İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nde ilk müze, 1985 yılında Doç. Dr. Nil Sarı öncülüğünde Tıp Tarihi ve Deontoloji Anabilim Dalı’na ait salonda Tıp ve Eczacılık Tarihi Müzesi adı ile resmen açıldı. İlk müze anabilim dalı içindeyken, 2000 yılından sonra yeni dekanlık binası içerisine taşındı. Günümüzde de aynı binada bulunan Cerrahpaşa Tıp Tarihi Müzesi, 2012 yılından beri restorasyon nedenli ile kapalıdır.

Cerrahpaşa Hastanesi’nin bugün mevcut olmayan ilk binası olan Takiyeddin Paşa Konağı 1893 yılında hastaneye dönüştürüldü. Bu ahşap konak yerine 1911’de belediyeye bağlı hastane binası olarak kullanılmak üzere iki kâgir bina inşa edilmeye başlandı. 1915’te açılan ve 1967 yılına kadar aynı amaca hizmet eden bina, daha sonra dekanlık binası olarak kullanılmaya başlandı. 2000 yılında ise dönemin Rektörü Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu bu binayı müzeye tahsis etti. Milli Mimari dönemi örneklerinden olan bu bina, günümüzde de Cerrahpaşa Tıp Tarihi Müze binası olarak kullanılmaktadır. Binanın 2002-2004 yılları arasında iç mekan yenilemesi yapıldı. Müzenin koleksiyonu 2004 yılında ziyarete açıldı. Ancak binadaki hasarların giderek artması ve temelden restorasyona ihtiyaç duyulması nedeniyle, 2012 yılında binanın restorasyonuna başlandı. Müze, Kültür ve Turizm Bakanlığı Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü’nün 16.02.2006 tarih ve B.16.0.KVM.0.10.00.03-708(34)20995 sayılı onayı ile özel müze olarak tescillendi. 2012 ve 2013 yıllarında İstanbul İl Özel İdaresinin desteği ile müzede bulunan eserler müze envanteri kurallarına uygun olarak kayıt altına alındı. Kendi alanında Türkiye’de bulunan en zengin koleksiyonlardan birine sahip olan müze, günümüzde İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa’ya bağlı bir müzedir.

1983 yılında Tıp Tarihi ve Deontoloji Anabilim Dalı Başkanlığına atanan Doç. Dr. Nil Sarı, tıp tarihi ile ilgili birçok objeyi satın alma ve bağış yolu ile bugünkü müze koleksiyonuna kazandırdı. Cerrahpaşa Tıp Tarihi Müzesi, üç katta yer alacak 25 bölüm olarak planlandı. Müzede Türk tıp tarihine ait değişimlerin somut örneklerini görebileceğimiz ve eğitim sistemi için de kaynak olabilecek Osmanlı dönemine ait çok sayıda eser mevcuttur. Koleksiyonda Osmanlıca ve Fransızca el yazmaları, Osmanlıca, Fransızca, Almanca, İngilizce matbu kitap ve süreli yayınlar, eski bitki kitaplarından kopya edilen bitki resimleri, Osmanlı minyatürlerinin tıp ile ilgili kopyaları, yağlı boya ve suluboya tablolar, ünlü hekimlerin diploma, belge ve kişisel evrakı, reçeteler, tarihi fotoğraf, resim ve çizimler, portreler, fermanlar, çeşitli cerrahi ve tıbbi aletler, ecza araç-gereçleri, folklorik tıp objeleri, sterilizasyon cihazları, röntgen tüpleri, mikroskoplar, termoskoplar, stetoskoplar, tansiyon ölçme aletleri, ilaç şişeleri, ilaç yapımında kullanılan objeler ve mobilyalar yer almaktadır. Ayrıca koleksiyonda antik döneme ait bir cerrahi alet takımı da bulunmaktadır. Müzenin giriş katının koridoru geçici sergiler için kullanılmaktadır.