Nevşehir’in Göreme Kasabası’nın iki kilometre doğusunda, Göreme Açık Hava Müzesi’nin 20 metre kadar gerisinde bulunmaktadır. Farklı zaman dilimlerinde kaya yapılara oyulmuş dört farklı mekândan meydana gelen yapılar topluluğudur. Bu yapılar, Eski Tokalı, Yeni Tokalı, Yan Şapel ve aşağı kısımda yer alan Aşağı Kilise diye adlandırılan bölümlerdir.

Tokalı Kilise, iki evre halinde X. yüzyılın birinci ve ikinci yarılarında kazılmış ve resmedilmiştir. Eski kilise yaklaşık doğu-batı ekseni üzerinde yer alan birbirini takip eden iki ana bölümden meydana gelmektedir. Ayrıca kuzey yönünde de bir mekân yer almaktadır. Ana mekanlar beşik tonozla kaplanmıştır. Eski Kilise’nin doğu tarafındaki tonozdan geçen ve içinde Eski Ahit peygamberlerinin bulunduğu dar bir alan kuzey ve güney cephe şeklinde ikiye ayrılmıştır. İkiye ayrılan alan daha sonra yatay olarak üç kısma ayrılmıştır. Bu kısımlar İsa’nın hikayesinden Meryem’e Müjde sahnesinden Anastasis’e kadar aktaran bir kristolojik (Hıristiyan teolojisinin bir bölümü) yapıyla değerlendirilmiştir. Bu değerlendirmenin başlangıcı Meryem’e Müjde sahnesi, tonozun güney cephesinin en üstünde ve en doğusunda kalan alandır. Burada litürjik (Hıristiyanların halka açık dini ibadetlerinin nasıl yapılacağına ilişkin belirlenmiş formlar) bir kaygı ön plana çıkmaktadır. İçerik öyküleyici tarzda aktarılmıştır. Resmedilen sahne sadece İncil kökenli değil, apokrif (dini otoritelerce kabul görmüş olan) kaynaklı sahneler de yer almaktadır. Çeşitli tarihlerde resmedilen yapıda fresk sanatının en ilginç örnekleri yer almaktadır. Eski Kilise’ye İncil’den aktarılan fresk, kırmızı ve yeşil renk tonlarının yoğun kullanılmasıyla birlikte farklı bir atmosfer katmaktadır. Kilise deki duvar resimlerinde tahribattan dolayı bazı fresklerde belli kısımlar silinmiştir. İsa ve Lazarus’un fresklerde göğsünden üst tarafının resmedilmiş halleri tahrip olmuştur. Kilise içerisindeki başka bir fresk de İmparator Agustus döneminde ilk nüfus sayımı yapılabilmesi için herkesin kendi memleketine gitmesi gerekmektedir. Bundan dolayı Meryem ve Yusuf Nasıra şehrinden Beytüllahim’e doğru yol alırlar. Bu sahnede Meryem bir atın üzerinde, Yusuf ise onun hizmetkarı olarak fresklerde görülmektedir. Figürlerde kırmızı tonları fazla kullanılmakla birlikte mavi, kahverengi ve beyaz renklerde oldukça yoğundur. Başka bir fresk de ise Meryem’in Yusuf ile nişanlı olduğu sürede Cebrail’in Meryem’e gelip Tanrı tarafından gönderilen bir ruhtan hamile kalacağını, bir erkek çocuk dünyaya getireceğini ve adını İsa koyacağının öyküsüne ithaf eden müjde sahneleri yer almaktadır. Bu sahnede Meryem bir evin önünde melekle konuşurken resmedilmiştir.

X. yüzyıl başlarına kadar kilise Eski Tokalı Kilise olarak bilinmekte olup, kilisenin bugün doğudaki mekanının sınırı kaldırılarak ve mevcut zemin düşürülerek, o bölüm bugün Yeni Tokalı Kilise’nin giriş mekânı durumundadır. Eski Kilise’nin doğusuna Yeni Kilisenin eklenmesi sırasında apsis tamamen harap olmuştur ve bu yüzden sahneler tonoz yüzeyine ve duvarların üst kısmına yerleştirilmiştir. Hz. İsa’nın hayatını kapsayan siklus tonozda panellere ayrılmış olup, sahneler sağ kanatta başlayıp sol kanata doğru takip etmektedir. Yeni Kilise Eski Kiliseyle aynı hizada bir ana ibadet mekânı ve aynı planı tekrarlayan bir kriptadan (eski kiliselerde Hıristiyanların gizli tapınmak amacıyla kullandıkları taş oda) ibarettir. Yeni Tokalı Kilise’de freskler yüksek artistik yapıda olup, kullanılan rengin koyuluğundan ve ikonografi açısından yörede eşsizdir. Freskler daha temiz, aşınmamış, figürlere el ve kol hareketleri eklenerek restorasyon yapılmıştır. Fresklerdeki resmedilen insan figürlerinde yanaklar köşeli, ağızlar küçük, burunlar büyük yapıdadır. Hz. İsa’nın hayatını ayrıntılı bir şekilde resmeden freskler X. yüzyıl sonuna ve XIII. yüzyıla tarihlendirilmektedir. Kilise içerisindeki freskler, müjde, ziyaret, bakireliğin ispatı, doğum, Mısır’a kaçış, İsa’nın mabede takdimi, Zekeriya’nın öldürülmesi, İsa’nın Vaftizci Yahya ile buluşması, Kana düğünü, şarap mucizesi, ekmek ve balıkların artması, ağma birinin iyileşmesi, Lazarus’un canlanması, ihanet, İsa’nın Platus önünde, Golgota yolunda, çarmıhta, çarmıhtan indirilmesi, gömülmesi, cehenneme inişi ve göğe yükselişi gibi sahnelerden resmedilmiştir.

Yeni Kilise, mimari olarak Eski Kilise’ den farklılık göstermektedir. Eski Kilise ’de temel amaç bilgiyi doğrudan aktarmak iken, Yeni Kilise’de izleyiciyi bilinçaltlarında bir yerlerde kendilerini resmin içinde bulmalarını sağlamak amaçlanmıştır. Aslında her ikisinde de Meryem’e müjde sahnesi tasvir edilmiş, ikonografik ağırlıkta bir başlangıç sahnesi olduğu tam anlamıyla kanıtlanmıştır.