Ankara'nın Ulus semtinde eski adı Bahriye Caddesi olan Denizciler Caddesi’nde kuruldu (1956). Kurucusu Mehmet Recai Boyacıoğlu, Ankara’ya gelmeden önce İstanbul’da dönemin ünlü lokantası Pandeli Lokantası’nda çalıştı. 1950’li yıllarda Ankara’nın önemli restoranlarından Çiçek Lokantası’nın sahibi, akrabası olan Mehmet Recai Boyacıoğlu’nu beraber çalışmak üzere çağırdı. Mehmet Recai, kısa bir süre Çiçek Lokantası’nda çalıştıktan sonra kendi lokantasını açmaya karar verdi ve 1956 yılında Boğaziçi Lokantası’nı kurdu.

Lokantanın kurulduğu yer ilk olarak sekiz ya da 10 masanın sığabileceği bir kahvehaneydi. Kahvehaneyi işleten Sivaslı biri de Boğaziçi Lokantası’nın o dönemki ortağıydı. Kahvehane sahibi işten ayrılıp vefat ettikten sonra Mehmet Recai, işe kendi başına devam etti. O dönem Ankara’nın merkezinde bulunduğu ve adliyeye yakın olması sebebiyle avukat, savcı, hakimler ve devlet memurları tarafından sıkça tercih edildi. Günümüzde ise meslek ve gelir grubu gözetmeksizin öğrenciden üst düzey siyasi yetkililere kadar her kesimden müşteri profiline hizmet vermektedir.

Lokantanın Ankara’ya getirdiği en büyük yenilik, açık mutfak sistemidir. Bugün dahi lokantada müşteriler yemeklerin hazırlandığı mutfağı hatta bulaşıkhaneyi görebilmektedir. Lokantanın getirdiği bir diğer yenilik de zeytinyağlı yemekler oldu. O dönemde zeytinyağı Ankara’da yemeklerde kullanılmadığı için lokantanın yemekleri zamanla kabul edildi. Zeytinyağlılar ile birlikte yemek listesine Elbasan tava, talaş böreği, vezirparmağı ve tulumba tatlısı da eklendi. Şu an, ana yemekler, tatlılar, çorbalar ve zeytinyağlılar başta olmak üzere günde 60 ile 70 arasında ürün hazırlanmaktadır. Öne çıkan yemekler ise Ankara tava ve zeytinyağlılardır.

Mehmet Recai döneminde lokanta kapasitesi küçük olduğundan çalışanlarını kendi seçerdi ve çalışan sayısı altı veya yedi kişiyi geçmezdi. Çalışanlar için bir ev gibi görülen lokantada insanlar genellikle emekli olana veya vefat edene kadar işinden ayrılmazdı. Bugün ise, lokantada 25-27 kişilik bir ekip hizmet vermektedir.

1991 yılında Mehmet Recai’nin vefatı ile lokantanın işletmesi oğlu Halil İbrahim’e geçti. Halil İbrahim Boyacıoğlu, Boğaziçi Lokantası geleneğini başarıyla devam ettirdi. Lokantanın ikinci şubesi için girişimler gerçekleştiren Halil İbrahim, hizmet kalitesinin azalacağından korkarak ikinci şubeden kısa sürede vazgeçti. Şu an Halil İbrahim’in oğlu Sefa Boyacıoğlu da üçüncü kuşak olarak lokantada çalışmaktadır.