Kütahya kent merkezinde Kütahya Dumlupınar Üniversitesi Rektörlük binası içinde bulunmaktadır. Müzede, Kütahya Dumlupınar Üniversitesi tarafından yürütülen Seyitömer Höyüğü’nde gerçekleştirilen arkeolojik kazı çalışmaları sırasında bulunan eserler sergilenmektedir. Özel statüye sahip olan müze, 25. 02. 2011 tarihinde Kültür ve Turizm Bakanlığı Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü’nün izni ile hizmete açıldı. Müzede Seyitömer Höyüğü kazı çalışmaları sırasında bulunmuş Erken Tunç Çağı, Orta Tunç Çağı, Birinci Helenistik döneme ait çanak-çömlekler, seramik kalıplar, figürinler, idoller, fırçalar, ağırşak ve ağırlıklar gibi pişmiş toprak eserler, mızrak uçları, ok uçları, hançerler, iğneler, keskiler ve çeşitli tarım aletleri gibi metal eserler ile iğneler, ağırşaklar gibi kemik eserler, baltalar, bileği taşları, perdah taşları, ağırşaklar gibi taş eserler sergilenmektedir. Bu eserlere ek olarak, Kütahya Müzesi’nden alınan toplam 1,381 adet belgeleme ve kayıt işlemi yapılan arkeolojik eser sergilenmektedir. Müzede, Seyitömer Höyüğü’nde ortaya çıkarılan bir mekanın yangın sonrası durumunu gösteren bir canlandırma bulunmaktadır. Ayrıca Erken Tunç ve Orta Tunç Çağı dönemlerine ait konut ve dinsel yapı maketleri de müzede bulunmaktadır.

Müze belirli bir kazının eserlerinin sergilenmesi açısından Türkiye’nin ilk resmi müzesi olarak kabul edilen Kütahya Dumlupınar Üniversitesi Müzesi’nde vitrinler; salon düzeni ve sergileme sırasına uygun olarak yerleştirilmiştir. Müzedeki sergi vitrinleri malzemesine ve işlevlerine göre ayrılmak üzere iki şekilde düzenlenmiştir. Bu düzenleme ile ziyaretçilere mümkün olduğunca açıklamalı olarak sergilenen eserlerin tanıtılması amaçlanmıştır.