Samsun'un 55, Bafra İlçesi’nin yedi kilometre kuzeybatısında yer alan İkiztepe, doğal bir yükselti üstüne kurulmuş dört höyükten oluşmaktadır. Jeolojik araştırmalar bugün deniz kıyısının altı-yedi kilometre kadar güneyinde kalan yerleşmenin, erken dönemlerde Kızılırmak’ın Karadeniz’e döküldüğü noktada konumlandığını göstermektedir. Bu durum İkiztepelilerin, doğal ve madeni kaynaklara yakın olacakları karasal kesimi değil, kıyı kesimi tercih eden bir topluluk olduğuna işaret etmektedir. Günümüzde 375x175 metre ebatlarında, 66 dönümlük bir alanı kaplayan sit alanı, deniz seviyesinden 20 metre yüksekliktedir. Bafra Ovası’nın en kuzeyindeki doğal yükselti üzerinde yer alan yerleşme hem deniz hem de kara yolu bağlantıları olan önemli bir merkezdir. 

İkiztepe, 1940-41 yıllarında gerçekleştirilen yüzey araştırmaları ile bilim dünyasınca tanınmıştır. Ankara Üniversitesi’nden K. Kökten, T. Özgüç ve N. Özgüç’ten oluşan ekip, Samsun İli sınırlarında gerçekleştirdikleri araştırmalar ile İkiztepe dâhil birçok yerleşim yeri keşfetmiştir. Sonrasında C. Burney Samsun, Sinop ve Kastamonu’yu kapsayan araştırmaları sırasında İkiztepe’yi de ziyaret etmiştir. Burney, bu ziyarette İkiztepe’de yüzeyden topladığı keramikleri Kalkolitik, Erken Tunç ve Orta Tunç Çağları şeklinde sınıflandırmıştır. İkiztepe, keşfedilmesinden yaklaşık 30 yıl sonra daha kapsamlı araştırmalar ile karşımıza çıkmaktadır. 1972-73 yıllarında B. Alkım başkanlığında bir ekip İkiztepe ve yakın çevresinde araştırmalar gerçekleştirmiştir. Bu araştırmaların sonucunda Samsun’un en büyük höyüklerinden biri olması ve incelenen çanak çömleğin Erken Tunç Çağı’ndan Orta Tunç Çağı’na kadar devamlılık gösteren bir kronolojiye sahip olması sebebiyle İkiztepe kazı alanı olarak belirlenmiştir. 1974 yılına gelindiğinde B. Alkım Türk Tarih Kurumu adına sistematik kazı çalışmalarını başlatmıştır. 1981 yılına kadar Alkım başkanlığında yürütülen çalışmalar kendisinin vefatı üzerine bu tarihten sonra Ö. Bilgi başkanlığına geçmiştir. 38 sezon aralıksız devam eden İkiztepe kazıları, 2012 yılında Bilgi’nin emekliliği ile sona ermiştir.  Anadolu arkeolojisinin uzun soluklu araştırma merkezlerinden biri olan İkiztepe’de; çalışılmamış alanların açığa çıkarılması, yerleşimin çağdaş yaklaşımlarla yeniden değerlendirilmesi ve yakın tarihli diğer araştırmalara kapsamlı bir referans olabilmesi adına üçüncü dönem kazı çalışmalarının başlatılmasına karar verilmiştir.  Bu temel amaçlar doğrultusunda Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü’nün izniyle İstanbul Üniversitesi Öğretim Üyesi Doç. Dr. Aslıhan Beyazıt tarafından İkiztepe Kazıları 2021 yılında yeniden başlamıştır.

Araştırmalar, İkiztepe yerleşmesinin dört tepesinde farklı zamanlarda gerçekleştirilmiştir. Araştırma sonuçları, Orta Karadeniz Bölgesi’nin kıyı kesimi kronolojisini Geç Kalkolitik Çağ’dan Hellenistik Çağ’a kadar sunan tek sistematik kazı olduğunu göstermektedir. Bu durum İkiztepe’yi Karadeniz Bölgesi’nin protohistorik dönem kronolojisi açısından anahtar bir yerleşim konumuna getirmiştir. 

Yerleşimde yer alan dört tepede yürütülen kazı çalışmaları, Geç Kalkolitik Çağ’dan (MÖ 4500) Orta Tunç Çağı’na (MÖ 1700) 2800 yıl boyunca kesintisiz iskan edildiğini göstermektedir. Diğer taraftan Tepe I olarak adlandırılan en büyük tepede açığa çıkarılan yaklaşık 1000 metrekarelik alanda 700 civarında basit toprak gömüt, yerleşmenin Kuzey - Orta Anadolu Bölgesi’nin en büyük Erken Tunç Çağı mezarlıklarından biri olduğunu göstermektedir. Söz konusu gömütlerin yüzeyden farklı derinliklere sahip olması sebebiyle mezarlığın en az 200 yıl gibi uzun bir süre kullanıldığı anlaşılmaktadır. Basit toprak gömütlerin yanı sıra cenin ve bebeklerin çömleklere konularak gömüldükleri saptanmıştır. Bu tür gömütler yapı içlerinde de tespit edilmiştir ve geleneğin Geç Kalkolitik Çağ’dan Orta Tunç Çağı’na kadar devam ettiği görülmektedir. Açığa çıkartılan ahşap mimari, ele geçen çanak çömlek, tekstil buluntuları ve küçük buluntuların yanı sıra gelişmiş metal eserleri ile İkiztepe dikkat çeken bir yerleşim yeridir. Diğer taraftan höyükte Hellenistik Dönem’e dromoslu bir anıt mezar yer almaktadır. İkiztepe’de ele geçen binlerce eser Samsun Arkeoloji ve Etnografya Müzesi ile Bafra Arkeoloji ve Etnografya Müzesi’nde sergilenmektedir.