Trabzon’un üç kilometre güneydoğusundaki Boztepe’nin Değirmendere Vadisi’ne bakan yakasında yer almaktadır. Kaymaklı Manastırı Trabzon il sınırları içerisinde varlığı bilinen beş manastırdan (Sümela, Vazelon, Kuştul, Kızlar, Kaymaklı) biridir. Manastırın inşasına 1423-1424 yıllarında Ortodoks cemaati tarafından başlanmıştır. IV. Alexios zamanında Hz. İsa’ya adanması amaçlanan ve 1424 yılında tamamlanan bir Ermeni Manastırı’dır. Yapım çalışmaları sırasında tepeden aşağıya düşen ve hiçbir şey olmayan bir işçiden ötürü Amenapırgiç (Fenalığı Önleyen) ismi ile anıldı, dönemin Osmanlı Padişahı III. Murat’ın sadece süt ürünlerinden oluşan bir yemekte bu manastırda ağırlanmasından sonra Yeşil Manastır olarak anıldı ve daha sonra Kaymaklı Manastırı olarak adlandırılmıştır. Manastıra çan kulesinin yanında bulunan çeşmeden süt aktığı için ve manastırın içinde yer alan bir mandırada süt ve kaymak üretilerek halka satıldığı için kaymaklı manastırı isminin verildiği ile ilgili rivayetler bulunmaktadır. Bu rivayetlerde belirtilen çeşme ve mandıra, bakımsızlığa ve yılların getirdiği tahribata dayanamayarak yok olmuştur. Yapı 1914-1918 yılları arasında yangın geçirmiştir. Bu tarihten sonra terk edilerek farklı amaçlarla kullanılmaya başlanmıştır.

Yapılar topluluğu dikdörtgen alan içerisinde ortada doğu-batı doğrultusunda konumlandırılan tek nefli ve tek apsisli kilise, kuzeybatıda 1622 yıllında inşa edildiği tahmin edilen çan kulesi, güneydoğusunda ise küçük bir şapel ve manastır hücrelerinden oluşmaktadır. Manastırın kurulduğu alanın batısında bulunan işlevlerinin tam olarak tanımlanamadığı yapılar yer almaktadır. Manastır yapıları birçok defa onarım görmüştür. Yapının günümüze sadece zemin katı özgün olarak ulaşmıştır. En eski kısım kilisenin beşgen apsis bölümüdür. Apsisi içten yarım daire, dıştan beşgen formdadır. Yapı içerisinde günümüze ulaşan yoğun freskler bulunmaktadır. Kilise içerisindeki fresklerin tarihi XVIII. yüzyıla dayanmaktadır. Manastırın etrafında manastırı saran ve kilisenin bulunduğu alanı çevreleyen çevre duvarı yer almaktadır. Yapının cephelerinde taş işçilikleri görülmektedir. Kapısının üst kısmında 1622 tarihinin yazılı olduğu Ermenice bir kitabe yer almaktadır. Manastır içerisindeki yapıların büyük bir kısmının zaman içerisindeki tahribatlar sonucu yok olduğu anlaşılmektadır.