Kitabesine göre Anadolu Selçuklu Sultanı II. Gıyaseddin Keyhüsrev zamanında 1242 yılında Emir Ferruh ve Haznedâr Yusuf adlı kardeşler tarafından yaptırılmıştır. Caminin çini sanatçısı, mihrabındaki kitabesine göre Aksaraylı Mahmud oğlu Mehmed’dir.

1590-1591 yılındaki bir depremde ve 1602-1603 yılındaki bir yangında zarar görmüş, Müeyyedzâde Pirî Çelebi tarafından onarılarak ahşap bir minare eklenmiştir. 1730-31 yılında yeni bir yangına daha maruz kalınca, Hacı Ahmet tarafından tekrar onarılmış ve burmalı gövdeli minaresi eklenmiştir. 1915 yılındaki yangında da zarar görmüş, bu dönemden sonra Bayındırlık Müdürlüğü’nün deposu ve ardından Ziraat Bankası’nın tarım deposu olarak kullanılmıştır. 1939 yılındaki Amasya depreminden de etkilenerek 1962 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından kapsamlı bir onarıma tabi tutulmuştur.

Burmalı Minare Camii, kıbleye dikey yönde uzanan iki sıradaki ayaklar ile üç sahınlı bir plana sahiptir. Orta sahın ardı ardına pandantif geçişli üç kubbe ile kapalıyken, yan sahınlar beşik tonozla örtülüdür. Bazı araştırmacılar harim mekânının orijinalde ahşap destekli ve ahşap tavanlı olduğunu ileri sürmektedir. Nitekim orta sahnın üzerini örten kubbelerin kasnak yapıları erken Osmanlı dönemi uygulamalarına işaret etmektedir. Muhtemelen ahşap destekli ve ahşap tavanlı iken sıkça geçirdiği yangınlara karşın Osmanlı döneminde yenilenmiştir.

Caminin en nitelikli cephesini doğu köşesindeki sekizgen planlı türbe, batı köşesindeki minare ve orta aksındaki taçkapısı ile kuzey cephesi oluşturmaktadır. Öne doğru taşıntı yapan taçkapısı, dar bir eyvan niteliği taşımaktadır. Bordürlerle dikdörtgen bir çerçeve içerisindedir. Dıştan itibaren ilk bordür, sade bir düz silmeden ibarettir. İkinci bordür, altı kollu yıldızın simetrik olarak kesilerek üç kollu yıldız şeklinde uygulandığı bir bezemeye sahiptir. Üçüncü bordür ise örgü motiflidir. Kapı kemeri, sivri kemer formundadır. Doğu köşesinde, on kollu yıldız etrafında gelişen geometrik desenli bir rozet vardır. Batı köşesindeki rozet ise günümüze ulaşamamıştır.

Taçkapı alınlığındaki yay formlu bordür üzerinde inşâ kitabesi vardır. İç tarafında da karşılıklı mihrabiye nişleri bulunmaktadır Dikdörtgen çerçeve içerisindeki nişler, sivri kemer formlu olup yivli bir kavsaraya sahiptirler. Kemer alınlıklarında rumi ve palmetli kıvrık dalların süslediği bitkisel bir kompozisyon görülmektedir. Nişlerin üst kısmında ise kırık hatlı şeritlerin meydana getirdiği geometrik bir pano yer almaktadır. Taçkapı bütünü, salyangoz biçimli başlıklara sahip silindirik gövdeli iki sütunce ile iki yandan sınırlanmaktadır.

Caminin kuzeybatı köşede yükselen minaresi, 1730-31 yılındaki onarımın eseridir. Ancak 1939 yılındaki Amasya depreminde yıkılması üzerine 1962 yılında yeni baştan inşâ edilmiştir. Köşeleri pahlanmış kare bir kaide üzerinde burmalı silindirik gövdeli ve tek şerefelidir.

Dikdörtgen bir çerçeve içerisindeki mihrabı, sivri kemerli ve mukarnas kavsaralıdır. İçinde daha küçük boyutlarda, sivri kemerli ve yelpaze biçimli kavsarası olan ikinci bir niş daha vardır. Mihrap, iki yandan kum saati şeklinde başlık ve altlıklara sahip silindirik gövdeli birer sütunce ile sınırlandırılmaktadır. Mihrabın üst kısmında, kare bir çerçeve içerisine yazılmış iki satırlık usta kitabesi mevcuttur.

Caminin ahşap minberi; aynalık bölümleri haricinde özgün Selçuklu üslubundadır. Dikdörtgen çerçeveli olan kapısı Bursa kemeri formundadır. Üstünde kabartma tekniği ile yazılmış Zümer Suresi’nin 73. ayeti vardır. Kemer alınlığında ise bitkisel bir bezeme görülmektedir. Minber kapısı, iki yandan iki bordür ile sınırlıdır. Dıştaki ilk bordür, rumi ve palmetli kıvrık dalların oluşturduğu dairelerle süslüdür. İkinci bordür günümüze ulaşamadı. Kanatlarda çeşitli hadis yazıları vardır. Korkuluk bölümü, üç ayrı pano halindedir. Bu panolardan sadece köşk bölümüne doğru olanı orijinaldir. Burada, merkezdeki altıgenlerin onikigen oluşturduğu bir kafes örgü görülmektedir.

Burmalı Minare Camii’nin giriş cephesi olan kuzeyinde düzgün kesme taş, diğer cephelerinde ise moloz taş, pencere kemerlerinde tuğla, mihrabında çini ve minberinde ise ahşap malzeme vardır. Yer yer devşirme malzemeye de yer verilmiştir.