Amasya’nın Şamlar Mahallesi’nde yer almaktadır. Ayas Ağa Külliyesi olarak da anılmaktadır. Danişmentliler döneminde Emir (Melik) Gazi tarafından yaptırılan cami yıkıldığında, Kapı Ağası Ayas Ağa’nın yapıyı 1945 yılında külliye olarak yeniden inşa ettirdiği bildirilmektedir. Külliyenin kitabesi yoktur.

Anadolu’da en erken tarihli külliye örneklerine Artuklular döneminde rastlanılmaktadır. Külliyeler halka hizmet vermek amacıyla, devlet yöneticileriyle onların aileleri, devletin üst makamlarında görev yapan devlet görevlileri ve hayırsever zenginler tarafından yaptırılıyordu. Külliyeler sosyal tesis özelliği taşımakta ve çoğunlukla bir cami etrafında şekillenmekteydi. Ancak medrese, türbe ya da ticari bir yapı da külliyenin çekirdeğini oluşturabiliyordu.

Küçük Ağa Külliyesi’ni oluşturan yapılar cami, medrese, sıbyan mektebi ve haziredir. Külliyede binalar ortak bir avlunun etrafında yer almaktadır. Bu özellik Osmanlı öncesi Anadolu Türk mimarisi cami medrese geleneğini yansıtmaktadır.

Cami tek kubbeli ve kare planlıdır. Caminin beden duvarları moloz taştandır. Pencereler iki sıra halinde ve sivri kemerlidir. Caminin üst örtüsü kurşunla kaplı yayvan örtülü, minaresi silindirik ve altıgen kaidelidir. Kuzey cephesinde bulunan son cemaat yeri üç bölümden oluşmaktadır. Son cemaat yerinin orta bölümü yan bölümlerden daha dar ve aynalı tonozla örtülüdür. Orta bölüm caminin giriş kısmını oluşturmaktadır. Mihrap dikdörtgen planlı hücreye sahiptir. Minberi ise ahşaptır. Minarenin yarım altıgen şeklinde çıkıntılı kaidesi ve taş örgülü pabucu daha önceki cami yapısına aittir. Çeşitli onarımlar gören cami günümüzde ibadete açıktır.

Medrese odaları cami avlusunun üç tarafında yer almaktadır. Caminin kuzey bölümündeki avluyu kuzey yönünde altı, batı yönünde üç tane olmak üzere toplam dokuz tane hücre çevrelemektedir. Hücreler beşik tonozla örtülüdür. Hücrelerin önünde mermer sütunlar ile yuvarlak kemerlere oturan aynalı tonozlarla örtülü revak vardır. Hücreler ve revaklar ortak bir ahşap çatı altındadır. Medrese odaları tipik Osmanlı medresesi özelliği olan bir ucu daha kısa U plana sahiptir. Batı ucunda ise dershane olduğu düşünülen bir bölüm yer almaktadır.

Sıbyan mektebi, kuzeyde yer alan hücre dizisinin doğu ucunda bulunmaktadır. Beşik tonozla kapatılan iki mekandan oluşmaktadır. Sıbyan mektepleri Osmanlı İmparatorluğu’nda ilköğretim seviyesinde olan kurumlardı. Küçük bir mezarlık olarak bilinen hazire ise cami ile sıbyan mektebi arasında yer almaktadır. Külliye 2007 yılında onarım ve restorasyon görmüştür.