Yörgüç Paşa’nın 1430 yılında, Amasya Gökmedrese Mahallesi’nde inşa ettirmiş olduğu Yörgüç Paşa Külliyesi cami, camiye bağımlı medrese, hamam, han, türbe ve imaretten oluşmaktadır. Erken Osmanlı döneminde inşa edilen külliye, kentin Osmanlılar'ın eline geçmesinden yaklaşık 40 yıl sonra inşa edilen ilk Osmanlı külliyesi olmasının yanı sıra, şehrin nehir kıyısına inşa edilen ilk külliye cami olma özelliğini de taşımaktadır. Kayıtlarda cami, imaret ve medrese olarak tanımlanan yapının çok işlevli olduğu anlaşılmaktadır. Yörgüç Paşa Külliyesi’nin Amasya şehrinin güney çıkış noktasında bulunan Gökmedrese Mahallesi’ne inşa edilmiş olması, mahallenin canlandırılmasının yanı sıra, ticaret ve güvenlik açısından da önemli bir yer teşkil ettiğinin göstergesi olarak düşünülmüştür.

Cami, çok fonksiyonlu plan tipi olarak isimlendirilen ters T tipi şema içinde tasarlanmıştır. Yapının girişi eyvan biçiminde (avluya bakan, önü açık, üstü ve üç tarafı kapalı mimari birim) tasarlanmış, iç içe devam eden ana ibadet mekanlarına açılmaktadır. Yörgüç Paşa Camii iduvarları düzgün kesme taş ile örülmüştür. Duvarlarda ve pencere kemerlerinde aralıklarla kullanılmış kırmızı ve beyaz mermer, yapıya renkli bir görünüm kazandırmıştır. Orta bölümdeki eyvan biçimli büyük giriş kapısı da kırmızı ve beyaz mermerlerden oluşmaktadır. Duvarlara oturtulmak yerine dışa çıkıntılı bir biçimde örülmüş olan giriş kapısı, girişin zarif bir görünüm kazanmasını sağlamıştır. Kapının üstünde kitabe yer almaktadır. Kitabenin üstüne modellenmiş sağır pencereler geometrik çizimler ve çiçek motifleriyle süslenmiştir. Giriş kapısından hemen sonra, en büyük kubbeye sahip, ilk ana ibadet mekanı bulunmaktadır. Bu mekanının doğu ve batı duvarlarındaki kapılardan üzerleri kubbeyle örtülü yan bölümlere geçiş sağlanmaktadır. Camiye namaz vaktinden sonra veya cami dolduktan sonra gelen cemaatin ibadetten geri kalmaması için, caminin bahçesine veya giriş kapısının hemen ardına inşa edilen son cemaat yeri, Yörgüç Paşa Camii’nde, caminin ana mekanı içindedir ve bu durum oldukça dikkat çekici bulunmaktadır. Caminin kuzeybatı köşesinde bulunan türbede Yörgüç Paşa, oğlu Yunus Bey, kızları Hündi Hatun ve Sitti Hatun’a ait mezar sandukaları bulunmaktadır.

Bizans ve Roma dönemlerine ait harabelerden getirildiği anlaşılan devşirme taşlarla inşa edilen caminin kilit taşları ve kemer karnında bulunan sarı-beyaz, kırmızı-beyaz renkli boya kullanımının, Mısır kültür çevresiyle olan ilişkiler sonucu Amasya’da çalıştırılmış olabilecek Suriye ve Memlük kökenli sanatçılardan kaynaklandığı düşünülmektedir. Yörgüç Paşa Camii, Yeşilırmak kenarında bulunması sebebiyle zaman içerisinde su taşkınlarından zarar görmüş ve bu sebeple yapının içi neredeyse tamamen yenilenmiştir. 1939 Erzincan Depremi’nin etkisi ile hasar gören cami 1946 yılında onarılmıştır. Şadırvan kubbesinde yer alan XVII. yüzyıl kalem işi bezeme örneklerinin de 1974-1975 yıllarında onarıldığı bilinmektedir. Cami, medrese, hamam, han ve imaretten oluşan ve kapsamlı bir yapı topluluğu olarak inşa edildiği anlaşılan külliyeden günümüze sadece cami ile cami giriş eyvanının batısında yer alan türbe ulaşabilmiştir.