük birimlerinin Karaağaç’tan Balkan Yerleşkesi’ne taşınmasını müteakip “Karaağaç Yerleşkesi’nin içerisinde mekân ihtiyacı dolayısıyla” müze birkaç defa yer değiştirmiştir. İlk taşınma Mimar Kemalettin’in eseri olan bir zamanlar Edirne istasyonu olarak hizmet veren ve günümüzde Güzel Sanatlar Fakültesi Dekanlığı olarak kullanılan binanın zemin katına olmuştur. Taşınma esnasında müzenin içeriğinde herhangi bir değişiklik olmadı, sadece mekân değişikliği yapıldı.

Müze, Güzel Sanatlar Fakültesi'nin kullanım kapasitesinin artışına bağlı olarak 2014 yılı sonlarında bir kez daha yer değiştirdi, Müze içerisindeki eşyalar şimdiki Milli Mücadele ve Lozan Müzesi için tahsis edilen binaya taşındı. Trakya Üniversitesi Müzeler Yürütme Kurulu’nun Rektörlük koordinasyonunda yürüttüğü çalışmalar sonucunda mevcut müzenin adı, 29 Ocak 2015 tarihli Senato Kararı gereğince “Milli Mücadele ve Lozan Müzesi” olarak değiştirildi. İsim değişikliği ile birlikte güncellenen senaryoya bağlı olarak müze bilgi, belge, materyal yönünden zenginleştirilmiş, yenilenen teşhir-tanzimi ile 19 Nisan 2016 Salı günü açılışı gerçekleşti. Sonuç itibariyle; 2014 yılı sonlarında ortaya çıkan Milli Mücadele Müzesi kurma fikri, 2015 yılı başlarında “Milli Mücadele ve Lozan Müzesi”ne dönüştü ve uzun süren çalışmalardan sonra “Milli Mücadele ve Lozan Müzesi” kentin kültür yaşamına kazandırıldı.

Müze’de Milli Mücadele ve Lozan Antlaşması’na ait pek çok kitap, obje ve bilgilendirici panolar yer almaktadır. Müze giriş dâhil iki kat ve yedi odadan oluşmaktadır. Panolarda Yunan işgalci askerlerin dini inanç hürriyetine karıştıkları ve camilere ayakkabılarla girdikleri için tartışma sonrası sürgüne Midilli’ye gönderilen Müftü Hilmi Efendi’nin Kasım 1920’de yazdığı mektupların orijinal kopyası da sergilenmektedir. Müzenin danışmanlığını Dr. Öğr. Üyesi Veysi Akın yürüttü. Trakya Paşaeli Müdafa'a-i Hukuk-ı Osmaniye Cemiyeti'nin kuruculuğunda bulunmuş ve hizmet etmiş kişilerin torunları olan Prof. Dr. Hasan Berke Dilan, Cem Altınel ve Kasım Yolageldili ellerinde bulunan belge ve objeleri müzeye bağışladılar. Müze yerli ve yabancı turistlerin ilgisini çekmektedir. Müze’ye giriş ücretsizdir.