Trakya Üniversitesi'ne bağlı olarak, önlisans düzeyinde Teknik ve Sosyal Programlar alanlarında eğitim vermek üzere faaliyetlerine başladı. 17.03.2006 tarihli 5467 sayılı yasa ile Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi bünyesine dahil edildi. Yüksekokul, 1993-1994 eğitim-öğretim yılında Fermantasyon Teknolojisi ve Turizm Otelcilik Programı olmak üzere iki program ile faaliyetlerine başladı. İlerleyen yıllarda Muhasebe, Gıda İşleme, Seracılık ve Ağırlama Hizmetleri programları açıldı. 1999-2000 eğitim-öğretim yılında söz konusu programların ikinci öğretimleri açılarak hizmet verildi. 2015-2016 eğitim-öğretim dönemi itibarıyla üniversite senatosunun aldığı karar ile ikili eğitime son verildi.

Şarköy Meslek Yüksekokulu halihazırda Turizm ve Otel İşletmeciliği, Turizm ve Seyahat Hizmetleri, Muhasebe ve Vergi Uygulamaları ve Şarap Üretim Teknolojisi programları ile eğitim öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir. Mevcut programlara ilave olarak Aşçılık ile Laboratuvar Teknolojisi programlarının açılış onayı Yükseköğretim Kurulu’nca verilmiş olup, ilgili programlara öğrenci kabulünün yakın zamanda başlaması beklenmektedir. Söz konusu programlar yörenin coğrafi ve ekonomik durumu göz önünde bulundurularak seçildi. Bu bağlamda özellikle turizm ile ilgili bölümlerin açılmış olması oldukça önem arz etmektedir.

Yüksekokul, 1993 yılından günümüze kadar Şarköy ilçesinde hizmet vermektedir. On olan akademik personel sayısı 2020 yılıyla birlikte 12’ye ulaşmıştı. Fiziki şartları açısından yüksekokul binası, altyapı olanakları ve programlara yönelik laboratuvarların (şarap analiz laboratuvarı, şarap üretim tesisi, mahzen, kat hizmetleri, mutfak, restoran, bar uygulama alanı) bulunması öğrenciler açısından oldukça değerlidir. Şarköy Meslek Yüksekokulu, ilgili olunan alanlarda gerçekleştirdiği bilimsel araştırmalar ve yürütülen projeler ile meslek ve teknik eğitimin gelişmesine katkı sunmaktadır. Önlisans seviyesinde iki yıllık eğitim veren ve esas gayesi ülkenin sanayi ve hizmet sektöründe ihtiyaç duyulan nitelikli ara elemanları yetiştirmek olan Şarköy Meslek Yüksekokulu, 2019 yılı itibarıyla 1.480 erkek ve 1.376 kadın olmak üzere toplamda 2.856 mezun verdi. Yüksekokul mezunlarının çoğunlukla kamu ve özel sektörde faal olarak çalışmakta olduğu görülmektedir. Bu açıdan Şarköy Meslek Yüksekokulu, koyduğu hedefler doğrultusunda kuruluş amaçlarına hizmet eder niteliktedir.