Kız Kulesi tarihi, MÖ 411’de Peloponnes Savaşları sırasında Boğaz’daki deniz trafiğini kontrol altına almak isteyen (Atinalı Alkibiades) Atinalılar’ın bu küçük kara parçasına, bir gümrük binası inşa etmeleri ile başlatılır. Tarihçi Niketas Khoniates (Honazlı Nikitas) ise kulenin yapımı ile ilgili başka bir kayıt düşer; XII. yüzyılda imparator Manuel Komnenos, İstanbul Boğazı’nın girişini düşman gemilerine Sarayburnu’ndan Kız Kulesi’ne uzanan zincirlerle kapayabilmek amacıyla söz konusu küçük ada parçası üzerine bu hisarı inşa ettirir. Kulede içme suyu temini ise kıyıdan deniz dibinden çekilen bir kanal ile sağlanmıştır. Bu dönemde kule ile kara arasında bir duvar inşa ettirildiği söylense de Kanuni Sultan Süleyman döneminde burası yıkılmıştır.

Osmanlı Sultan’ı Orhan Gazi’nin Bizans’ın eline tutsak düşen oğlu şehzade Halil için yaptığı görüşmeler Kız Kulesi’nde gerçekleşmiştir. Günümüzde mevcut bulunan kule, Osmanlı Devleti’nde karakol kulesi olarak kullanılan yapının bir kopyasıdır.

Kulenin XII. yüzyılda yapılan halinin harap olduğu söylense de İstanbul’un fethi sırasında buranın Venedikliler tarafından savunulması, o dönemde faal olarak kullanıldığını gösterir. 1420 senesinde Buondelmonte tarafından yapılan Canstantinople plânında, Kız Kulesi bir kale burcu iken; Fatih’in emri ile 1453'ten sonra Amyrutzen tarafından çizilen plânda, burç farklılık arz etmektedir. Zira Fatih Sultan Mehmet’in İstanbul’u fethi sırasında kule yıkılır ve ahşap olarak yenilenir, İstanbul’un takip eden yıllarda müdafaası için toplarla donatılır. Fatih ayrıca Kız Kulesi’nden akşam ve sabah mehter marşı çalınmasını emreden ferman ile kadı ve subaşıların uyanık kalmasını sağlamaya çalışmıştır.

1520’lerde Vavessore tarafından çizilen İstanbul manzarasında Kız Kulesi, kale şeklinde yansıtılmıştır. XV. yüzyılın sonları ile XVI. yüzyılın ilk yarısına ait gravürlerde, Üsküdar açıklarında küçük bir kale olarak görülen yapı; Pîrî Reis’in haritalarında İstanbul’a bakılınca, çevresi mazgallı duvarlarla örülü, ortasında küçük bir kule olarak resmedilmiştir.

Evliya Çelebi, kuleyi dört köşe, 80 arşın yüksekliğinde bir kale ve kulenin çevresini ise 200 adım olarak verirken iki cepheye bakan bir de demir kapısı olduğunu zikreder. İçerisinde 100 muhafız, dizdar, cephane, toplar olduğunu da ekler. Evliya’ya göre “Kule-i Duhter” (Kız Kulesi) karadan bir ok menzili mesafededir.

Gece yol alan gemilerin Kız Kulesi’nin yanından geçerken zorluk yaşaması üzerine, III. Ahmet döneminde, Kız Kulesi’nde geceleri sürekli fener yakılması için, 1719 senesinde Tersane-i Âmire'den günlük dört okka zeytinyağı tahsis edildiği belgelerde yer alır. Kulenin 1719’da talihsiz bir yangından ötürü ahşap kısımları tamamen yok olunca, 1725-1726 senelerinde Nevşehirli Damat İbrahim Paşa tarafından yeniden kargir olarak inşa ettirilir. Onarım sırasında, kulenin üstüne çatısı sütunlara oturtulan camlı bir de köşk yaptırılır. 1734 yılında ise Lâle Devri mimarlarından Kayserili Mehmet Ağa tarafından bazı kısımları tamir edilir. Osmanlı’da sarayda düzenlenen her türlü merasimde, sefere çıkış zamanlarında ve padişahların boğaz turuna çıktıkları günlerde, Kız Kulesi’nden topların ateşlenmesi de bir gelenek halini almıştır.

XVII. yüzyıl ortalarında ehemmiyetini kaybeden ve bir savunma hattı olmaktan çıkan kule hakkında yabancı gezginler şunları kaydeder; Du Loir: “Kız Kulesi'nde karısıyla beraber bir adamdan başka kimsenin oturmaz ve yerde dört-beş tane top bulunur.”; Fr. Gemelli: “Kulenin içinde dikkate şayan bir şey görülmez, sekiz adet top vardır.”; Tavernier; "Kulenin sahiline bazı toplar konulmuştur ki, bunlarla Boğaz, Sarayburnu'ndakilerden daha iyi muhafaza edilebilir; ancak bu topların çoğu bakımsız ve işe yaramaz bir haldedir." Ancak Boğaz istihkâmlarının ıslahı yapılırken buradaki toplar da elden geçirilmiştir. 1755'te Baron De Tott, bu topların çok iyi bir şekilde ateş ettiğini görmüş ve şayanı hayretle işaret etmiştir.

Sultan II. Mahmut Han döneminde tamir edilip Osmanlı-Barok mimari üslubunda, şimdiki şeklini alan Kız Kulesi, “Karantina Teşkilatı” kontrol üssü olarak kullanılmıştır. Kulenin giriş kapısında II. Mahmut’un tuğrası ve onun tarafından tamir ettirildiğine dair tarih kaydı da vardır. XVIII. yüzyılda ise gözden düşen devlet adamlarının haklarındaki hükümler kesinleşinceye kadar tutuldukları yer olarak bir nevi hapishane hüviyetine bürünmüştür.

