Eserin banisi (yaptıran) Çoban Mustafa Paşa (1529), Yavuz Selim (1512-1520) ve Kanuni Sultan Süleyman (1520-1566) dönemlerinin ileri gelen devlet adamlarındandır. Askeri başarıları ve hanedan ile olan akrabalık bağı nedeniyle devşirme ocağından vezirliğe kadar terfi etmiştir. Çoban, Boşnak lakaplarının yanı sıra Yavuz Selim’in kızı ile evli olmasından dolayı Damat olarak da anılmıştır. Gebze’deki eserinin Memluk tarzındaki süslemelerinde kullanılan malzemeleri de Mısır Valisi olduğu dönemde bizzat kendisi Mısır’dan getirmiştir. XVI. yüzyılda Mimar Sinan ve Mimar Acem Ali tarafından bir menzil külliyesi olarak inşa edilmiştir. Yavuz Sultan Selim tarafından kendisine temlîk edilen Gebze ve çevresini yatırıma dönüştürerek bu külliyeyi yaptırmıştır. Külliyenin bünyesinde cami, türbe, han, tabhane, hankah (tekke), medrese, imaret, su kuyusu kütüphane, dârüşşifâ, paşa odaları, kervansaray ve çarşı içinde bulunan hamam barındırmaktadır. Yapılar dikdörtgen bir avlu üzerinde camiyi üç cepheden kuşatmaktadır. Daha sonra inşa edilen külliyelere de örnek teşkil etmiştir. Külliye, mimari özelliği ve birçok yapıyı bünyesinde barındırmasından dolayı menzil külliyelerinin en iyi örneklerinden biri olma özelliğini taşımaktadır. Anadolu’ya ve İran’a giden kervanların, batıdaki topraklardan yola çıkan hacı adaylarının ve doğu yönüne yapılan seferlerde ordunun buradan geçtiği için külliyenin de bu yoğunluktaki kitlelerin ihtiyacını karşılayacak tarzda büyük yapılmıştır. Konum itibariyle külliye Gebze’nin kuzeybatısında bir tepe üzerinde bulunmaktadır. Külliyenin Güney kapısı üzerinde Kanuni Sultan Süleyman’ın tuğrası ile dikkat çekiyor. Çoban Mustafa Paşa Camii’nin Memlük tarzı süslemeleri dönemin diğer yapılarından ayıran en önemli özelliklerinden biridir. Örneğin camideki kûfî yazı kuşağı bu etkileri gösteren örneklerdendir. Cami, tek kubbeli haremi beş bölümlü son cemaat yeri ve minaresiyle külliyenin tam merkezinde yer almaktadır. Caminin mihrap ve duvarları kufi yazılarla süslenerek renk ve düzeni görkemli Türk çinileri ile sağlandı. Türbe dış görünümüyle klasik Osmanlı türbelerinin üslubunu yansıtmaktadır. Kütüphane’nin sol tarafında yüksek rütbeli kişilerin misafir edildiği bölüm olan paşa odaları, sağ tarafında da külliyenin mutfağı ve yemekhanesi olan imarethane bulunmaktadır. Tekke olarak faaliyet gösteren hankah ise kervansarayın hizasında revaklı bir avlu etrafında U planlı olarak 12 derviş odası ve semahaneden meydana gelmektedir. Külliyenin güney kapısının sağında medrese bulunmaktadır. Medrese üç tarafı revaklarla çevrili avlu etrafında 17 oda ve mescitten oluşmaktadır. Medrese, Osmanlı döneminde yükseköğrenim kurumlarından biri olarak faaliyet yürütmüştür. Dönemin önemli âlimlerinden Zembilli Ali Efendi’nin ders verdiği bu medrese Gebze’de tarih, kültür ve turizm değerleri içerisinde en önemli kültür varlıklarından biridir. Caminin cümle kapısında yer alan kitabeye göre caminin 1523-24 yılları arasında yapıldığı ortaya çıkmıştır. Sinan’ın hayatını kapsayan risalelerde, bu eserin de yer alması nedeniyle külliyenin mimarı ile ilgili olarak Mimar Sinan olduğu yönünde görüşler ortaya atılmıştır. Fakat daha yakın tarihlerdeki araştırmalarda külliyenin mimarının Acem Ali olduğu fikri ağırlık kazanmış ve Mimar Sinan’ın sonraki dönemde esere ek ya da tadilatlar yaptığı kanaatine ulaşılmıştır.

