Fenerbahçe Spor Kulübü’nün temeli 1910 yılında atılan müzesi olup, Şükrü Saraçoğlu Stadı’nda yer almaktadır. Müzede, kulübün zengin tarihi geçmişini ve bugününü görmek mümkündür. Müzede, kulübün 35 farklı spor dalında başarılarla dolu bir çalışma dönemini geride bırakan kulübün, ilk yıllardan itibaren kazandığı şampiyonluk, kupa, şilt gibi değerli ödüllerin bir bölümü son beş yıldır Fenerbahçe Şükrü Saraçoğlu Stadyumu içindeki kulüp müzesinde sergileniyor.

Fenerbahçe Müzesi’nin temelleri 05. 06. 1910’da İstanbul’un ünlü Rum kulübü Sturugglers’i 3–1 yenerek kazanılan gümüş işlemeli ilk kupa ödülü ile atıldı. 1913 yılında elde edilen kupa ve heykellerin sayısı 10'a ulaşınca, Altıyol ağzındaki lokalde küçük bir vitrin satın alındı. 1914 yılında Kuşdili’ndeki iki katlı ahşap lokale geçildiğinde git gide zengin bir kimliğe bürünen müze için ikinci katta bir oda ayrıldı ve kazanılan ödülleri koymak için yeni vitrinler yaptırıldı. Bir süre sonra bu oda da ihtiyacı karşılamamaya başlayınca kupa, şilt ve vazoların bir bölümü diğer odalara, alt kattaki büyük salona konmaya başlandı. 1932 yılının yaz başında kazanılan kupa sayısı 150’yi aşmıştı. Ancak 1932 yılında 5 Haziran’ı 6 Haziran’a bağlayan gece çıkan yangında, o zamana kadar kazanılmış kupa, şilt vb. ödüller, kulüp binası ile birlikte yandı. Sıfırlanan müze, yangından hemen sonra yeniden doğdu. Fenerbahçe burnundaki sosyal tesislerin açılmasından sonra uzun yıllar kazanılan kupa, şilt ve plaketler buradaki vitrinlerde sergilendi. Fenerbahçe Şükrü Saraçoğlu Stadyumu’nun yeniden yapılması sırasında Aziz Yıldırım başkanlığındaki yönetim kurulu, Avrupa standartlarının üzerinde modern bir müzenin stadyum içinde kurulması kararı aldı. Fenerbahçe Spor Kulübü Müze Tarih ve Arşiv Kurulu Başkanı Sertaç Kayserilioğlu’nun önderliğinde yaklaşık bir yıl süren yoğun çalışmalardan sonra müzenin resmi açılışı 19. 10. 2005 tarihinde yapıldı.

Müze içerisinde dünyada futbolun doğuşu ile ilgili özet dokümanların sunulduğu bir bölüm, Fenerbahçe Spor Kulubü’nün, 1907 yılında Nurizade Ziya Bey başkanlığındaki üç kurucu üyesi tarafından ilk kuruluş toplantısının gerçekleştirildiği ve mumyalarıyla canlandırıldığı odanın, döneminin eşyaları ile sunulduğu bölüm, Fenerbahçe Spor Kulübü’nün, 1899 tarihindeki Black Stockings ismi altında kuruluş teşebbüsü dâhil, günümüze değin her dönemde kullandığı formalar, çoraplar, futbol ayakkabıları, vs. giysi çeşitleri ve meşin topların sergilendiği bölümler, Ulu Önder Atatürk’ün 3. 05. 1928 günü kulübü ziyaretinin ve kulüp şeref defterini imzalama anının (mumyalı olarak) canlandırıldığı bölüm, işgal dönemi sırasında Kurbalıdere’deki lokalden, cepheye silah kaçırılma anının mumyalarla canlandırdığı bölüm yer alıyor. İşgal yıllarında, İşgal Kuvvetleri’ne karşı kazanılmış olan ve Milliyetçi Karşı Çıkış Harekatı'nın ilk simgesi niteliğindeki Harrington Kupası'nın, işgal orduları ile yapılan futbol müsabakalarının orijinal fotoğrafları eşliğinde sergilendiği özel bölüm, Union Club Sahası’ndan Şükrü Saraçoğlu Stadyumu’na kadar, stadın evrelerinin fotoğraf ve maket ile sunulduğu bölüm, eski maç ve gösterilerden filmlerin devamlı olarak sunulduğu Sinema Odası, kulüp tarihi ile ilgili bilgileri içeren kitapların yer aldığı, Arşiv ve Kütüphane Bölümü müze içinde yer alan diğer bölümlerdir.