1308-1309 yıllarında, İlhanlılar zamanında Sultan Mehmet Olcaytu ve eşi Uduz Hatun adına yaptırılan bir hastane (Bimarhane) binasıdır. Anadolu Selçuklu mimari özellikleri gösteren yapı Anber Bin Abdullah tarafından yapılmıştır. Bu yapının İlhanlılar, Selçuklular ve Osmanlı İmparatorluğu dönemlerinde Bimarhane olarak kullanıldığı bilinmektedir. Bu yapı, 2011 yılında Fatih Sultan Mehmet döneminin önemli hekimlerinden biri olan Amasyalı Sabuncuoğlu Şerefeddin’e (Şerefeddin bin Ali bin el Hac-İlyas-Sabuncuoğlu) atfedilerek müze olarak teşhire açıldı.

Müze bahçesinde Sabuncuoğlu Şerefeddin’e (1385-1470?) ait bir portre büst yer almaktadır. Giriş eyvanından sonra gelen ve müzenin ortasında yer alan avlunun sağ tarafında Sabuncuoğlu Salonu, solunda ise Müzik Tedavi Salonu bulunmaktadır. Ana eyvanın solunda ise Sabuncuoğlu Kliniği balmumu heykellerle teşhire açıktır. Müzede Amasyalı Sabuncuoğlu Şerefeddin tarafından yazılan Kitâbü’l-Cerrahiyyeti’l-İlhaniyye adlı eseri yer almaktadır. Üç kitaptan oluşan bu eserde karaciğer, bağırsak, mesane hastalıklarının dağlama yöntemiyle tedavisinin nasıl gerçekleştirileceği minyatürlerle anlatılmaktadır. Bunun yanı sıra sünnet, diş çekme, diş taşı temizliği, ur çıkarma gibi cerrahi yöntemler de detaylı olarak anlatılmaktadır. Bu kitapta hastalıkların ve tedavilerinin ne şekilde yapıldığını gösteren minyatürler de kitabın kopya örnekleri yoluyla sergilenmektedir. Bu minyatürlerde Sabuncuoğlu Şerefeddin tarafından yapılan cerrahi müdahaleler, hastalar üzerinde ve tıp aletleri kullanılarak tedavi esnasında tasvir edilmektedir. Ayrıca minyatürlerde kullanılan tıp aletlerinin de aslına uygun olacak şekilde yapılarak teşhirde yer aldığı görülmektedir. Bimarhane olarak kullanıldığı dönemde özellikle psikolojik hastaların müzikle tedavi edilmesi sebebiyle, müzede balmumundan heykellerle bir hastanın müzikle iyileştirilmesi konu edilerek sergilenmektedir. Bunun dışında çeşitli hastalıkların tedavileriyle ilgili konularda yine balmumu heykellerle sergileme yapılmıştır. Ahşap raflar içerisinde yer alan cam kavanozlarda hastalıkların tedavisinde kullanılan bitkiler bulunmaktadır.