1857’de Fenerler İdaresine devredilen kule, daha sonra 1943 yılında onarımı esnasında etrafına büyük kayalar yerleştirilip elden geçirilerek 1944’te Limanlar İdaresine bağlanır. Daha sonra Denizcilik Bankasından Millî Savunma Bakanlığı'na devredilir, 1966’da Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'nca onarılır ve Marmara Denizi’ni gözetleyebilecek teknik donanıma kavuşturularak gözetleme ve radar istasyonu olarak kullanılır.

2000 yılında aslına uygun biçimde restore edilip restoran olarak hizmet vermeye başlayan kulede, onarım sırasında giriş katta mazgal delikleri keşfedilmiştir. Boğaziçi'ne bakan mazgalların dik, Sarayburnu'na bakanlar ise 45 derecelik açı ile Marmara Denizi’ne baktığı gözlenmiştir. Mazgallar ve açıları, top atışlarını kolaylaştırmanın yanı sıra kuleye daha fazla güneş girmesini sağlamaktadır.

Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından “Kız Kulesi Gözlerini Yeniden Açıyor” savsözüyle, 2021 yılında restorasyon ve güçlendirme çalışmaları yapmak amacı ile ziyaretçilere kapanan Kız Kulesi, iki yıl aradan sonra 2023 yılı mayıs ayında yeniden ziyarete açıldı.

Küçük bir ada üzerinde yer alan kulenin duvar kalınlığı beş metre; yüksekliği kuzeyde 28 metre, güneyde ise 31 metredir. Kuledeki merdiven 23 metre yüksekliğinde ve altı kattan oluşuyor. Toplam derinliği 21 metreyi geçen kule içinde taşlarla kaplı bir de su kuyusu bulunmaktadır.

Üsküdar, Boğaz ve İstanbul’un simgelerinden olan Kız Kulesi, milattan önceki devirlere varan türlü anlatılar ve efsanelere konu olmuştur. Bu anlatıların hemen hepsi ise gönül hikâyelerine dayanır. Benzer hikayelerin Anadolu’nun muhtelif yerlerinde bulunan kız kuleleri için de anlatıldığı söylenebilir.

Kız Kulesi’ne ait bilinenler, mitolojik anlatılara uzanacak kadar eskidir. MÖ 280’lerde yaşamış bir şairin yazdıklarına göre; Güzellik Tanrıçası Afrodit’in (Venüs) Hero adında bir rahibesi, Çanakkale Boğazı’nın bir kıyısında (Sestos/Sestoa) yaşarmış. Ona âşık olan bir kralın tek oğlu Leandros ise boğazın karşı yakasında (Abydos) imiş. Leandros, sevgilisi Hero ile buluşmak için her gece yüzerek karşıya geçermiş. Bir gece sevgilisine yol göstermek için Hero yine bir meşale yakar, fakat denizde kopan fırtınada Leandros boğulur. Sevgilisinden ayrılmaya dayanamayan Hero da denize atlayarak intihar eder. Buna benzer başka bir anlatıda ise aşk rahibesi Hero’nun babası Üsküdar Tekfuru’dur. Tekfur onların aziz hatıralarını yaşatmak için bu küçük adaya Kız Kulesi’ni bir anıt olarak yaptırır.

Başka bir rivayete göre ise Atinalı bir general olan Khares (Haris), Üsküdar’ı ele geçirdiği sırada karısı Damalis burada vefat ettiğinden onun mezarını ışığıyla göstermesi; yahut doğrudan eşi için bu anıtı dikmiştir.

Bizans Kralı Konstantinus’un kızını bir kehanetten korumak için deniz ortasında inşa ettirdiği bu kuleye sakladığı; fakat bir üzüm sepetine gizlenen yılanın adaya geçerek her şeye rağmen kızı sokup zehirlediği anlatı ise kule üzerinde anlatılagelen en bilinen efsanedir.

Eski Yunan ve Bizans hülasa Batı medeniyetine ait anlatılar çokluk arz etse de Kız Kulesi ile ilgili bir rivayet, Türk Halk Edebiyatı ve Türk kültürü açısından önemlidir. Evliya Çelebi’den nakil ile gelen anlatıya göre; Halife Harun Reşid döneminde Battal Gazi, İstanbul’u almak ve Peygamber (sav)’in muştusuna nail olmak için surlara dayanır. Tam yedi yıl burada muhasarada bulunur. Bu sırada “Eskidar” (Üsküdar) Tekfuru’nun kızına âşık olur. Seyid Battal Gazi, Şam muhasarası için Üsküdar’dan ayrılınca imparator Battal Gazi’nin korkusundan, Üsküdar Tekfuru’nun kızını, kıymetli eşyaları ve lüzumlu insanları saklaması için “Pirgos Tiskuris” yani Kız Kulesi’ni yaptırır. Lakin Battal Gazi, Şam dönüşü 700 serden geçti gazi ile Üsküdar’ı muhasara altına alır, oradan kayıkla Kız Kulesi’ne geçip hazineleri ve kızı alarak yeniden Üsküdar’a döner. Üsküdar Bahçesi denen mahalde alın yere sürüp iki rekât namaz kılar ve: "İlâhî, burayı Muhammed (sav) ümmetine nasip et ki, mamur olsun!" diye dua eder, oradan Üsküdar'a dokunmadan ganimetler ile birlikte Medayin’e yönelir.