Pilotaj, uçak teknisyenliği, gövde ve motor bakımı, yer hizmetleri gibi alanlarda bilgili ve yetkin bireyler yetiştirmek, yerli ve yabancı sivil havacılık sektörünün nitelikli personel ihtiyacını karşılamak amacıyla kuruldu (2010). Öğretim süresi dört yıldır. Öğrencilerini bir yandan pilotluk, uçuş araçları bakımı ve işletme alanlarında eğiten, öte yandan teorik bilgilerin yanında pratik becerilerle donatarak profesyonel hayata hazırlayan Atılım Üniversitesi Sivil Havacılık Yüksekokulu, ilk mezunlarını 2015-2016 eğitim öğretim yılında verdi. Uzman öğretim kadrosuyla çalışmalarını sürdüren, İngilizce teorik ve uygulamalı bir müfredat sunan yüksekokulda; Havacılık Yönetimi, Pilotaj, Uçak Elektrik ve Elektroniği, Uçak Gövde ve Motor Bakımı olmak üzere dört bölüm bulunmaktadır.

Havacılık Yönetimi Bölümü, 2011’de açıldı. Havacılık Yönetimi, İşletme, Hava Taşımacılığı, Havacılık Güvenliği dersleri ağırlıklı bir müfredata sahiptir. Dersler İngilizce olarak gerçekleştirilmektedir. Bölüm mezunları sivil havacılık sektöründeki özel ve kamu kuruluşlarında, genel havacılık kuruluşlarında, havayolu şirketlerinde, yer hizmetleri ve terminal işletmelerinde istihdam edilebilmektedir.

Pilotaj Bölümü, 2016 yılında kuruldu. İngilizce eğitim verilen bölümde geleceğin pilotları yetiştirilmektedir. Uçuş eğitimleri, Atılım Üniversitesi bünyesinde yer alan Uçuş Okulu’nda ve üniversitenin Sivil Havacılık Merkezi’nde (Hangar), Technam tipi uçaklarla yapılmaktadır. Bölümün Uçuş Eğitim Organizasyonu, Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü (SHGM) tarafından yetkilendirilmiştir. Bölümden mezun olanlar SGHM’nin Havayolu Nakliye Pilotu lisansını da almaktadır.

Uçak Elektrik ve Elektronik Bölümü, sivil havacılık sektörüne elektrik ve elektronik teknisyenleri yetiştirmek için kuruldu. Sahip olduğu SHY 147 (Onaylı Hava Aracı Bakım Eğitim Kuruluşu) belgesiyle Avrupa Havacılık Güvenliği Ajansı’nın öngördüğü eğitim müfredatını karşılayan ve İngilizce eğitim verilen bölümde, hava araçlarındaki elektrik ve elektronik cihazların bakım ve onarımlarını kapsayan dersler işlenmektedir.

Uçak Gövde ve Motor Bakım Bölümü, 2012 yılında faaliyete geçti. İngilizce eğitim verilen bölüm, SHY 147 belgesine sahiptir. Bölümdeki teorik eğitimler uygulamalı eğitimlerle tamamlanmaktadır. Uygulamalı eğitimler, üniversitenin Sivil Havacılık Merkezi’nde (Hangar) bulunan Cessna-337 ve Beechcraft C90 Kingar uçaklarında verilmektedir.