Mardin’in Şehidiye Mahallesi’nde kentsel sit alanın doğusunda, anayola bitişik olarak yolun güneyinde yer almaktadır. Katip Ferdi; Melik Nasuriddin Artuk Arslan’ın (1201-1239) Mardin’de Şehidiye adı ile anılan medreseyi cami ile iç içe yaptırdığı bilinmektedir.

Medresenin taç kapısındaki vakfiyesinde Melik Nasuriddin Artuk Arslan’in oğlu Melik El Said’in de (1239-1260) adı geçmektedir. Medresenin inşasını babası başlatmış; oğlunun bitirip vakfiyesini kurmuş olması muhtemeldir. Medresenin XIII. yüzyılın ilk yarısında yapıldığı bilinmektedir. Medresenin doğuya bakan taç kapısının iç yüzeyinde, üç yönde kuşatan vakfiyesi mevcuttur. Gabriel’in incelediği dönemde bir kısmı silik olan kitabe; 2004 onarımında daha fazla zarar görmüştür. Bugün büyük bir kısmı kaybolmuştur.

Vakfiyeye göre medresede; türbe, şehitlik ve minare bulunmaktadır. Türbe, günümüzde sağlamdır. Türbe medresenin banisi Melik Mansur Artuk Aslan’a aittir. Vakfeden ise onun oğlu Melik Said’dir. Medresede Şafii mabedi kısmının adı okunmaktadır. Hanefi Mezhebi için de bir bölüm mevcuttur. Vakfiye’de Farraş (temizlikçi), sofi, fıkıh âlimi, hademe gibi çalışanların isimleri geçmektedir. Okunabilen bazı bölümlerde çalışanların alacağı ücret ve iaşeden bahsedilmiştir. Medreseye vakfedilenler arasında, Mardin ve civarındaki değirmen evleri önemli yer tutmaktadır.

Kaynaklara göre caminin doğu tarafı bilinmeyen bir tarihte yıkılmıştır. Fakat aslına uygun olmayacak şekilde yeniden inşa edilmiştir. Batı tarafı da uzun bir süre harap kalmıştır. Yakın bir tarihte buraya yapılan iki oda, okul olarak kullanılmıştır. Arsanın geri kalan kısımları satılmış; üzerine kahvehane, dükkânlar yapılmıştır. Abdülgani Efendi, doğu tarafının altlı üstlü sekiz hücre olduğunu ve içlerinde fakirlerin kaldığını söylemektedir. Eyvanın bulunduğu kuzey tarafında ise bugün bulunmayan bir abdesthaneden bahsetmektedir. Yolun genişletilmesiyle buradaki abdesthanenin bir dairesinin kapatıldığındaı söz etmektedir. Abdülgani Efendi’nin söylediklerinden medresenin doğu bölümünün kısmen özgün olduğunu ve batıdaki bölümün ise XIX. yüzyılın sonu XX. yüzyılın başında yeniden inşa edildiği anlaşılmaktadır. Medrese hücrelerinin bulunduğu doğu bölümünün güney köşesindeki türbe odası, 1925 senesine kadar işlevini korumaktadır. Dönemin Mardin Valisi Tevfik Hadi Baysal türbedeki sandukaları kaldırtmış, bu odayı boşaltmıştır. Bu tarihten itibaren burası medresenin herhangi bir hücresi olarak kalmıştır. Medresenin camisi, vakfiyesinde de belirtildiği gibi minareli olarak yapıldığı halde, bilinmeyen bir dönemde zelzele sonucu yıkılmıştır. Belediye Başkanı Gömüllüzade Hıdır Çelebi ile 1916-17 yılında Vakıflar Müdürü Şükrü Bey ve şehrin ileri gelenlerinin himmeti ile şimdiki iki şerefeli minare Ermeni Mimar Sarkis Elyas Lole’ye yeniden yaptırılmıştır. İki şerefeli olan minaresi mevcuttur. Yapı, çok sayıda onarım geçirmiştir. İlk onarımını, medresenin öğrenci hücreleri bölümündeki kitabeden de anlaşıldığı üzere Abdulkadir El Ruk’n adındaki şahıs tarafından 1697-1698 yıllarında yapılmıştır. İkinci onarım kitabesi avlunun kuzeyine tarafında yer almaktadır. Bu onarım ile, 1787’de medresenin cami kısmının avluya bakan kuzey cephesine yarım daire kemerli şekil verildi. 1925-1928 yılları arasındaki onarım ile avlunun batısındaki, günümüzde revaklı görünüme sahip olan bölüm şekillenmiştir. Medrese, 1956, 1969-1971 ve 1975-1978 yıllarında Başbakanlık Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından onarılmıştır. Medresenin son ve esaslı restorasyonu Diyarbakır Vakıflar Bölge Müdürlüğü tarafından 2004 yılında yapılmıştır. Bu onarımda Altun’un ve Kuran’ın gördüğü, eyvanın yanında duran anlam veremedikleri taşların arda kalan kısımları ve özgün kemer taşları gün yüzüne çıkarılmıştır. Mevcut eyvanın özgün halinin, dilimli geçmeli sütunceler üzerine oturan, bezemeli yarım daire kemerli olduğu anlaşılmaktadır. Avluda kazı yapıldığı sırada, avluya havuz eklenmiştir. İç mekânda; kıble duvarı, harimin batı duvarı ve medrese hücre bölümünün iç duvarları düzgün kesme taş ile kaplanmıştır. Eyvan ve medrese bölümleri üzerindeki teraslar taş kaplanmış; diğer teraslar ise beton şap yapılmıştır. Aynı zamanda Gabriel’in 1932 yılında yaptığı incelemelerde, taç kapısının önü düz bir alan olup eski bir mezarlıktır. Medresenin haziresi ve vakfiye’de adı geçen şehitlik buradadır. Erken Cumhuriyet döneminde taç kapısının önüne bir istinat duvarı yapılmış; kot, yol seviyesine getirilerek alan düzleştirilip parka dönüştürüldü. 2004 yılındaki onaylı restorasyon projesi vaziyet planı; mevcut parkın kotu düşürülerek eski haline getirilmesini ve özgün halinde olduğu gibi taç kapısının önünün açılmasını içermektedir. Fakat altı mezarlık olan parkı lokanta olarak işletenler, projenin bu şekilde uygulanmasına müsaade etmemişlerdir. Medresenin mevcut vaziyet planı olduğu gibi muhafaza edilmiştir.