1960 yılında Prof. Dr. Turhan Baytop’un şahsi koleksiyonuyla kurmuş olduğu müze eczacıların ve doktorların katkılarıyla zamanla zenginleşti. Türkiye’de eczacılığın, eczacılık eğitiminin ve ilaç endüstrisinin tarihini barındıran bu mirasın gelecek nesillere aktarılması amacıyla İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü müzenin tescil edilmesi için Kültür ve Turizm Bakanlığı’na başvurdu. Türkiye’nin ilk eczacılık müzesi 29. 10. 2017 tarihinde Türk Eczacılık Tarihi İhtisas Müzesi olarak tescil edildi. Topkapı Sarayı Enderun Eczahanesi’nin bazı dolapları ile iki Osmanlı eczanesinin, Pastör Eczahanesi ve İstikamet Eczahanesinin, dolapları, kavanozları, ilaç şişeleri ve ilaç yapımında kullanılan çeşitli malzeme Osmanlı dönemi eczaneleri hakkında bir fikir vermektedir.

Eczanelerde ilaç yapımında kullanılan bitkisel hammaddeler, üzerinde bitkinin adı yazan porselen kavanozlarda saklanırdı. Koleksiyonda Enderun Eczanesi, Ethem Pertev Eczanesi, Della Sudda Eczanesi ve Hüsnü Arsan’a ait kavanozlar sergilenmektedir. Kavanozların altında imal edildiği atölyenin damgası bulunmaktadır.

Müzenin zengin kitap koleksiyonunda Türk eczacılarının Osmanlı ve Cumhuriyet döneminde kullandıkları farmakopeler, formülerler ve ders kitaplarının yanı sıra tıp kitapları da bulunmaktadır. Osmanlıca, Rumca, Fransızca, Almanca, İngilizce, İtalyanca ve Türkçe olan bu kitapların en eski tarihlisi 1734 yılı baskısıdır. Türkiye’de yayımlanan eczacılık tarihi ile ilgili tüm kitaplar koleksiyona kazandırılmaya çalışılmaktadır. Eczacı Mektebi’nin Osmanlı ve Cumhuriyet dönemindeki çeşitli tabelaları, eğitimin çeşitli dönemlerine ait diplomalar, diploma defterleri ve mezunların fotoğrafları müzede sergilenmektedir.

Osmanlı ve Cumhuriyet döneminde gerek Türkiye’de üretilen gerek Avrupa’dan getirilerek eczanelerde satılmış olan 1500 civarında ilaç firmalara göre sınıflandırılarak müzede sergilenmektedir. Pertev ilaç imalathanesinin çeşitli uluslararası sergilerde kazandığı madalyaların beratları da koleksiyonda yer almaktadır.

Eczacılık eğitimine de katkıda bulunan Türk Eczacılık Tarihi İhtisas Müzesi İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü veya Eczacılık Fakültesi Dekanlığı'ndan randevu alınarak gezilebilmektedir.