Amasya’da Yeşilırmak’ın ev sahipliğini yaptığı, şehrin iki yakasını birbirine bağlayan köprüler bulunmaktadır. Bu köprülerin en önemlilerinden ikisi Magnidus ve Helkıs köprüleridir. Bölgede yer alan diğer köprüleri ise Çağlayan (Çalakçalık) Köprü, İstasyon Köprü (Meydan köprüsü), Alçak Köprü, Künç Köprü olmak üzere sıralamak mümkündür.

Sultan Bayezid Camii önünde konumlanan Magnidus Köprüsü, halk arasında Maydanoz ya da Madenüs olarak isimlendirilmektedir. Köprünün 1485 yılında Mevlevi Tacibeyzade Sadi Çelebi’nin kızı Fatma Hatun tarafından yaptırıldığı düşünüyor olsa da henüz kanıtlamamıştır. Aksine geçmiş zamanlarda iç kaleye açılan kapılardan birinin bu köprüyle bağlantısının olması köprünün yapımının Roma dönemi öncesine kadar dayanabileceğinin göstergesi olarak kabul edilmektedir. Köprünün yapımında ahşap yapı malzemesinin kullanılması köprünün sel sularına karşı direnmesini olumsuz yönde etkileyerek köprünün 1968 yılındaki bir sel felaketinde yıkılmasına neden olmuştur. Beton ayaklardan ve demir gövdeden tekrar yapılan köprü 2011 yılında yeniden restore edilmiştir. Köprü sadece yayaların kullanımına açıktır. Çeşitli efsanelere konu olan köprüyle ilgili en yaygın anlatı cimri bir kadın olan Fatma Hanım tarafından maydanoz parasıyla köprünün inşa edildiği yönündedir.

Günümüzde Hükümet Köprüsü olarak da bilinen Helkıs Köprüsü, şehrin tam ortasına konumlandırılarak iç kalenin Helkıs Kapısı civarında yer almaktadır. Kuzey ucunda Şair Ziya Paşa Saat Kulesi’nin yer aldığı köprünün ilk yapımında yine ahşap malzemelerden yararlanılmıştır. Yapım tarihi Roma dönemine dayandırılan köprü Osmanlı Devleti zamanında onarımı gerçekleştirilerek kullanılmaya devam edilmiştir. Vali Talat Öncel tarafından 1938 yılında ahşap Helkıs Köprüsü yıktırılarak yerine 1940 yılında yeniden betondan bir köprü yaptırılmıştır.