İstanbul’un Fatih ilçesinin Çarşamba semtinde yer almaktadır. Pammakaristos Manastırı’na ait eski bir manastır kilisesidir. Bir kadın manastırı olarak yapılan bina 1456 yılına kadar bu işlevini sürdürmüştür. Kilise farklı zamanlarda iç ve dış yapısında çok sayıda değişikliğe uğramıştır. İstanbul’un fethinden sonra Fatih Sultan Mehmet tarafından Rum Patrik’ine bağlanmış ve XVI. yüzyılın sonuna kadar 135 sene patrikhane olarak kullanılmıştır. Bölgeye Türklerin yerleşiminden sonra patriklik Haliç kıyısına indi ve kilise III. Murad tarafından Fethiye Camii olarak camiye çevrilmiştir.

Bizans döneminde yaptırılan kilisenin ne zaman ve kim tarafından yapıldığıyla ilgili farklı bilgiler bulunmaktadır. Prof. Dr. A. M. Scheneider bir kitabenin olduğunu belirten yazarlardan yola çıkarak daha eski kilisenin, 1067 tarihinde ölen İyonavis Komminos’un büyük babası olduğu düşünülen Yohannes Comminos tarafından yaptırıldığını ifade emektedir. Skarlatos Vizantiyos ve Sotiri’ye göre ise kilise Bizans İmparatorluğu aristokratı ve askeri lideri olan İoannis Komnenos ve karısı Anna Dalassini tarafından inşa edilmiştir. İoannis Komnenos 1057- 1059 yılları arasında tahtta kalan Bizans imparatoru I. İsaakios Komninos’un kardeşiydi.

İstanbul’un Latin istilası (1204-1261) sırasında zarar gören Pammakaristos VIII. yüzyılın sonlarında Mikhail Glabas Tarkaniotes tarafından yeniden inşa ettirilmiştir. Bu nedenle kilisenin ikinci yaptıranı olarak Mikhail Glabas Tarkaniotes kabul edilmektedir. Mikhail Glabas Tarkaniotes’in ölümünden sonra eşi Maria Dukaina tarafından yapının güneydoğu cephesine sonradan küçük bir mezar kilisesi (güney kilise) eklenmiştir. Bu mezar kilisesi haç şeklindeki bir plana sahiptir. Yapının kubbesi etrafı tam kavisli 12 pencereli tamburludur. Buranın dışarısı ile bağlantısı yoktur. Buraya büyük kiliseden ve dikdörtgen şeklinde üzeri tonozlu galeri olmak üzere iki yolla giriş sağlanıyordu. Orta ve iç kısımdaki mozaikli kubbeler dışında arka tarafta yan yana iki kubbe daha vardır. XIX. yüzyılın ünlü tarihçilerinden biri olan Manuil Gedeon göre burada Aleksios Komnenos, Aleksios Komnenos’un kızı Anna Komnini, İoannis Paleologos ile patrik I. Pahorios ile I. Teoliptos’un mezarları bulunmaktadır.

Pammakaristos beş kubbeli dış nartekse sahiptir. Yapının merkezi nefi oldukça ferahtır. Merkezi nef kubbe kasnağında yer alan pencereler ile aydınlatılıyordu. Yapı III. Murad tarafından camiye çevrildiğinde sağ nefe mermerden minber eklenmiştir. Apsis yıkıldı mihrabın içinde yer aldığı kubbeli bir mekan oluşturulmuştur. Ana bina ile ek binada bulunan sütunlar kaldırılmış, kubbe ve tonozlar büyük kemerlerle desteklenmiştir.

Fethiye Camii olarak yapı güney cephesinde kapı üzerinde bulunan kitabeye göre 1846 yılında onarım görmüştür. Cumhuriyet döneminde Ayasofya Kilisesi’nden sonra Kariya Kilisesi ile birlikte müzeye çevrilmiştir. 1936-1938 yıllarında Vakıflar İdaresi tarafından restore edilmiştir. 1960’lı yıllarda yeniden ibadete açılmıştır. Günümüzde kuzey kilise cami olarak kullanılmaktadır. Ek kilise (güney kilise) ise 1938-1940 yılarındaki onarımlardan sonra müze olarak işlevlendirilmiştir.