Karanlık Kilise, XI. yüzyılın sonu ile XII. yüzyıl başlarına tarihlenmektedir. Kilise, Nevşehir’nin Göreme beldesinde yer alan Göreme Açık Hava Müzesi’nde solda, yukarı doğru yürüyüş yolunda yamaç sonunda bir kaya bloğunda yer almaktadır. Kilise girişinden müzenin alt bölgelerine ve vadiye doğru olukça geniş bir görüş açısı vardır. Göreme Vadisi'nin manzarası açık bir şekilde görülmektedir. Müzenin içerisinde kendisine ayrılan özel girişi bulunmaktadır. Kilise, müzenin en etkileyici kiliselerinden biridir. Çünkü yöredeki kiliseler arasından freskleri en canlı kalmış olan kilisedir. Karanlık Kilise olarak isimlendirilmesinin nedeni narteks denilen alandan küçük bir pencereden çok az ışık almasından kaynaklıdır. Işık ve nemden uzak kalmış olması yapısını korumasını sağlamıştır. Bu nedenle kilise içerisindeki resmedilmiş olaylardaki renkler oldukça canlıdır. Kapadokya Bölgesi’ndeki kiliselerde nadir olarak kullanılan ıslak sıva üzerine boya sürme tekniği olarak adlandırılan freksko tekniği kilisede yoğun bir şekilde kullanılmıştır.

Kilisedeki anlatımlarda, İsa’nın gömütünün meleklerle korunması, İsa’nın çarmıha gerilişi, yakalanışı, İsa’nın dirilişi, 12 havari ile son akşam yemeği, İncil’i yazan dört azizle İsa’nın birlikte olduğu an, doğumu ve vaftiz edilişi gibi sahneler yer almaktadır. Karanlık Kilise içerisindeki bu resmedilmiş anlatımlardaki konular aslında Tevrat ve İncil’de geçen olayları ele almaktadır. Resmedilmiş sahnelerdeki İsa’nın yaşamından ölümüne kadar yaşadıkları olaylar halkın inancını artırmak ve pekiştirmek için din adamları tarafından yapılmıştır. Karanlık Kilise, bölgede yer alan Elmalı Kilise ve Çarıklı Kilise ile Sütunlu Gruplar olarak adlandırılan yapı içerisine girmektedir ve Kapalı Haç mimarisine sahiptir. Kilise içerisindeki anlatımlardan kaynaklı, Karanlık Kilise’nin bu bahsedilen diğer iki kiliseyle aynı dönemde ve aynı sanatçılar tarafından boyandığı düşünülmektedir. Kilise dört sütun üzerine kurulmuş, yanlarında üçlü kemer çıkıntısı yer alan naos, sağ tarafında geniş bir Acrosollium yer almaktadır. Karanlık Kilise’nin bulunduğu kaya blokunun alt tarafında sütunlu, isimsiz başka bir kilise görülmektedir. Kilisenin esas apsisi civardaki diğer kiliselerde zamanla yıkılmış olan bir separatöre sahiptir. Kayanın oyularak oluşturulan bu separatör üç kemerlidir. Kilise girişindeki sol duvarda yer alan beş dairenin meydana getirdiği haç motifinin benzeri yörede bulunmamaktadır. Karanlık Kilise içerisindeki narteks doğu duvarı, naos giriş kapısının iki tarafında yer almakta ve buradaki Meryem figürü Bizans ikonografisi içinde önemli bir yer tutmaktadır. Naos kuzey duvarında İncil’de adı geçen Sezar Avgustus zamanında ilk nüfus sayımı yapılacağı ve Meryem ile nişanlısı Yusuf'un Beytullahim’e gitmesi anlatılmaktadır. Naos kuzey hac kolunda İsa’nın doğumu anlatılmaktadır. Yine Meryem ve Yusuf aynı karede İsa’nın banyo edilmesi resmedilmiştir. Naos batı duvarında ise İsa’nın vaftiz edildiği sahne resmedilmiştir. Normalde vakftiz olayı yeni doğan çocuklara yapılmakta iken anlatımlarda İsa’nın yetişkinlik döneminde olduğu görülmektedir. Naos doğu duvarında ise İsa’nın 12 Havari ile son akşam yemeği sahnesi yer almaktadır. İsa ve 12 havarisinin bir dikdörtgen masa etrafında otururken resmedildiği görülmektedir. Naos güney hac kolunda İsa’nın çarmıha gerildiği sahne, yine güney batı köşe mekânındaki sahnede boş bir mezar ve melek resmedilmiştir. Ana apsis kubbesinde deisis sahnesi yer almaktadır. Karanlık Kilise içerisinde İsa, Meryem, Melekleri Havariler, İncil Yazarları, Eski Peygamberler, Azizler ve Din Şehitleri yoğun olarak resmedilen tasvirlerdir.