Mustafa Paşa’nın belli bir süreliğine Mısır’da valilik görevinde bulunmasının etkileri külliyedeki eserlerde açık bir şekilde yansıtılmıştır. Memlûk mimarlığının itinalı renkli taş işçiliğinin ön plana çıktığı eserdir. Bu yönüyle Çoban Mustafa Paşa Camii’nde görülen renkli taş işçiliği, Osmanlı sanatının mütevazi tarzına aykırılık oluşturmaktadır. Eser bu açıdan baninin doğrudan istek ve beğenisini göstermektedir. Geometrik geçme veya şekillerden meydana gelen panolar, kûfî yazılardan oluşan şeritler ve bitkisel motifler, renkli taş işçiliğinin gösteren alanlardır. Kaplama, oyma ve taş kakma olarak farklı tekniklerle oluşturulan taş işçiliğinin en özenli örnekleri ise taçkapı, harim duvarları, mihrap ve minber gibi caminin en dikkat çeken cephelerinde kullanılmıştır. Böylece külliye, klasik Osmanlı tarzındaki yapılardaki süslemelere göre birçok açıdan farklılık arz eden Gebze’nin merkezinde bulunan en önemli sanat eserlerinden biridir.

Çoban Mustafa Paşa Külliyesi, Kocaeli’nin Gebze ilçesinde yer alan ve Osmanlı klasik döneminin önemli menzil külliyelerinden biridir. İstanbul ile Anadolu arasındaki ana güzergâh üzerinde konumlanan külliye; cami, medrese, imaret, kervansaray, zâviye, kütüphane, tabhane, paşa odaları, türbe ve hamamdan oluşan çok işlevli bir yapı topluluğudur. Külliye, Yavuz Sultan Selim’in kızı Hanım Hatun ile evli olan ve Kanûnî Sultan Süleyman döneminde önemli devlet görevlerinde bulunan Çoban Mustafa Paşa tarafından H. 929-930 (M. 1522-1524) yıllarında yaptırılmıştır. Caminin mermer kitabesinde 930 (1523-1524), ahşap kapı kanatlarında ise 929 (1522-1523) tarihi yer almaktadır.

Yapı topluluğu, Osmanlı Devleti’nin siyasî ve askerî bakımdan güç kazandığı XVI. yüzyılın ilk yarısında inşa edilmiştir. İstanbul ile Anadolu arasındaki stratejik konumu sayesinde Gebze, ticaret kervanlarının, hac yolcularının ve doğu seferlerine çıkan orduların önemli konaklama merkezlerinden biri durumundaydı. Külliye de bu işlevsel gereksinimler doğrultusunda planlanmıştır. Yapının mimarı konusunda farklı görüşler bulunmakla birlikte, Tuhfetü’l-mi‘mârîn, Tezkiretü’l-ebniye ve Tezkiretü’l-bünyân adlı kaynaklarda Mimar Sinan’a atfedilmektedir. Ancak inşa tarihleri dikkate alındığında, araştırmacıların büyük bölümü Sinan’ın yapının tamamlanmasında veya uygulama sürecinde görev aldığı görüşünü benimsemektedir.

Külliye, merkezinde cami bulunan ve diğer yapıların U biçiminde çevrelediği dikdörtgen planlı bir yerleşim düzenine sahiptir. Yaklaşık 117 × 106 metre ölçülerindeki alanın üç yönden girişi bulunmaktadır. Ana giriş batı cephesindedir. Kervansarayın ana kapısı, şadırvan, cami ve türbe aynı eksen üzerinde sıralanarak simetrik bir düzen oluşturmuştur.

Cami, kare planlı harimi, 14 metre çapındaki tek kubbesi ve beş kubbeli son cemaat yeriyle Osmanlı klasik mimarisinin özelliklerini yansıtmaktadır. Kubbe, istiridye biçimli tromplarla taşınmaktadır. Son cemaat yerinin ortasındaki kubbe diğerlerinden daha yüksek tutularak giriş aksı vurgulanmıştır. Yapının mimarisi Osmanlı geleneğini sürdürürken, süsleme programında Memlük sanatının etkileri görülmektedir. Özellikle Mısır’dan getirilen renkli taş ve mermer malzeme kullanımı dikkat çekmektedir.

