Cumhuriyetin ilanından hemen sonra 1924 yılında kuruldu. Türkiye’nin en eski 10 müzesi arasında yer almaktadır. 1928 yılında Taşköprü’nün başında günümüzde yıkılmış olan Cafer Camii’nin Medresesi’nde ziyarete açıldı. 1950 yılında, Kuruköprü’de bulunan ve bir süre Etnoğrafya Müzesi olarak kullanılan Kuruköprü Anıt Müzesi’ne taşındı. Özellikle Tarsus/Gözlükule (1934), İçel/Yumuktepe (1936), Yüreğir/Misis (1958) ve Ceyhan/Sirkeli-Tatarlı Höyüğü kazılarında Çukurova’nın ilk çağlarına ait eserlerin ortaya çıkarıldı ve müzede toplanmaya başlandı. Müze binasının yetersiz kalması nedeniyle müze 5. 01. 1972 yılında ziyarete açılan yeni binasında uzun seneler hizmet verdi. Ancak müze binasının kültür varlıklarının korunması, saklanması ve teşhirin de yetersiz kalmaya başlaması sebebiyle yeni müze binasına gereksinim duyuldu. Adana Yeni Müze Kompleksi olarak değerlendirilmek üzere Adana’nın Seyhan ilçesi, Döşeme Mahallesinde bulunan, şehrin ilk fabrikalarından biri olan Milli Mensucat Fabrikası restore edildi. 2013 yılında Bakanlığın yatırım programları kapsamında Adana Yeni Müze Kompleksinin yapımına başlandı. Birinci etap çalışmaları dahilinde Arkeoloji Müzesi’nin teşhir ve tanzim çalışmaları tamamlandıktan sonra 18. 05. 2017 tarihinde ziyarete açıldı. Arkeoloji, Mozaik, Etnografya, Tarım, Sanayi ve Kent Müzelerinden oluşacak Adana Müze Kompleksi çalışmaları tamamlandığında Türkiye’nin ve Orta Doğu’nun en büyük müze kompleksi olması amaçlanmaktadır. Aynı zamanda müze bünyesinde sergi ve konferans salonları, açık hava sineması, kafeterya ve restoranların yer alması hedeflenmektedir. Adana Yeni Müze Kompleksi Birinci Etap çalışmaları içerisinde Arkeoloji Müzesinin yapımı tamamlanmış ve ziyarete açılmıştır. Arkeoloji Müzesi’nde Prehistorik dönemden başlayarak günümüze insanın yaşam macerası toplam 10 salonda anlatılmaktadır. Dünyanın oluşumundan Afrika’dan yapılan göç ve Paleolitik, Neolitik, kalkolitik ve Tunç Çağları, Demir Çağları, Klasik Dönem, Helenistik Dönem, Roma dönemi, Bizans dönemi, Ramazanoğlu Beyliği ve Osmanlı dönemi kronolojik olarak sergilenmektedir. Bu tarihi dönemlere ait heykel, kitabe, lahit, stel, mimari parçalar gibi taş eserler, pişmiş topraktan yapılmış çanak çömlek, çeşitli kaplar, silindir ve damga mühürler, sikkeler ve diğer arkeolojik buluntular teşhir edilmektedir. Müzenin ilk müdürü Halil Kamil Bey’dir.