Federasyonun amacı, dernekler arasında dayanışma ve işbirliği kurulması yönünde çalışmalar yapmak, amaçlara uygun faaliyetlerin birlikte yapılmasını ve sürdürülmesini sağlamak, ülke düzeyinde etkinliklerde bulunmak, Türkiye’de sağlık turizminin kalkınmasına katkıda bulunmak, bölgesel, sektörel ulusal ve uluslararası sağlık turizmi politikalarının oluşturulmasını sağlamak, ulusal, uluslararası, ekonomik, sosyal, teknik, kültürel ve sağlık turizmi konusunda insan potansiyellerinin en iyi şekilde değerlendirilmesi ve yetiştirilmesi için faaliyette bulunmak, bölgesel ve çeşitli sektörlerde kalkınma vizyonları geliştirerek uluslararası entegrasyon ve rekabet gücünün artırılmasına katkıda bulunmak ve bu konularda projeler geliştirmektir.

Federasyonun misyonu, Türkiye’de sağlık turizmi konusunda sivil toplum kuruluşları ile aynı amaç doğrultusunda hareket etmesini sağlayacak bir birliktelik oluşturmak düşüncesiyle tüm dünyadan Türkiye’ye sürdürülebilir bir sağlık turizmi hareketliliğine öncülük etmeyi amaçlayan, etik ilkelere bağlı, akademik çalışmalarla birlikte ilerleyen, sürekli kendini geliştirmeyi hedefleyen, dünyada sağlık turizmi konusunda Türkiye’nin en üst seviyelere çıkmasını sağlamak amacıyla öncülük eden bir kuruluş olmaktır. Federasyonun vizyonu ise sağlık turizmi alanında akademik çalışmalar yaparak Türkiye’deki sağlık turizmi altyapısını bilimsel olarak ortaya koymak, sağlık turizmi alanında Türkiye’nin sahip olduğu insani, teknik, beşeri altyapının tanıtılmasına destek vermek, ulusal ve uluslararası arenada Türkiye’deki sağlık turizmi altyapısının en etkin ve ekonomik şekilde tanıtımını yapmak, Türkiye’nin ulusal ve uluslararası sağlık turizmi gelirlerinden çok daha fazla pay almasına katkı yapmak, Türkiye’de sağlık turizmi konusunda ara elemanların yetişmesine katkı sağlamaktır.

Federasyon sosyal alanda yurtiçinde ve yurtdışında faaliyet göstermektedir. Federasyonun merkezi Alanya-Antalya olup kurucu yedi bölgesel dernekten sonra diğer dernekler ve temsilciliklerle birlikte Türkiye genelinde 21 bölgede temsil edilen güçlü bir federasyon haline gelmiştir.