Türbe, sekizgen planlı olup tamamen kesme taş malzemeyle inşa edilmiştir. Kubbe geçişleri pandantiflerle sağlanmış, kubbe eteği mukarnaslarla süslenmiştir. İç mekânda mavi, beyaz ve firuze renkli çiniler kullanılmıştır. Külliye içerisinde çini süslemenin görüldüğü tek yapı türbedir. Ahşap pencere kapaklarında kündekârî tekniği uygulanmış ve üzerlerine Bakara Suresi’nin 255. ve 256. ayetleri işlenmiştir.

Kervansaray, külliyenin kuzeyinde yer almakta olup dikdörtgen planlıdır. Ortadaki kubbeli giriş mekânının iki yanında beşik tonozlarla örtülü simetrik bölümler bulunmaktadır. Ahır olarak kullanılan bu mekânlar dört paye ve kemerlerle iki nefe ayrılmıştır. Evliya Çelebi, kervansarayın üç bin kişiyi ve iki bin hayvanı barındırabilecek büyüklükte olduğunu belirtmektedir.

İmaret, yemekhane, mutfak, depo, kiler ve fırın bölümlerinden oluşmaktadır. Kubbe ve tonozlarla örtülen yapının aydınlatılması aydınlık fenerleriyle sağlanmıştır. Vakfiye kayıtları ve seyahatnameler, burada yolculara, ihtiyaç sahiplerine ve külliye sakinlerine düzenli olarak yemek dağıtıldığını göstermektedir.

Kütüphane, kare planlı iki mekândan oluşmaktadır. Mustafa Paşa tarafından vakfedilen 165 ciltlik eser koleksiyonunun bir bölümü günümüzde Türk ve İslâm Eserleri Müzesi’nde muhafaza edilmektedir. Zâviye ise revaklı bir avlu etrafında sıralanan on iki kubbeli hücreden meydana gelmekte olup vakfiyede “ehl-i fakra mahsus” olarak tanımlanmaktadır. Tabhane, külliyeye gelen misafirlerin konaklama ihtiyacını karşılamak amacıyla inşa edilmiştir. Paşa odaları ise seçkin misafirlerin kullanımına ayrılmış özel mekânlardan oluşmaktadır.

Külliyeden bağımsız olarak çarşı içerisinde inşa edilen çifte hamam, klasik Osmanlı hamam mimarisinin özelliklerini taşımaktadır. Erkekler bölümünün girişinde sade bir taçkapı yer almakta, yıkanma mekânında mukarnaslı mihrap nişi, mermer sedirler ve kurnalar bulunmaktadır.

Külliye tarih boyunca çeşitli onarımlar geçirmiştir. Zâviyenin ahşap bölümleri 1282 (1865) yılında yenilenmiş, XIX. yüzyılın sonlarında kapsamlı bir tamirat gerçekleştirilmiştir. XX. yüzyılda Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından çeşitli restorasyonlar yapılmış; özellikle 1961-1970 ve 1992-1993 yıllarında gerçekleştirilen çalışmalarla yapılar korunmuştur. Külliye, korunması gerekli taşınmaz kültür varlığı olarak tescillenmiş olup I. Grup anıtsal yapı statüsünde değerlendirilmektedir.

Günümüzde cami ve hamam özgün işlevlerini sürdürmektedir. Medrese Kur’an kursu olarak kullanılmakta, paşa odaları müftülük hizmetlerine tahsis edilmektedir. Kervansarayın bazı bölümleri ibadet mekânı olarak değerlendirilmekte, kütüphanede ise camiye ait tarihî eserler muhafaza edilmektedir. Çoban Mustafa Paşa Külliyesi, mimari özellikleri, Memlük etkili süsleme programı ve menzil külliyesi niteliğiyle Osmanlı mimarlık tarihinin önemli eserlerinden biri olarak kabul edilmekte; Kocaeli’nin başlıca kültürel miras ve turizm çekicilikleri arasında yer almaktadır.