Alacahöyük, 1835 yılında bölgeye ziyarete gelen seyyah İngiliz W.C. Hamilton tarafından dünyaya tanıtıldı. Alacahöyük’te gerçek anlamda ilk sistemli kazılar Türkiye Cumhuriyeti döneminde Mustafa Kemal Atatürk’ün önderliğinde Türk Tarih Kurumu adına Hamit Zübeyr Koşay ve Remzi Oğuz Arık tarafından başlatıldı. İlk olarak 1935 yılında başlanılan Alacahöyük kazılarında açığa çıkartılan eserlerin bir kısmının kazı evinde depolanmasıyla Alacahöyük Müzesi’nin temelleri de atıldı. Çorum ilinin Alaca ilçesinde yer alan Alacahöyük Köyü’ne bağlı olan Alacahöyük Müzesi, Çorum’a 45 kilometre, Ankara’ya ise 190 kilometre uzaklıktadır.

Alacahöyük’te ilk yerel müze, 1940 yılında açıldı. 1982 yılında Alacahöyük Örenyeri içerisindeki binasına taşınan müze, 2011 yılında yeniden düzenlendi. Alacahöyük Müzesi, Çorum’da hizmete açılan ilk müze özelliğini taşır. Çorum Müzesi’ne bağlı olarak hizmet veren müzede, Alacahöyük kazılarında gün yüzüne çıkartılan Geç Kalkolitik, Erken Tunç Çağı ve Hitit eserleri ile birlikte Alaca ilçesi, Pazarlı kazısından elde edilen Demir Çağı’na ait eserler de sergilenmektedir. Müze, kazı başkanlarının isimlerinin verildiği üç teşhir salonundan oluşmaktadır.

Hamit Zübeyr Koşay salonunda Türk arkeolojisinin ve müzeciliğinin tarihi gelişimi ile Alacahöyük kazı çalışmalarının Türk arkeolojisinin tarihindeki yeri ve ehemmiyeti anlatılmaktadır. Alacahöyük kazı tarihçesinin aktarıldığı vitrinde ise kazı ekipmanları ve Alacahöyük kazısını ele alan bilimsel yayınlardan birkaç örnek teşhir edilmektedir. Ayrıca kazı tarihçesinin ve çalışmaların gösterildiği bir projeksiyon sunumu da vardır.

Remzi Oğuz Arık salonunu ise Alacahöyük kazısının ilk yıllarından itibaren elde edilen eserlerin kronolojik olarak sergilendiği salondur. Kronolojiye göre Geç Kalkolitik Çağı pişmiş toprak eserlerini, Çorum’un bağlı bulunduğu kültür bölgesinde üst düzeyde bir uygarlık sergilemiş olan Erken Tunç Çağı’na özellikle de son evresine ait eserler izlemektedir. Alacahöyük’te bulunan ve Alacahöyük’ü uluslararası bilim dünyasında haklı bir üne kavuşturan Erken Tunç Çağı’na ait 13 ayrı mezarda bulunan başta "Güneş Kursu" olmak üzere zengin mezar hediyeleri ise Cumhuriyet dönemi politikaları nedeniyle Ankara Anadolu Medeniyetleri Müzesi’nde sergilenmektedir. Bu salon, Hitit dönemi pişmiş toprak eserlerinden çaydanlık ve matara biçimli kapların sergilendiği iki vitrinle tamamlanmaktadır. Mahmut Akok salonu müzenin bodrum katında yer alır. Bu salonda Hitit döneminin ritüel ve mutfak kapları, dönemin maden teknolojisine ait körük, pota, kalıp ve döküm tekniğinde tunçtan yapılmış eserler ile Alacahöyük ve Pazarlı kazılarına ait Demir Çağı’nın (Frig dönemi) pişmiş toprak, kabartma ve boyalı levhaları sergilenmektedir.