Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından 1966 yılında otel işlevine dönüştürülmesine karar verilen ve 1972 yılında açılan konaklama tesisidir. Otel, Edirne’nin merkezinde bulunan Tahmis Meydanı ve İki Kapılı Han Caddesi’nde faaliyet gösterdi. Rüstempaşa Kervansaray Oteli, Mimar Sinan eseri olması ve mimari yapısı nedeniyle büyük önem taşıyan bir yapıdır. Yapılan yenileme sonrasında 1980 yılında Ağa Han Mimarlık Ödülü’nü alarak Edirne’nin bilinmesine de önemli katkılar yaptı. Otel 1972 yılında 150 yatak, 110 oda ile hizmete girdi. Tesis hizmete açıldığı 1972 yılından kapandığı 2016 yılına kadar 1980-1988 yılları dışında, hizmet verdi. Büyük kervansaray ve Küçük kervansaray olmak üzere iki birimden oluşan yapı, 1560-1561 yılında inşa edilen büyük kervansarayın Mimar Sinan tarafından yapıldığı kesin olmak ile beraber küçük kervansarayın kim tarafından yapıldığı bilinmemektedir. Mimar Sinan’ın mimari tasarım denemeleri, önemli çinilere sahip olması değerini artırmaktadır.

Rüstempaşa Kervansaray Oteli, mimari, ekonomik ve 1560 yılından süregelen bir konaklama ünitesi olması bakımından Türkiye turizmi için önem taşımaktadır. Restorasyon ihtiyacı, odaların 1560’lı yılların ihtiyaçlarına göre tasarlanmış olması, günümüzün otel şartlarını taşımaması, Edirne’de açılan yeni ve modern otellerin olması, işletme maliyetlerinin yüksek olması ve işleten firmanın bırakma isteğinden dolayı otelin Vakıflar Bölge Müdürlüğü’ne bırakılma isteği oluşturdu. Otel faaliyetlerine 2016 yılında son verdi, 2018 yılında ise bir başka turizm firmasına işletme hakkını devretti. 2021 yılında faaliyete geçmesi planlanan otelde 110 oda tasarlandı.