Eserin banisi (yaptıran) Çoban Mustafa Paşa (1529), Yavuz Selim (1512-1520) ve Kanuni Sultan Süleyman (1520-1566) dönemlerinin ileri gelen devlet adamlarındandır. Askeri başarıları ve hanedan ile olan akrabalık bağı nedeniyle devşirme ocağından vezirliğe kadar terfi etmiştir. Çoban, Boşnak lakaplarının yanı sıra Yavuz Selim’in kızı ile evli olmasından dolayı Damat olarak da anılmıştır. Gebze’deki eserinin Memluk tarzındaki süslemelerinde kullanılan malzemeleri de Mısır Valisi olduğu dönemde bizzat kendisi Mısır’dan getirmiştir. XVI. yüzyılda Mimar Sinan ve Mimar Acem Ali tarafından bir menzil külliyesi olarak inşa edilmiştir. Yavuz Sultan Selim tarafından kendisine temlîk edilen Gebze ve çevresini yatırıma dönüştürerek bu külliyeyi yaptırmıştır. Külliyenin bünyesinde cami, türbe, han, tabhane, hankah (tekke), medrese, imaret, su kuyusu kütüphane, dârüşşifâ, paşa odaları, kervansaray ve çarşı içinde bulunan hamam barındırmaktadır. Yapılar dikdörtgen bir avlu üzerinde camiyi üç cepheden kuşatmaktadır. Daha sonra inşa edilen külliyelere de örnek teşkil etmiştir. Külliye, mimari özelliği ve birçok yapıyı bünyesinde barındırmasından dolayı menzil külliyelerinin en iyi örneklerinden biri olma özelliğini taşımaktadır. Anadolu’ya ve İran’a giden kervanların, batıdaki topraklardan yola çıkan hacı adaylarının ve doğu yönüne yapılan seferlerde ordunun buradan geçtiği için külliyenin de bu yoğunluktaki kitlelerin ihtiyacını karşılayacak tarzda büyük yapılmıştır. Konum itibariyle külliye Gebze’nin kuzeybatısında bir tepe üzerinde bulunmaktadır. Külliyenin Güney kapısı üzerinde Kanuni Sultan Süleyman’ın tuğrası ile dikkat çekiyor. Çoban Mustafa Paşa Camii’nin Memlük tarzı süslemeleri dönemin diğer yapılarından ayıran en önemli özelliklerinden biridir. Örneğin camideki kûfî yazı kuşağı bu etkileri gösteren örneklerdendir. Cami, tek kubbeli haremi beş bölümlü son cemaat yeri ve minaresiyle külliyenin tam merkezinde yer almaktadır. Caminin mihrap ve duvarları kufi yazılarla süslenerek renk ve düzeni görkemli Türk çinileri ile sağlandı. Türbe dış görünümüyle klasik Osmanlı türbelerinin üslubunu yansıtmaktadır. Kütüphane’nin sol tarafında yüksek rütbeli kişilerin misafir edildiği bölüm olan paşa odaları, sağ tarafında da külliyenin mutfağı ve yemekhanesi olan imarethane bulunmaktadır. Tekke olarak faaliyet gösteren hankah ise kervansarayın hizasında revaklı bir avlu etrafında U planlı olarak 12 derviş odası ve semahaneden meydana gelmektedir. Külliyenin güney kapısının sağında medrese bulunmaktadır. Medrese üç tarafı revaklarla çevrili avlu etrafında 17 oda ve mescitten oluşmaktadır. Medrese, Osmanlı döneminde yükseköğrenim kurumlarından biri olarak faaliyet yürütmüştür. Dönemin önemli âlimlerinden Zembilli Ali Efendi’nin ders verdiği bu medrese Gebze’de tarih, kültür ve turizm değerleri içerisinde en önemli kültür varlıklarından biridir. Caminin cümle kapısında yer alan kitabeye göre caminin 1523-24 yılları arasında yapıldığı ortaya çıkmıştır. Sinan’ın hayatını kapsayan risalelerde, bu eserin de yer alması nedeniyle külliyenin mimarı ile ilgili olarak Mimar Sinan olduğu yönünde görüşler ortaya atılmıştır. Fakat daha yakın tarihlerdeki araştırmalarda külliyenin mimarının Acem Ali olduğu fikri ağırlık kazanmış ve Mimar Sinan’ın sonraki dönemde esere ek ya da tadilatlar yaptığı kanaatine ulaşılmıştır.

Mustafa Paşa’nın belli bir süreliğine Mısır’da valilik görevinde bulunmasının etkileri külliyedeki eserlerde açık bir şekilde yansıtılmıştır. Memlûk mimarlığının itinalı renkli taş işçiliğinin ön plana çıktığı eserdir. Bu yönüyle Çoban Mustafa Paşa Camii’nde görülen renkli taş işçiliği, Osmanlı sanatının mütevazi tarzına aykırılık oluşturmaktadır. Eser bu açıdan baninin doğrudan istek ve beğenisini göstermektedir. Geometrik geçme veya şekillerden meydana gelen panolar, kûfî yazılardan oluşan şeritler ve bitkisel motifler, renkli taş işçiliğinin gösteren alanlardır. Kaplama, oyma ve taş kakma olarak farklı tekniklerle oluşturulan taş işçiliğinin en özenli örnekleri ise taçkapı, harim duvarları, mihrap ve minber gibi caminin en dikkat çeken cephelerinde kullanılmıştır. Böylece külliye, klasik Osmanlı tarzındaki yapılardaki süslemelere göre birçok açıdan farklılık arz eden Gebze’nin merkezinde bulunan en önemli sanat eserlerinden biridir.