İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa'nın Avcılar Kampüsü'nde Mühendislik Fakültesi Jeoloji Mühendisliği Bölümünde yer alıyor. İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Jeoloji Müzesi’nin geçmişi 1915 yılında Vefa’da kurulan Jeoloji Enstitüsü’ne dayanıyor. Enstitü kurucusu Prof. Dr. Walther Penck zengin bir kütüphane kurulmasında, çeşitli koleksiyonların ve laboratuvar aletlerinin temin edilmesinde büyük emek sarf etti. 1918 yılında yaşanan Vefa ve 1942’de yaşanan Zeynep Hanım Konağı yangınları ile müzede yer alan materyaller yanarak yok oldu. 1946 yılında, Fen Fakültesi altında yer alan ve ara verilen müzeye yurtdışından çeşitli fosil, mineral, kayaç ve koleksiyonlar satın alındı, tekrardan hizmet vermesi sağlandı. 1991 yılında müze Avcılar Kampüsü'ne taşındı, bir süre kapalı kaldı. Yeniden tasarlanan Jeoloji Müzesi 2005 yılında hizmete girdi. Müze aynı zamanda eğitim amaçlı da kullanılıyor. Müze koleksiyonu; iz, bitki, zengin mikro, omurgasız (invertebrata) ve omurgalı (vertebrata) fosil, mineral, kayaç (magmatik, metamorfik ve sedimenter), kömür örnekleri ile jeolojinin çeşitli bilim dallarına ait eğitim amaçlı posterleri kapsıyor. Müze; büyük teşhir odası, özel koleksiyonlar odası, gösterim salonu, laboratuvar ve arşiv olmak üzere beş kısımdan oluşuyor. Büyük teşhir odası fosil, mineral ve kayaç örneklerinin sergilendiği odadır. Özel koleksiyon odası bilimsel sistematik paleontolojik materyallerin sergilendiği alandır. Gösterim salonu sunum, animasyon ve çeşitli aktivitelerin yapıldığı yerdir. Laboratuvar, çeşitli fosil, mineral ve kayaç örneklerinin hazırlandığı ve temizlendiği kısımdır. Arşiv ise sergilenme dışı örneklerin saklandığı alandır. Jeoloji Müzesi 03 Temmuz 2012 tarihinde Kültür ve Turizm Bakanlığı Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü yazısı ile özel müze olarak tescillendi. İstanbul Üniversitesi’nin bünyesinde yer alan müze üniversitenin bölünmesi ile 2018 yılında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa’ya geçti.