Kitabesine göre Anadolu Selçuklu Sultanı II. Gıyaseddin Keyhüsrev zamanında 1242 yılında Emir Ferruh ve Haznedâr Yusuf adlı kardeşler tarafından yaptırılmıştır. Caminin çini sanatçısı, mihrabındaki kitabesine göre Aksaraylı Mahmud oğlu Mehmed’dir.

1590-91 yılındaki bir depremde ve 1602-03 yılındaki bir yangında zarar görmüş, Müeyyedzâde Pirî Çelebi tarafından onarılarak ahşap bir minare eklenmiştir. 1730-31 yılında yeni bir yangına daha maruz kalınca, Hacı Ahmet tarafından tekrar onarılmış ve burmalı gövdeli minaresi eklenmiştir. 1915 yılındaki yangında yeniden zarar görmüş, bu dönemden sonra Bayındırlık Müdürlüğü’nün deposu ve ardından Ziraat Bankası’nın tarım deposu olarak kullanılmıştır. 1939 yılındaki Amasya depreminden de etkilenerek 1962 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından kapsamlı bir onarıma tabi tutulmuştur.

Burmalı Minare Camii, kıbleye dikey yönde uzanan iki sıradaki ayaklar ile üç sahınlı bir plana sahiptir. Orta sahın ardı ardına pandantif geçişli üç kubbe ile kapatıldı, yan sahınlar beşik tonoz örtülmüştür. Bazı araştırmacılar harim mekânının orijinalde ahşap destekli ve ahşap tavanlı olduğunu ileri sürmektedirler. Nitekim orta sahnın üzerini örten kubbelerin kasnak yapıları erken Osmanlı Devri uygulamalarına işaret etmektedir. Muhtemelen ahşap destekli ve ahşap tavanlı iken sıkça geçirdiği yangınlara karşın Osmanlı devrinde yenilenmiş olmalıdır.

Caminin en nitelikli cephesini doğu köşesindeki sekizgen planlı türbe, batı köşesindeki minare ve orta aksındaki taç kapısı ile kuzey cephesi oluşturmaktadır. Öne doğru taşıntı yapan taç kapısı, dar bir eyvan niteliği taşımaktadır. Bordürlerle dikdörtgen bir çerçeve içerisindedir. Dıştan itibaren ilk bordür, sade bir düz silmeden ibarettir. İkinci bordür, altı kollu yıldızın simetrik olarak kesilerek üç kollu yıldız şeklinde uygulandığı bir bezemeye sahiptir. Üçüncü bordür ise örgü motiflidir. Kapı kemeri, sivri kemer formundadır. Doğu köşesinde, on kollu yıldız etrafında gelişen geometrik desenli bir rozet bulunmaktadır. Batı köşesindeki rozet ise günümüze ulaşamamıştır.

Taç kapı alınlığındaki yay formlu bordür üzerinde inşa kitabesi yer almaktadır. İç tarafında da karşılıklı mihrabiye nişleri bulunmaktadır. Dikdörtgen çerçeve içerisindeki nişler, sivri kemer formlu olup yivli bir kavsaraya sahiptir. Kemer alınlıklarında rumi ve palmetli kıvrık dalların süslediği bitkisel bir kompozisyon görülmektedir. Nişlerin üst kısmında ise kırık hatlı şeritlerin meydana getirdiği geometrik bir pano yer almaktadır. Taç kapı, salyangoz biçimli başlıklara sahip silindirik gövdeli iki sütunce ile iki yandan sınırlanmaktadır.

Caminin kuzeybatı köşede yükselen minaresi, 1730-31 yılındaki onarımın eseridir. Ancak 1939 yılındaki Amasya depreminde yıkılması üzerine 1962 yılında yeni baştan inşâ edilmiştir. Köşeleri pahlanmış kare bir kaide üzerinde burmalı silindirik gövdeli ve tek şerefelidir.

Dikdörtgen bir çerçeve içerisindeki mihrabı, sivri kemerli ve mukarnas kavsaralıdır. İçinde daha küçük boyutlarda, sivri kemerli ve yelpaze biçimli kavsarası olan ikinci bir niş daha bulunmaktadır. Mihrap, iki yandan kum saati şeklinde başlık ve altlıklara sahip silindirik gövdeli birer sütunce ile sınırlanmaktadır. Mihrabın üst kısmında, kare bir çerçeve içerisine yazılı iki satırlık usta kitabesi bulunmaktadır.

Caminin ahşap minberi; aynalık bölümleri haricinde özgün Selçuklu üslubundadır. Dikdörtgen çerçeveli olan kapısı Bursa kemeri formundadır. Üstünde kabartma tekniği ile yazılı Zümer Suresi’nin 73. ayeti vardır. Kemer alınlığında ise bitkisel bir bezeme görülmektedir. Minber kapısı, iki yandan iki bordür ile sınırlıdır. Dıştaki ilk bordür, rumi ve palmetli kıvrık dalların oluşturduğu dairelerle süslüdür. İkinci bordür günümüze ulaşamamıştır. Kanatlarda çeşitli hadis yazılarına yer verilmektedir. Korkuluk bölümü, üç ayrı pano halindedir. Bu panolardan sadece köşk bölümüne doğru olanı orijinaldir. Burada, merkezdeki altıgenlerin onikigen oluşturduğu bir kafes örgü görülmektedir.

Burmalı Minare Camii’nin giriş cephesi olan kuzeyi düzgün kesme taş, diğer cepheleri ise moloz taş malzemelidir. Pencere kemerlerinde tuğla, mihrabında çini ve minberinde ise ahşap malzeme vardır. Yer yer devşirme malzeme de yer almaktadır.