Kalkış noktası ile son varış noktası arasında en az bir durak olan uçuşlar bağlantılı uçuş olarak adlandırılabilir. Örnek vermek gerekirse; İzmir’den Chicago’ya gitmek istenildiğinde İzmir’den doğrudan uçuş olmadığından son varış noktası olan Chicago’ya ulaşmak için en ekonomik ve kısa yol ile önce İstanbul veya Münih’e gitmeniz ve orada uçaktan ayrılarak İstanbul veya Münih’ten başka bir uçakla hedefinize varmanız gerekmektedir. Bu uçuşlara bağlantılı uçuş denilmektedir. Burada her uçuşun farklı bir uçuş numarası bulunmaktadır ve farklı biniş kartları ile biniş yapılabilmektedir. Bağlantılı uçuşlar çoğu zaman havayollarının birbirleriyle kurdukları uçuş ortaklıkları sonucunda farklı havayolları ile gerçekleştirilebilmektedir. Bunun gibi uçuş ortaklığı durumlarında, yolcular bagajlarını ilk binişyerinden teslim ederek son varış yerinde teslim alabilmektedir. Ancak bağlantılı uçuşlar bağımsız olarak oluşturulmuş ise havayolu şirketinin bagajı diğer uçağa bağlama zorunluluğu ortadan kalkmaktadır. Bu durumda tek uçuş yapılıyor gibi yolcunun ilk binişyerinden uçağa bagajını teslim ettikten sonra bağlantı noktasında bagajını teslim alıp, bir sonraki uçuş için biniş kartı ve bagaj işlemlerini yapmak üzere ilgili havayolu gişesine başvurması gerekmektedir. Havayolu şirketinden bağımsız olarak oluşturulan bağlantılı uçuşlarda gecikmeler ve iki uçuş arasından gereken sürelerin iyi tahmin edilmesi yerinde olacaktır.