Amerika Birleşik Devletleri’nde Portland, Maine’de dünyaya geldi (1812). Bowdoin Kolej’den 1832’de mezun oldu. Andover İlahiyat Okulu’ndaki öğrenimini 1835’te tamamladı. Papaz yardımcısı olarak 12. 07. 1835’te Trinity Kilisesi’nde görevlendirildi.

Çağdaşı diğer misyonerler gibi Horatio Southgate’in misyonerlik kariyerinin ilk dönemi araştırmaya adandı. Başka bir deyişle Türkiye, İran, Suriye ve Mısır’da daha ileri misyoner çalışmaları için imkân olup olmadığını incelemekle görevlendirildi. Southgate’e verilen misyon, Osmanlı Güneydoğusu (Mezopotamya) ve İran’ın dağlık bölgelerinde yaşayan ve Protestanlara göre ilkel doğu Hıristiyanları kabul edilen Nasturî, Süryanî, Keldanî, Yezidî ve Şemsîler hakkında inceleme ve araştırma yapıp bunların Protestanlığa kazandırılmasıydı. Southgate, Osmanlı topraklarına ilk ayak bastığı andan itibaren dolaştığı yerlerde Hıristiyan toplulukların tarihi, eski Hıristiyanların kutsal yerleri, kiliseleri, din adamları, Müslüman halk ve devlet yöneticileri ile ilişkileri, hak ve sorumlulukları, kendilerinin rakipleri olan Katolik misyonerlerinin faaliyetleri saptayarak raporlaştırdı ve bağlı olduğu kuruma sundu. Onun misyonerlikteki bu ilk inceleme evresi 1836-1839 yılları arasını kapsadı ve Narrative of a Tour through Armenia, Kurdistan, Persia and Mesopotomia adlı kitabında toplandı. 1839 yılında Yakın Doğu Misyonu kuruldu. Bu misyona bağlı olarak, İstanbul’da Rumlarla çalışmak üzere John J. Ropertson; Mardin’de Süryani Kadimlerle çalışmak üzere Southgate görevlendirildi.

1840’ta tekrar İstanbul’a gelen Southgate burada dört yıl çalıştı. Bu görev sırasında önerdiği yöntemlerin uygulanmasını yerinde görmek için, ilk gezisini yaptığı bölgelere ikinci kez gitmek için, 1841 yılının ilkbaharında tekrar yola çıktı. İstanbul’daki misyon merkezinde sekiz sene çalıştı. Southgate’in ikinci yolculuğunu ölümsüzleştirdiği kitapta yol boyunca güvenlik zafiyeti, ulaşım güçlüğü, devlet yapısındaki yeniliklerin uygulanmaya konması, taşrada reformlara tepkiler, devlet yöneticilerinin vurdumduymazlığı, yerleşim merkezlerinin özellikleri ayrıntılı olarak sunuldu. Bu açıdan Tanzimat’ın hemen ardından Osmanlı taşrasındaki genel tabloyu dışarıdan bir gözle aktardı.

Amerika’ya bir ziyaret için döndüğü sırada Piskoposluk Kilisesi, Dr. Southgate’i, Aziz Petrus Kilisesi’nde (Philadelphia) 26. 10. 1844’te, Türkiye sultanı hükümdarlığı ve bağımlıları için piskopos olarak kutsadı ve Southgate, 1844’te İstanbul’un ilk Protestan piskoposu oldu. Bunun üzerine, ertesi yıl İstanbul’a geri döndü ve 1849’a kadar bu yeni görevi yerine getirdi. Bu arada, ilahiyat alanında doktora derecesini 1846’da New York’taki Kolombiya Kolejinden aldı. Türkiye’deki Amerikan misyonlarının Ermeniler üzerinde yoğunlaşması sebebiyle Süryani Kadimlere olan ilgi zayıfladı. Southgate, Doğu patrikleri ile iyi ilişkilerini devam ettirmesine rağmen, kendisinden sonra görevlendirilen misyonerler Doğu kilisesi mensuplarını, ilk politikaların aksine Protestanlaştırma faaliyetleri içine girince sıkıntı yaşanmaya başlandı. Bu süreç, 1850’de Southgate’nin istifasıyla sonuçlandı. Southgate’in misyonerliği bırakmasında eşini kaybetmesi ve ailesinin yaşadığı sıkıntıların da payı vardı.

Southgate, bu süreçte Amerika’ya geri döndü ve 1850 yılının Ekim ayında Piskoposlar Evi tarafından kabul edilen istifasını teklif etti. 1850’de Kaliforniya ve 1870’te Haiti Piskoposu olarak seçildi, ancak o bu iki görevi de reddetti. Southgate, 1851’de St. Luke Kilisesi’ni kurduğu doğum yeri Portland, Maine’e döndü. 1852’den 1858’e kadar, Boston’daki Advent Kilisesi’nin papazıydı. 1859’dan 1. 09. 1872’deki emekliliğine kadar, New York’taki Zion Kilisesi’nin papazıdır. Southgate 11. 04. 1894’te Astoria, Long Island, New York’ta öldü.

Southgate, ilk evliliğini 1839’da Portlandlı William Brown’ın kızı Elizabeth’le gerçekleştirdi. Elizabeth 1850’de öldü. Bu evlilikten altı çocuğu oldu. İkisi erken yaşlarda yaşamını yitirdi. 1864’te New Yorklu Hiram Hutchinson’ın kızı Sarah Elizabeth’le yaptığı evlilikten ise altısı hayatta kalan yedi çocuğu dünyaya geldi.

Misyonerin çok sayıda yayımlanmış kitabı bulunmaktadır. Bunlardan önemli bazıları şunlardır: Narrative of a Tour through Armenia, Kurdistan, Persia and Mesopotamia (2 vols, New York, 1840); Narrative of a Visit to the Syrian (Jacobite) Church of Mesopotamia (1844); The War in the East (1855); The Cross above the Crescent, a Romance of Constantinople (Philadelphia, 1877). Özellikle, 1840’ta yayımladığı iki ciltlik eserinde incelediği bölgelerde Hristiyanlığın ve Hıristiyanlığın statüsüne ilişkin gözlemleri yanında yol boyunca uğradığı şehirlerle ilgili önemli bilgiler de bulunmaktadır. 1838 ve 1839’da Tanzimat arefesinde yaptığı ilk gezinin notlarını içeren bu iki ciltlik kitabı, Karadeniz, Doğu ve Güneydoğu Anadolu, İran ve Transkafkasya’nın birleştiği alandaki şehirlerin XIX. yüzyılın ikinci çeyreğine ait önemli bir izdüşümüdür. 1855’te ilk baskısı yapılan ve daha sonra yeni baskıları da yapılan The War in The East kitabı 1853-1856 yılları arasında meydana gelen Kırım Savaşı’nın neden ve sonuçlarıyla ilgilidir. The Cross above the Crescent, a Romance of Constantinople (Philadelphia, 1877) isimli kitabıysa daha çok İstanbul’a dair deneyimlerinden yola çıkıp yazdığı bir romandır.