Hatay kent merkezinde Habib Neccâr Mahallesi’nın sınırları içindeki Kurtuluş Caddesi üzerinde yer almaktadır. Camii, külliyenin merkezi konumunda olup doğusunda türbe ve bunlarla bağlantılı hücreler ile taç kapı, kuzeyinde medrese hücreleri ve şadırvan yer almaktadır. Cami plan olarak mihrap önü kubbeli camiler grubuna girmektedir. Ortada dört duvar payesine binen sivri kemerlerin taşıdığı pandantif geçişli bir kubbe ve iki yanında çapraz tonoz örtülü üç bölümden oluşmaktadır. Cami, doğu, batı ve kıble tarafından pencerelerle hareketlendirilmiştir. Mihrap, kıble duvarından hafif taşıntı yapmakta ve sivri kemerli kavsaraya sahiptir. Bunun hemen yanında mermerden klasik unsurları barındıran minberi yer almaktadır. Taç kapısı avlu duvarından yüksek tutulan kademeli sivri kemerle dışa açılan bir eyvan şeklindedir. Harimin kapısı iki renkli mermerlerin dönüşümlü yerleştirilmesinden oluşmaktadır. Minare kuzeydoğu cephede ve silindirik gövdelidir. Şadırvan, avlunun kuzeybatı köşesine yerleştirilen avlu kotunun altında yapılmıştır. On iki gen planlı bir su haznesinin, 12 kısa sütunla taşıdığı piramidal külahlı metal kaplamayla kapatılarak inşa edilmiştir. Üç kademeden oluşan cephenin orta kısmını, üstten ve alttan bileziklerle sınırlandırılan kısa sütunlar ile kademeli silmelerin meydana getirdiği başlıklar oluşturmaktadır. Habib-i Neccâr Camii’nde tezyini unsurları, taş tezyinat, ahşap, kalem işleri ve hat olarak sınıflandırılmaktadır. Süslemeler, doğu cephedeki avlu taç kapısında, minarenin kaidesinde ve gövdesinde, avlunun kuzeybatı köşesine oturtulan şadırvanda, harime giriş kapısındaki sivri kemer yüzeyinde, son cemaat mahallinin cephesi ile sütun başlıklarında, iç mekânda mihrap ve minberde görülmektedir.

Külliyenin çeşitli yerlerinde olmak üzere toplam sekiz kitabe bulunmaktadır. Memlûklu Sultanı Baybars’ın, Antakya’da eski bir tapınağın yerine cami yaptırdığı belirtilmektedir. Osmanlı döneminde, büyük ihtimalle XVI. yüzyılda yeniden yaptırılmıştır. Taç kapı üzerinde 1858 tarihli üç satırlık onarım kitabesi vardır. XIV. yüzyılda Anadolu’yu gezen İbn-i Battuta (Tekin, 1993: 3) ve Evliya Çelebi, Antakya’da bu isimle anılan bir zaviyeden bahsetmektedir. Habib-i Neccâr Cami Vakfiyesine göre Antakya’nın Müslüman Araplar tarafından alındıktan hemen sonra bani Ubeyde bin Cerrah tarafından yaptırılsa da günümüze ulaşan yapıdan onun zamanından kalan pek bir şey yoktur. Caminin, daha sonra Memluk Sultanı Baybars tarafından yenilendiği tahmin ediliyor. Habib-i Neccâr Camii’nde Baybars’ın adının geçtiği bir kitabenin medresenin cephesinde bulunuyor olması bu camiyi Baybars’ın yaptırdığı ihtimalini ortaya koysa da bu kitabenin yeri orijinal değildir. Kaynaklarda tekke olarak geçen ancak bugün cami olarak kullanılan Habib-i Neccâr Camii, 1268– 1271 yılları arasında yaptırıldığı düşünülmektedir. 1829 tarihinde yapıldığı bilenen onarımlarda hem minare hem de kubbe tamir edilmiş ve özellikle kubbe ve külahın kurşun kaplamaları değiştirilmiştir. Bir diğer onarım ise 1848 tarihinde olup türbe ve cami onarılmıştır.