Kırşehir’in Kaman ilçesinin doğusunda yaklaşık olarak yedi kilometre mesafede olan Çağırkan Köyü’nde yer almaktadır. Japon hükümetinin kültürel mirası koruma programı kapsamında verdiği hibe ile 2008 yılında inşaatına başlanan müze, Japon Prensi Tomohito Mika katılımlarıyla 2010 yılında hizmete açıldı. Müze, Japonya dışındaki en büyük Japon Bahçesi olan Mikasanomiya Anı Bahçesi, Japon-Anadolu Arkeoloji Enstitüsü ve yaklaşık iki kilometre mesafede bulunan Kalehöyük Kazı Alanı ile bir bütün oluşturmaktadır.

Höyük görünümüne sahip mimari yapısı, çevre düzenlemesi ve ağaçlandırmasıyla Türkiye’de ve dünyada tekil örnek oluşturmaktadır. Kalehöyük Arkeoloji Müzesi, 2011 yılında yeşil alanları ve çevreye duyarlılığı nedeniyle Amerika’da, En İyi Yeşil Müze ödülüne layık görüldü. 2012 yılında da Avrupa’da Yılın Müzesi’ne aday gösterilerek dikkatleri üzerine çekti.

Arkeoloji Müzesi, 830 metrekare açık, 470 metrekare kapalı alan olmak üzere toplam 1.500 metrekarelik alandan meydana geliyor. Yapıda sergi salonları, sinevizyon köşesi, kütüphane, inceleme, araştırma, fotoğraflama ve restorasyon çalışmalarının yapılabilmesine olanak sağlayan laboratuvar, kafe, depolar ve teknik bölümler yer almaktadır. Müzede ağırlıklı olarak, Japon-Anadolu Arkeoloji Enstitüsü'nün Başkanlığında kazı çalışmaları sürdürülen Kalehöyük, Büklükale ve Yassıhöyük kazı alanlarından buluntular sergileniyor. Bu eserler Kalkolitik Çağ ile Osmanlı dönemi arasına tarihlendirilmektedir. Eserler arasında dokumacılıkta kullanılan, taş ve pişmiş topraktan yapılan ağırşaklar, farklı biçimlerde üretilmiş bronz, altın, gümüş takılar, iğne başları, kolye ve boncuk taneleri, aşık kemikleri, kurşun figürün ve ok uçları, Bile taşı ve yüzükler, insan ve hayvan kemikleri, mühür, bronz plaka, bezeli seramik parçaları gibi birçok farklı eser yer almaktadır. Sergi salonunda diğer müzelerden farklı olarak ters kronoloji sistemi uygulanarak yakın dönemden en eski döneme doğru sergileme düzenlemesi yapılmıştır. Bu düzenleme yapılan alanlarda Kalehöyük, Yassıhöyük ve Büklükale örenyerleri ile ilgili bilgilendirme panoları ve kronolojik cetveller yer almaktadır. Bunun yanında müze sergileme sistemlerinde ve müze eğitim çalışmalarında teknolojik unsurlardan da etkin bir şekilde yararlanılmıştır. Arkeolojik kalıntıların üç boyutlu olarak canlandırılması, kullanıldığı dönemde nasıl yapıldığı görsel olarak yansıtılmaya çalışılmıştır. Bu bakımdan müzenin sergileme düzeninde kazı alanının coğrafi yapısını anlatan, Kalehöyük kazı alanının 1/100 ölçekli maketinde kültür katları gösterilmiştir. Kumanda kontrol sistemi ile höyük maketinin bir kısmı aşağı doğru inerek, tabakalar arasındaki farklılıkları ışıklandırma sistemi ile gösterilmesi amaçlanmıştır.

Olağan müzecilik faaliyetlerinin yanı sıra, eğitim faaliyetleri konusunda da önemli çalışmalara yer verilmektedir. Bu kapsamda çeşitli projeler yapılarak öğrencilerin yanı sıra, ev kadınlarının da dahil olduğu gruplara müzecilik eğitimleri verilmekte ve farkındalık oluşturulmaya çalışılmaktadır. Ayrıca her yıl yaz aylarında Arke-okul adında yaz okulu dersleri verilmektedir. Ders içeriğinde çömlek yapımı, sikke basımı, mozaik yapımı, çivi yazısı gibi Antikçağ faaliyetleri icra edilmektedir. Tüm bu sosyokültürel çalışmalarla çocuklar ve katılımcı gruplara, arkeoloji ve tarih bilincinin kazandırılması hedeflenmektedir.