Eczacılık Fakültesi’nin kuruluş tarihi olan 16. 12. 2013 tarihinde fakülte binasının fuaye alanında sergi alanı olarak açıldı. Eczacılık Fakültesi öğrencilerinin eğitimlerinin bir parçası olarak da kullanılan müze, eczacılık mesleği ile ilgili objelerin sergilendiği, günümüz eczacılığı ile geçmiş dönem eczacılığının karşılaştırılabilmesine imkân veren bir müzedir. Eczacılık Müzesi İlaç, Cihaz ve Müze Eczane olmak üzere üç kısımdan oluşmaktadır. İlaç Müzesi’nde 1920-1940 yıllarına ait ve müzeye bağışlanmış ampuller, cam tüp içinde enjeksiyon preparatları ve serum fizyolojikler ile orijinal ve iyi korunmuş haldeki ambalajlar içinde hazır ilaçların yer aldığı yaklaşık 1.000 kadar obje yer almaktadır. Osmanlı İmparatorluğu döneminde ve Cumhuriyet’in ilk 30 yılında kullanılmış ilaçlar, bu ilaçların yapımında kullanılan hammaddeler ve bitkilerden hazırlanan ekstreler burada sergilenen objeler arasındadır.

Cihaz Müzesi Ankara Üniversitesi Eczalık Fakültesi’nin 1960’daki kuruluşundan itibaren öğrenci ve araştırma laboratuvarları ile diğer alanlarda kullanılmış santrifüj, manyetik karıştırıcı ve çalkalayıcı, UV lambası, mikroskop, terazi, ve ilaç analizi için gereken çeşitli cihazlar ile daktilo, slayt makinası gibi derslerde kullanılan araç gereçler bu alanda sergilenmektedir.

Eczacılık Müzesi’nin üçüncü ünitesini, 1900’lü yılların bir eczanesinin canlandırıldığı Müze Eczane oluşturmaktadır. Bu bölüm ikiye ayrılmaktadır. İlk bölüm, Majistral ya da eczacının reçeteye yazılan ilaçları hazırlandığı alan olarak tasarlandı. Bu kısımda ilaç yapımında kullanılan teraziler, havanlar, mini otoklav ile ilaç etken maddeleri ve bitkisel ekstreler yer almaktadır. İkinci bölüm ise hastaların karşılandığı, reçetelerin deftere kaydedildiği alan olarak düzenlendi. Burada hastalara hazır olarak sunulan ilaçlar ve 1925-1970 yılları arasında üç eski eczanenin tutmuş olduğu reçete kayıtlarının bulunduğu defterler vardır.