Ankara’nın kuzeyinde Çubuk ilçesinde bulunmaktadır. Atatürk Caddesi’nin üzerinde bulunan müze, Çubuk eşrafından Bekir Yılmaz’ın yakınlarının Çubuk Belediyesi’ne bağışladıkları Bekir Ağa Konağı içinde yer almaktadır. Bir müze ev olan Bekir Ağalar Konağı, 2014 yılında aslına uygun olarak yeniden inşa edilerek Çubuk Şehir Müzesi haline getirildi. Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından 2017 yılında müze olarak tescillenen yapıda 2015 yılından itibaren büyük bir kısmı bağışçılar sayesinde toplanan yaklaşık dört bine yakın obje sergilenmektedir. Bekir Ağa Konağı, halk arasında Mustafa Kemal Atatürk’ün 1933 yılında ilçeyi ziyaret ettiğinde bir süreliğine konakladığı bir konak olmasıyla bilinmektedir.

Bodrum, zemin kat, birinci kat ve en üstte cihannüma olarak adlandırılan kısımlardan oluşan Bekir Ağa Konağı’nda bölgenin tarihi ve kültürel değerlerini yansıtan eserler sergilenmektedir. Müze girişinin sağında bulunan sergi salonunda, Yıldırım Beyazıt'ın önderliğindeki Osmanlı ile Timur’un ordusu arasında gerçekleşen Ankara Savaşı’nın temsili maketi bulunmaktadır. Ankara Savaşı’nın canlandırması olarak yapılan 12 metrekarelik alan 1/25 000 ölçeğinde Çubuklu ressam ve müze bağışçılarından biri olan Halil Basri Uluğ tarafından hazırlandı. Girişin solunda yer alan iki mekândan ilkinde ilçenin doğal zenginliğini oluşturan Agat taşının çeşitli örnekleri sergilenmektedir. Halk arasında Akik Agat olarak bilinen değerli taş, ilçenin kuzeyinde ve kuzeydoğusunda bulunan orman köylerinde bulunmaktadır. Bu salonda Agat taşın farklı tiplerinin dışında bu taştan yapılan takı ve süs eşyası koleksiyonunu görmek mümkündür. İkinci mekanda, Sele Köyü’ndeki Kalender Veli Türbesi ile ilgili Türbedarlık davası karar metni, Sele Köyü’nden Nişancı Hüseyin’e verilen 1897 tarihli berat gibi önemli arşiv kayıtları ve bazı eserlerin bağışçısına ait eski evrak, para ve fotoğraflara yer verilmiştir. Zemin katın devamında dokuma tezgâhlarında yerel motifli halı ve kilimler sergilenmektedir. Ayrıca Çubuk Belediyesi, müzenin faaliyetleri ve bağışçıları ile ilgili gazete yazılarına, mahalle esnafı ile ilgili eski fotoğraflara ve ilçede yapılan spor faaliyetleri fotoğraflarına da yer verilmektedir. Zemin katta ayrıca, tarım aletleri koleksiyonu ve ilçede geçmişte var olan meslek çeşitlerinin canlandırmasını görmek mümkündür. Birinci katta ayrı bir mekan olarak düzenlenen misafir odası geleneksel kültürümüzü sergilemektedir. Bu katta, tören giysileri, gelin elbiseleri ve işleme sanatı eserleri koleksiyonları, eski fotoğraf makinesi ve radyo objeleri yerleştirildi. Ayrıca, bu salonda yakın geçmişte müzenin bulunduğu mahallede kullanılan Ramazan topunu da görmek mümkündür. Müzede, sergi salonlarının yanı sıra belediyenin hizmetinde bir düğün salonu ve en üst katta bir nikâh salonu bulunmaktadır.