Osmanlı Devleti’nin büyük sultanlarından ve komutanlarından olan Fatih Sultan Mehmet Han’ın kayınbabası, komutanı ve veziri olan Zağanos Paşa tarafından inşa ettirilen yapı, il merkezinde Mustafa Fâkıh Mahallesi’nde bulunmaktadır. Günümüze cami, türbe, muvakkithâne ve hamam kısmı ulaşabildi; imaret, bedesten ve çarşı kısımları ise ulaşamamıştır. 560 yıllık yapı zaman içerisinde özellikle Balıkesir’in deprem kuşağı üzerinde bulunmasından dolayı çeşitli yıkımlara uğradı ve daha sonra onarımlar geçirmiştir. En eski kayıt olarak 21. 09. 1577’ye tarihlenen bir belgeden, külliyenin söz konusu tarihten daha önce meydana gelen bir deprem nedeniyle büyük hasar gördüğü ve özellikle cami yapısının üst örtüsü ile birlikte kâgir desteklerinin, imaret ahırı ve türbe kubbesinin zarar gördüğü bilinmektedir. O dönemde İstanbul’dan gönderilen Mimar Mahmud Ağa’nın ustalığı altında onarılan külliye yapısı, yaklaşık 320 yıl sonra 1897 yılında meydana gelen ve yıkıcı etkisi çok büyük olan Balıkesir depreminde ağır hasar görmüştür. Zağanos Paşa’nın oğlu Mehmed Bey’in caminin avlu kısmında yaptırdığı okul binasının da yıkıldığı bu deprem sonrası, cami bir dönem kapalı kaldı. 1904 yılında ise, dönemin sancak yöneticisi Ömer Ali Bey tarafından, yıkılmış ve harabe halindeki eski caminin temelleri üzerine yeniden başlanan inşaat çalışmaları sonucunda, yapı günümüzdeki görünümüne kavuşmuştur. Cami en son 2015-2017 yılları arasında kapsamlı bir restorasyondan geçmiştir.

İlk imar tarihinden günümüze ulaşan en orijinal kısmının hamam olduğu bilinen yapı, günümüzde de il merkezindeki en büyük ibadethanedir. 1.500 kişilik cami, Balıkesir’in simgesi olmasının yanı sıra, 07. 02. 1923 Çarşamba günü Gazi Mustafa Kemal Atatürk’ün Balıkesir’i ziyaretinde halka yönelik okuduğu hutbe ile de bilinmektedir. Cami yapısal olarak kare plâna sahiptir. İnşasında düzgün biçimde hazırlanarak yerleştirilmiş kesme ve yontma taşlar kullanılmıştır. Ortada dört ayak üzerine oturtulmuş merkezi bir kubbe etrafında, dört adet köşe kubbesi ile birlikte bu kubbelerin arasında yarım daire şeklinde tonozlar yerleştirilerek inşa edilmiştir. Giriş kapısı dışarıda olan caminin mihrabı, son dönem Türk sanatı özelliklerinin kolaylıkla görülebildiği en nadide örneklerdendir. Caminin minaresi kuzeybatı köşesinde olup, caminin avlusunda türbe, hazire ve şadırvan gibi yapılar bulunmaktadır. Avlusunda bir de güneş saati bulunan caminin; köşe kubbeleri ve kemerlerinde, Osmanlı sanatında kullanılmış olan kıvrık dal, rumi ve palmet gibi motiflerden oluşan kalem işi süslemeler de göze çarpmaktadır.