Müzenin koleksiyonu 1933 yılında Yüksek Ziraat Enstitüsü bünyesinde kurulan Anatomi Kürsüsü’nde bu alanda verilen eğitim araç, gereç ve örneklerine dayanmaktadır. Eğitim öğretim faaliyetlerine 85 yılı aşkındır devam eden anabilim dalında bu alanda çok sayıda örnek biriktirilmiştir. Zaman içerisinde kimileri kullanılmaz hâle gelen örneklerin yok olmasının önüne geçebilmek amacıyla 2009 yılında müze kurulması kararı alındı. Müze, alınan bu kararın ardından yaklaşık dört yıllık bir çalışma ile 10. 06. 2013 tarihinde, Anatomi Anabilim Dalı kuruluşunun 80. yılında resmi olarak açıldı.

Müze koleksiyonunu oluşturmak için çalışmalara başlanan 2009 yılında Anatomik eserlerin hazırlanması ve sergilenmesi ile ilgili modern tekniklerin kullanılabilmesi için Anatomi Anabilim Dalı akademik personeli görevlendirildi. Görevlendirilen kişiler başta yurtdışı ziyaretleri aracılığıyla anatomik örnekler hazırlama teknikleri konusunda tecrübelerini arttırdılar. Müze koleksiyonunun oluşturulmasında kullanılan son teknoloji yöntemler arasında ölü dokuların polimerle kaplanması olan plastinasyon tekniği de bulunmaktadır. Koleksiyon hazırlanması için anatomik preparat hazırlama ünitesi de oluşturuldu. Buralarda üretilen eserlerle müze koleksiyonu zenginleştirildi. 400’ün üzerinde eser bulunan müzedeki koleksiyon sadece yeni eserlerden oluşmamaktadır. En eski örnek Yüksek Ziraat Enstitüsü’nün kuruluş yılı olan 1933 yılına aittir.

Dört sergi salonundan ve örnek hazırlama laboratuvar ünitesinden oluşan müzedeki örnekler; nekropsi laboratuarları, deney hayvanları laboratuarları, hayvanat bahçeleri, üretme çiftlikleri gibi yerlerden kontrollü olarak gelen kadavralardan hazırlandı. Müzedeki koleksiyon gruplarını hayvan iskeletleri; kemik, eklem, kas sistemleri, organ ve sistem örnekleri ile doldurulmuş hayvanlar şeklinde sıralamak mümkündür. Aynı zamanda eğitimde kullanılan organ ve sistem maketleri ile 1940’larda dönemin anatomi kitaplarından faydalanılarak çizilen büyük boy levhaları da sergide görmek mümkündür. Tarihi öneme sahip bir başka koleksiyon parçası ise birinci sergi salonunda bulunan Amerika Birleşik Devleti Başkanı Harry Truman’ın, ikinci Cumhurbaşkanı İsmet İnönü’ye hediye ettiği ve üretme çiftliğinde damızlık olarak kullanılan meşhur hindidir.

Müze koleksiyonunun hazırlanmasında kullanılan tekniklerden olan plastinasyon yöntemi için kurulan ve Türkiye’de bir ilk olan plastinasyon laboratuvarı ve de farklı eserlerin üretilmesi için oluşturulan anatomik preparat hazırlama ünitesi ile müze aynı zamanda lisans ve lisansüstü eğitime de katkıda bulunmaktadır. Müzede gerçekleştirilen eğitim çalışmaları sadece yüksek öğretim ile sınırlı olmayıp, ilk ve orta öğretim öğrencilerine de alanla ilgili pek çok eğitim, Ankara Üniversitesi Eğitim Bilimleri Fakültesi Müze Eğitimi Anabilim Dalı ile Aankara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Fakültesi Çocuk Gelişimi Bölümü öğretim üyeleri ile uzmanlarının danışmanlığında hazırlanmakta ve sunulmaktadır. Ayrıca 2019 yılı itibarıyla TÜBİTAK Bilim ve Toplum Dairesi Başkanlığı tarafından sağlanan proje destekleri, Ankara Üniversitesi Çocuk Bilim Merkezi Koordinatörlüğü ile ortaklaşa yürütülen programlar ve dâhili müze turları ve eğitimleri de bulunmaktadır.