Türk arkeolojisinin üçüncü kuşağının öncü arkeologları arasındadır. Fizikçi anne-babanın tek çocuğu olarak İstanbul’da dünyaya geldi (1943). Dedesi Mehmet Celâlettin Bey Darülfünu’nda hukuk müderrisi, dayısı Sadrettin Celal Antel ise İstanbul Üniversitesi Pedagoji bölümünün kurucusu ve Hasan Ali Yücel ile birlikte Türk eğitim sistemini oluşturan kadrodandır. Orta öğrenimini İngiliz Erkek Lisesi ile Robert Kolej’de tamamladıktan sonra, 1963 yılında İstanbul Üniversitesi Arkeoloji ve Prehistorya Kürsüsü’nde lisans eğitimine başladı, 1975 yılında Prof. Dr. Halet Çambel’in öğrencisi olarak Prehistorya Kürsüsü’nden mezun oldu. Arkeolojinin yanı sıra Sosyal Antropoloji ve Fiziki Coğrafya sertifikalarını aldı. 1975 yılında Prehistorya kürsüsünde asistan olarak başlayan akademik kariyerine, 1982 yılında yardımcı doçent, 1985 yılında doçent, 1994 yılında profesör olarak devam etti. Tüm akademik yaşantısını İstanbul Üniversitesi’nde sürdüren Mehmet Özdoğan 2000 yılında Prehistorya Anabilim Dalı başkanlığını üstlendi, 2010 yılında emekli oldu.

Neolitik olarak bilinen besin üretimine dayalı yerleşik yaşam biçiminin ortaya çıkışı ve yayılım modelleri üzerinde uzmanlaşmış olan Özdoğan, tarihöncesinde inanç, teknoloji, kentleşme ve İstanbul’un tarih öncesi gibi farklı konuları kapsayan ve geniş bir yelpaze oluşturan ilgi alanlarına sahiptir. Özdoğan’ı çağdaş arkeoloji geleneği içerisinde öncü kılan arkeolojik malzeme bilgisi -özellikle çanak çömlek ve yontmataş teknolojileri- ile meslek hayatı boyunca sürdürdüğü çok sayıdaki arazi çalışmalarından edindiği bilgiyi kuramsal bir çerçeve içinde tarihöncesi toplumları anlayabileceğimiz açıklamalara dönüştürmüş olmasıdır. Özdoğan bu konuların yanı sıra çevresel arkeoloji, arkeoloji tarihi ve politikaları ile kültürel miras konularında çok sayıda yayın yaptı. Kültürel miras projeleri, özellikle Çayönü, Aşağı Pınar ve Kanlıgeçit yerleşimlerindeki uygulama çalışmalarıyla da Türkiye için örnek modeller oluşturdu.

Meslek yaşamı boyunca kesintisiz olarak arazi çalışmalarında bulunan Mehmet Özdoğan başta Çayönü, Mezraa Teleilat, Yarımburgaz, Hoca Çeşme, Aşağı Pınar ve Kanlıgeçit olmak üzere Türkiye’nin çeşitli yerlerinde çok sayıda arkeolojik kazı yaptı. 1977’li yılında yaptığı Aşağı Fırat Yüzey Araştırması ve yayını Türkiye’de metodolojik açıdan çok hassas ve ayrıntılı belgelenmiş ilk araştırma sonuçları arasındadır. 1970’li yılların sonundan 90’lı yılların başına kadar kesintisiz olarak devam eden Marmara Bölgesi Yüzey Araştırmaları ise Türkiye’nin prehistorik açıdan neredeyse hiç bilinmeyen bu kesimine ilişkin çarpıcı sonuçlar verdi. Özdoğan çalışmalarına halen Trakya, Kırklareli bölgesinde devam etmektedir.

Prof. Özdoğan ulusal ve uluslararası seçkin birçok kuruma üyedir ve çok sayıda uluslararası derginin de yayın kurulu üyeleri arasındadır. Üyesi olduğu kurumlar arasında Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) asli üyeliği (2011 yılında istifa ederek ayrıldı), Amerika Birleşik Devletleri Bilim Akademisi (NAS) yabancı asli üyeliği, Amerika Arkeoloji Enstitüsü (AIA), Alman Arkeoloji Enstitüleri (DAI) gelmektedir. Özdoğan, ayrıca TÜBA Hizmet Ödülü, İtalya Devlet Cavaliere Nişanı ve Vehbi Koç Vakfı 2008 Yılı Ödülü sahibidir. Kendisinin yayınlanmış 24 kitabı, 340 makalesi bulunmaktadır.

Başlıca yayınları: Özdoğan, M. 2019. Hammaddeden Ustalara Tarihöncesi Arkeolojisinde Malzeme. İstanbul: Arkeoloji ve Sanat Yayınları; Özdoğan, M. 2011. 50 Soruda Arkeoloji. İstanbul: Bilim ve Gelecek Kitaplığı; Özdoğan, M. 2011. Arkeolojik Kazılar: Bilimsel Çalışma mı? Toprak Hafriyatı mı? İstanbul: Arkeoloji ve Sanat Yayınları; Özdoğan, M. 2006. Arkeolojinin Politikası ve Politik Bir Araç Olarak Arkeoloji. İstanbul: Arkeoloji ve Sanat Yayınları; Özdoğan, M., N. Başgelen and P. Kuniholm (eds.) 2011-2013. The Neolithic in Turkey. New Excavations & New Research, 6 Cilt. İstanbul: İstanbul: Arkeoloji ve Sanat Yayınları