Kutsal emanetlerin Osmanlı’ya gelişi Yavuz Sultan Selim dönemine dayanmaktadır. Selim’in Mısır’a yapmış olduğu sefer sonunda Filistin, Suriye ve Mısır Osmanlı hakimiyetine girdi. Bununla birlikte, halifelerin gözetiminde olan kutsal emanetler de halifeliğin Osmanlı’ya geçmesi nedeniyle, İstanbul Topkapı Sarayı’na getirildi. Koleksiyonlarına ayrıştırılan zengin eser repertuvarı içerisinde İslamiyet için özel bir anlam taşıyan Kutsal Emanetler koleksiyonu, müzecilik düzenlemesinde ele alınarak, 31. 08. 1962 tarihinde halkın ziyaretine açıldı. Koleksiyon, halen Topkapı Sarayı içerisinde Has Oda’nın Mukaddes Emanetler Dairesi’nde sergilenmekte ve muhafaza edilmektedir. Sergide, Selim’in halife olduğu XVI. yüzyıldan XIX. yüzyıl sonlarına kadar padişahlara gönderilen hediyeler de yer almaktadır. Hilafetin Abbasilerden Osmanlı’ya geçişinin ardından son Abbasi Halifesi III. Müvekkil, Hz. Muhammed’in Hırkasını (Hırka-i Saadet) Selim’e verdi. Vehhabi’lerin kutsal eşyalara ve kutsal mekanlara saldırdığı dönemde daha iyi korunmaları için Kutsal Emanetler Dairesi’ne gönderildi. Kutsal emanetlerin İstanbul’a gönderilmesi, sonrasında da devam etti. Örneğin, Medine’de bulunan emanetler, Birinci Dünya Savaşı sırasında yine daha iyi korunma gerekçesiyle Topkapı Sarayı’na gönderildi. Günümüzde, Topkapı Sarayı’nda sergilenmeye devam eden kutsal emanetler içerisinde Hz. Muhammed’in Hırkası (Hırka-i Saadet); sakalı, ayak izi, oku ve yayı, Uhud Savaşı’nda kırılan dişinin bir parçası (Dendan-ı Saadet), Sancak-ı Şerif, Hz. Musa’nın asası, Hz. Fatma’ya ait gömlek, Hz. İbrahim’in tenceresi, Hz. Ali, Hz. Davud, Hz. Ömer ve Hz. Ebubekir’in kılıcı yer almaktadır. Bunlara ek olarak, yüzlerce emanet Topkapı Sarayı içerisinde sergilenmekte ve korunmaya devam etmektedir.

Kutsal Emanetler Dairesi, 1997 yılında yapılan serginin ardından basit onarıma alındı ve restorasyona başlandı. Projenin hazırlanıp onaylanmasının ardından 2007 yılında yeni düzenlemesiyle ziyarete açıldı. Kamuoyundan olumlu tepkiler alan Kutsal Emanetler Dairesi, görsel ve yazılı medyada büyük ilgi gördü; 2008 yılının Mayıs ayında Kültür ve Turizm Bakanlığı’nın çağdaş müzecilik uygulamalarına verdiği ödüle değer görüldü.